בריחת התושבים ממחנה הפליטים ג'נין הפכה לסיפור שמקדמות הרשתות הערביות ובראשן רשת אלג'זירה. על פי הפרסום של הסהר האדום 3000 אנשים עזבו את המחנה במהלך המבצע של צה"ל "בית וגן". הבריחה תועדה על ידי הרשתות הערביות והופצה ברשתות החברתיות.
דובר צה"ל תא״ל דניאל הגרי אמר כי צה״ל אפשר את היציאה שלהם ולא הוטל שום סגר. כמו כן, בניגוד לנטען ברשתות הערבויות, כולם יצאו מרצונם ואף אחד לא גורש על ידי צה"ל. יותר מכך, בצה"ל לא פסלו את האפשרות כי יתכן שחמושים יצאו מהמחנה בחסות האוכלוסייה יתכן אפילו בתוך אמבולנסים.
בנוסף, דובר צה"ל טען שהחמושים משתמשים באוכלוסייה האזרחית כמגן אנושי: "כשפעלנו במסגד שהוגדר אצלנו יעד טרור לכל דבר ראינו שהחמושים הכניסו אזרחים פנימה. בסופו של דבר הם נמנעו מעימות, השאירו אמצעי לחימה ויצאו ממנו עם האוכלוסייה האזרחית".
בניגוד לטענות אבו מאזן כי בתגובה למבצע יפסיק את התיאום הביטחוני מול צה"ל, הבהיר תא"ל הגרי כי התיאום בפועל נמשך ומתמקד בפינוי תושבים ממחנה הפליטים ג'נין שמעוניינים לצאת מאזור הלחימה. "מינינו קצין אוכלוסייה שמתאם את יציאת התושבים ממחנה הפליטים ואם יהיה צורך יינתן גם מענה הומניטארי לתושבים שנמצאים במחנה".עוד אמר הגרי כי התיאום נמשך "כדי לתקן תשתיות חשמל שנפגעו במחנה הפליטים ולאפשר יציאה של תושבים ממחנה הפליטים בג'נין, כמו גם פינוי הפצועים על ידי הסהר האדום".
בריחת התושבים ממחנה הפליטים גנין הפכה לסיפור אותו מקדמות הרשתות הערביות ובראשן רשת אלגזירה.
ראש הממשלה הפלסטיני- מטרת המבצע היא לפנות את תושבי מחנה הפליטים מישוביו.
בפועל החמושים הפלסטינים משתמשים באזרחים כמגן.
צה"ל נענה לבקשת התושבים ומתאם את פינויים עם הרשות הפלסטינית. pic.twitter.com/aVZ5touKE4— assaf gibor (@assafgibor) July 4, 2023
כאמור, יו"ר הרשות הפלסטינית אבו מאזן הודיע כי בעקבות המבצע בג'נין הוא הורה להשעות את התיאום הביטחוני עם ישראל. בהצהרה שפורסמה בלשכתו של אבו מאזן נאמר: "התיאום הביטחוני עם ממשלת הכיבוש הישראלי אינו קיים יותר נכון לעכשיו. הרשות הפלסטינית החליטה לפנות באופן מידי למועצת הביטחון של האום כדי לדרוש ממנה ליישם את ההחלטה הבינלאומית להגן על העם הפלסטיני ולהפסיק את הצעדים החד צדדים שמבצעת ישראל".
בצה"ל ציינו את העובדה שהרשות הפלסטינית נמנעה במשך תקופה ארוכה להיכנס למחנה הפליטים ג'נין ויצרה מציאות שבה התארגנות בלתי חוקית היא זו ששולטת במחנה כולל תופעות של דמי חסות וניצול תושבים. עוד נאמר כי עד כה לא נרשם חיכוך מול מנגנוני הביטחון הפלסטינים. גורמים ביטחוניים סיפרו גם על השחתת קבר יוסף בשכם במהלך הלילה שגם במקרה הזה מנגנוני הביטחון הפלסטינים לא הצליחו למנוע.
ראש הממשלה הפלסטיני מוחמד אשתיה ניצל אתמול את ישיבת הממשלה הפלסטינית כדי לעדכן במתרחש ולהסית נגד ישראל: "ישראל פתחה הבוקר בפשע חדש בג'נין במהלכה הרגה אזרחים פלסטינים וביצעה הרס בעיר ג'נין". אשתייה מתעלם לחלוטין מחוסר המשילות של הרשות בשטח ומהעובדה שג׳נין הפכה לעיר מקלט אליה ברחו 19 מחבלים מאז 2022 וממנה יצאו למעלה מ-50 פיגועי ירי.

עוד אמר רה"מ הפלסטיני כי "ישראל פוגעת באזרחים חפים מפשע ובתשתיות של העיר ושל מחנה הפליטים. מה שמתרחש היא ניסיון נוסף להרוס את מחנה הפליטים לבטל את קיומו ולגרש את התושבים בו . ג'נין הגיבורה תמשיך להתקיים למרות הכיבוש הנפשע וכמוה גם כל ערינו וכפרינו ומחנות הפליטים שלנו".
התמיכה של הרשות הפלסטינית בנעשה בג'נין, לא ממש הרשימה את התושבים שכינו את אבו מאזן ומנגנוני הביטחון הפלסטינים משתפי פעולה ובוגדים. חמושים זרקו מטעני חבלה על מבנה המוקטעה בג'נין תוך קריאות סוכנים-משתפי פעולה נגד אנשי מנגנוני הביטחון הפלסטינים.
תושבים נוספים טענו שבזמן המבצע מנגנוני הביטחון הפלסטינים פועלים נגד חמושים שמעוניינים להגיע מרחבי ג'נין כדי להצטרף לפעילי הטרור שנחתמים בישראל במחנה הפליטים. לטענתם הרשות עצרה חמושים מטובאס ומג'בעה הסמוכות לג'נין.