לעיתים נדמה שהמחלוקת העזה בין הזרמים באסלאם בשאלה אם מותר לבקר במסגד אל־אקצה מאפילה על הדיון הסוער המקביל בין פוסקים יהודים בשאלה אם מותר לעלות להר הבית.
ביקור במסגד ובהר מכונה באסלאם "זיארה". הזיארה פחוּתה בערכה מהעלייה לרגל למכה או למדינה, אבל חשובה בכל זאת, בהתבסס על ההלכה האסלאמית "חדית' שלושת המסגדים" – תורה שבעל פה המביאה את קריאת מוחמד למאמינים "להכין את האוכפים" לקראת הביקור בשלושת המקומות הקדושים ביותר באסלאם: מכה, מדינה ואל־אקצה.
ד"ר דותן הלוי, בוגר החוג להיסטוריה של המזרח התיכון ואפריקה באוניברסיטת תל־אביב, בעל דוקטורט מאוניברסיטת קולומביה ועמית מחקר במכון ון־ליר, חשף במאמר אקדמי ("מי יעלה בהר השם?", כתב העת ג'מאעה כרך כ"ב) עד כמה סוער הדיון הפנים־אסלאמי בשאלה אם נכון להגיע לירושלים ולאל־אקצה – הר הבית – בעת הזאת, כשהמקום כבוש בידי הציונים.
מעניין – וכנראה לא מקרי – שהתמורה בנושא באסלאם פנימה חלה במקביל להתעוררות העלייה להר והפולמוס לגביה בעולם היהודי. עד 2012, ציין ד"ר הלוי, שלט ברמה קולם של אנשי ההלכה המתנגדים לביקור באל־אקצה. אך בתחילת 2012 נטרפו הקלפים.
בפתיחת אירועי "הכנס הבינלאומי להגנה על ירושלים" בדוחא באותה השנה קרא יו"ר הרשות הפלסטינית מחמוד עבאס לכל מוסלמי וערבי לבקר בירושלים כדי "לקיים את מצוות הנביא" על פי החדית' המדובר. לדעת הלוי זו הייתה קריאת תיגר על העמדה המקובלת באסלאם, שראתה בהגעה לירושלים ולאל־אקצה ביטוי לנורמליזציה פסולה עם מדינת ישראל – ולפיכך אסרה אותה על כל מוסלמי שאינו פלסטיני, שמעצם מגוריו כאן נאלץ לבוא במגע עם "הכובשים הציונים".

בכנס דיברו גם שר ההקדשים הפלסטיני מחמוד אל־הבאש והמופתי של ירושלים מוחמד חוסיין. הם הסבירו לנוכחים שהמצב בעיר הקודש איננו כתמול שלשום בעקבות מאמצי ממשלת ישראל ל"ייהוּד" ירושלים. "כדי להילחם בניסיון הישראלי לטשטש את זהותה הערבית והמוסלמית של ירושלים, יש להגביר ככל האפשר את הנוכחות המוסלמית והערבית בעיר", נימקו השניים את טענתם.
אבו־מאזן ניצל את פתיחת הפסגה הערבית, חודש לאחר מכן, כדי להטיף להמונים הערבים לנהור לאל־אקצה: "לא היה בהיסטוריה מופתי, קאדי או איש דת אשר אסר ביקור בירושלים. על כן, כיצד נאסור זאת כעת?" שאל הראיס. דבריו הרתיחו את אחד מחשובי הפוסקים באסלאם הסוני אז, השייח' המצרי יוסוף אל־קרדאווי. השייח' מיהר לפרסם תגובה חריפה, שבה שב ואסר כל ביקור בירושלים של מי שאיננו פלסטיני. מכל מקום, היו מי שנעתרו לבקשותיהם של אבו־מאזן ואנשיו, ופקדו את ההר. בין השאר הגיעו להר הנסיכים הירדנים האשם וראזי, שר הפנים הירדני והמופתי של מצרים עלי ג'ומעה.
הביקורים הללו התקבלו בתגובות נזעמות. בכירי אוניברסיטת אל־אזהר בקהיר קיימו כינוס מחאה, אגודת הסופרים המצרית מיהרה לבטל את חברותו של ג'ומעה בשורותיה, ובמצרים נפתחה קבוצת פייסבוק ששמה "מבצע מיליארד חתימות להדחת המופתי של הרפובליקה". חמזה מנצור, ראש הזרוע הפוליטית של האחים המוסלמים בירדן, תקף אף הוא בחריפות את ביקור הבכירים הירדנים.

מחמוד אל־הבאש לא נותר חייב: "הפתווה השגויה הזאת חולקת על פשט הקוראן הקדוש ועל הסונה הקדושה של הנביא", טען אז. התומכים בעלייה לרגל לאל־אקצה הזכירו את המסע הלילי של מוחמד לאל־אקצה, המופיע בקוראן, כעדות לכך שמייסד האסלאם עצמו לא נמנע מלבקר במקום הקדוש גם תחת כיבוש – שהרי ירושלים הייתה אז תחת שליטת הביזנטים. הם מזכירים גם את ביקורו של מוחמד במכה בשנת 629, בזמן שאנשי שבט קורייש שלטו בעיר והכעבה הייתה מוקפת פסלים. בכך הם מבקשים להוכיח שמעצם הביקור לא משתמעת הכרה בחוקיות שלטון הכופרים.
הטענות פתחו התכתבות ענפה בעיתונות העולם הערבי בשאלה אם הביקור בירושלים מותר מבחינה דתית. המופתי של ירושלים מוחמד חוסיין טען להגנתו שכפי שלאחר הכיבוש המונגולי של בגדד בשנת 1258 קראו חכמי הדת המוסלמים להמונים לעלות ולשחרר את העיר, גם כעת יש לעשות זאת בירושלים – וקודם כול באמצעות הגעה אליה. בתוכנית הטלוויזיה האהודה "העמדה הנגדית" באל־ג'זירה, רתם אל־הבאש לשיטתו גם את חאג' אמין אל־חוסייני, שבשנת 1931 קיים כינוס כלל אסלאמי בהר הבית בזמן שהמנדט הבריטי שלט בירושלים.
תומכי העלייה לאל־אקצה טענו שהביקור בו כיום הוא מימוש הזכות המוסלמית על ירושלים, הדרך לוודא שגם אחרי עשורים של שלטון זר לא יישכח המקום המקודש מלב המוסלמים, ושהעלייה "מספקת תמיכה בהתמודדות מול התכנון לבנות את בית המקדש השקרי על מסגד אל־אקצה המבורך הכבוש".
יש מי שגייס לעזרתו בהקשר הזה גם את גרסת הקוראן לחטא המרגלים התנ"כי. לפי הסיפור בקוראן, בני ישראל נרתעו מלהיכנס לארץ ישראל, ועל כן ביקשו ממשה שייכנסו הוא והא־ל לבדו – ורק לאחר שינצחו את העמים היושבים בארץ, יבואו גם הם. "המסגדים לא יכולים להיטהר בטוהר האמונה מבלי שיהיה מי שיתפלל בהם", נכתב בסורה ההיא כמסקנה.
ממש כמו בקרב יהודים השוללים עלייה להר הבית, נשמעת גם אצל המוסלמים המתנגדים לביקור באל־אקצה ובירושלים הקריאה לציית ל"גדולי הפוסקים" האוסרים זאת. פוסק ההלכה חאתם אל־עוני מאוניברסיטת אום אל־קורא במכה טען שהביקורים בירושלים יוצרים "סדק באומה". לדבריו, הביקור בירושלים מותר עקרונית, אולם מתוך חישובי רווח והפסד בעת הזאת יש להתיישר עם דעת רוב הפוסקים השוללת אותו. תאופיק מוחמד, עורך ביטאון התנועה האסלאמית בישראל "קול האמת והחופש", כתב בהקשר הזה ש"יש פוסק בעולם האסלאם שאין מחלוקת על גדולתו — השיח' אל־קרדאווי", שאסר את הביקור בהר.

באל־ג'זירה הוצג סקר שלפיו 63 אחוזים מהמשיבים מתנגדים לביקורים באל־אקצה, ורק 37 אחוזים תומכים בהם. באולפן פרץ אז ויכוח בין הנוכחים לצד מי – המתנגדים או התומכים – עומדים רוב הפוסקים המוסלמים. שוללי הביקור באל־אקצה טענו שמסעו של מוחמד ועלייתו השמיימה הם אירועים על־טבעיים שאין להסיק מהם דבר על המציאות הפוליטית הנוכחית בהר הבית. פוסק פלסטיני בשם חסאם אלדין עפאנה טען שאם כבר מתמקדים בחדית', התורה בעל פה האסלאמית, מגלים שאין כלל חובה דתית לבקר באל־אקצה, וכי זהו רק מעשה רצוי, שבנסיבות הנוכחיות אולי יש לאוסרו.
השיח' הסורי עבד אל־מג'יד הוסיף שכאשר מוחמד שלח את עות'מן בן עפאן – לימים הח'ליף השלישי של האימפריה המוסלמית – אל אנשי קורייש, הציעו לו אלה להקיף את הכעבה, אך עות'מן סירב. אל־מג'יד מסיק מכאן שאנשי קורייש ניסו להפיל את בן עפאן בפח, ולהביאו להכיר בשליטתם בכעבה – ממש כשם שהישראלים מנסים לעשות כעת באל־אקצה. כפי שעת'מן סירב לכך, הסביר השייח', המוסלמים בימינו נדרשים להמתין עד לשחרור ירושלים מידי הציונים כדי לבקר בה.

לחלופין, היו מי שטענו שבניגוד לציונים, בני קורייש היו בני מכה ושליטיה הטבעיים, ולכן הסכים מוחמד להיכנס לעיר תחת חסותם. הישראלים, לעומתם, שולטים באל־אקצה בעקבות כיבוש. עיתונאי בשם עבדאללה אל־אשעל לעג לשר ההקדשים המצרי שביקר בהר לפני כעשור, ושאל אם כאשר השתמש השר בהגעת מוחמד למכה כדי להצדיק את ביקורו באל־אקצה הוא התכוון לטעון בכך שהישראלים הם בניה הטבעיים של ירושלים.
ד"ר אניס מוסטפה אל־קאסם, לשעבר חבר מועצת העם הפלסטינית, טען שכדי להביא מבקרים למסגד אל־אקצה בראשית ימי האסלאם, היה על המוסלמים לכבוש אותו קודם מהביזנטים. "המוסלמים והערבים ביקשו מאז ומעולם להגן על ירושלים על ידי שחרורה, ולא על ידי ביקור בה", אמר אל־קאסם. שייח' אל־קרדאווי עצמו ציטט בהקשר הזה את הקוראן: "הוי, המאמינים, אל תיקחו את אויביי ואויביכם למגנים לכם, בגלותכם להם אהבה".
"אסורה הנסיעה של מוסלמי לישראל", כתב אל־קרדאווי, "ולו בבקשו להתפלל במסגד אל־אקצה. אלא כשהמוסלמי יאכוף את סוסיו כדי לצאת למסגד אל־אקצה לאחר שחרורו משלטון היהודים", סיכם, תוך רמיזה לחדית' שלושת המסגדים.
ב־2013 ביקר אל־קרדאווי בעזה, והצהיר שבשעה זו עזה ראויה יותר בעיניו לביקור מאשר מסגד אל־אקצה בירושלים.
במאמר שפרסם המרכז לענייני פלסטינים בלונדון נטען ש"למרות ההסכמה הבינלאומית שירושלים איננה בירת המדינה היהודית, כל דרכי ההגעה אליה נתונות למרות יהודית מוחלטת". לא זו בלבד שההגעה למדינת ישראל בטיסה מצריכה נחיתה בנמל התעופה בן־גוריון ומעבר דרך האדמה שנכבשה בשנת 1948, נטען שם, אלא גם בגשר אלנבי, שדרכו נכנסים מירדן, שולטים כוחות הביטחון הישראליים באופן מלא. עצם המעבר שם הוא הכרה בפועל בריבונות ישראל וכניעה למרותה. גם אם תצמח מהביקורים תועלת כלשהי לפלסטינים, סיכמו כותבי המאמר, הרווח של מדינת ישראל יהיה גדול יותר.
העיתונאי הירושלמי מוחמד צאדק טען שביקור מוסלמים שאינם פלסטינים־מקומיים באל־אקצה יביא את ישראל בסופו של דבר לאפשר ליהודים להתפלל בהר הבית. עבד אל־בארי עטואן, יליד דיר אל־בלח המתגורר באנגליה, טען בעיתון אל־קודס אלערבי הלונדוני, ש"הישראלים לא היו מאשרים את הביקורים הללו אם היו חושבים שהדבר יביא להתנגדות לתוכניותיהם לייהד את העיר, להרוס את מסגד אל־אקצה ולבנות על חורבותיו את היכל שלמה. הקברניטים הישראלים אינם עד כדי כך טיפשים".