שתי יממות של מבצע בתוך מחנה הפליטים ג׳נין הסתיימו הלילה (ד') בטרגדיה בה נהרג לוחם צה״ל דוד יהודה יצחק הי"ד. הלוחם, שהיה עם הכוח שלו מסיירת אגוז בדרך החוצה לאחר שהוחלט לסיים את המבצע, נפגע מאש מחבלים. תחילה הוא פונה לבית החולים במצב בינוני עד קשה, אולם בבית החולים מצבו הדרדר והרופאים שנאבקו על חייו במשך שעתיים נאלצו לקבוע את מותו. הודעה נמסרה הלילה למשפחתו.
"תושבי בית אל מבכים על נפילתו של דוד יהודה יצחק הי"ד במהלך פעילות מבצעית בג'נין", אמר ראש המועצה המקומית בית אל שי אלון. "לוחם סיירת אגוז, בן בכור למשה ואמונה ואח לשישה אחים ואחיות. ליבנו עם אובדנה הכבד מכל של משפחתו עם היוודע הבשורה המרה".
יו"ר הציונות הדתית שר האוצר בצלאל סמוטריץ' הגיב גם הוא לבשורה ואמר: "התעוררנו הבוקר לבשורה קשה מנשוא, אני מבכה יחד עם כל עם ישראל את נפילתו של הלוחם דוד יהודה יצחק הי"ד שנפל על הגנת המולדת. עלם חמודות, לוחם, גיבור ישראל.
"אני משתתף בצער העמוק של המשפחה, של חבריו ליחידה של תושבי בית אל ושל מדינת ישראל כולה. אויבי ישראל שואפים יום יום להשמדתנו, בבית אל ובתל אביב – הם יכשלו. האור יתגבר על החושך הטוב יתגבר על הרע והצדק יגבר על הרוע. עם ישראל ינצח. 'הַרְנִינוּ גוֹיִם עַמּוֹ כִּי דַם עֲבָדָיו יִקּוֹם וְנָקָם יָשִׁיב לְצָרָיו וְכִפֶּר אַדְמָתוֹ עַמּוֹ'"
כמה דקות לאחר מכן לאחר שיצחק הי"ד נפגע, חוליית מחבלים שהייתה בדרכה להוציא פיגוע הותקפה על ידי כלי טיס מעל מחנה הפליטים. דובר צה"ל מסר כי ״צה"ל פגע בחוליית חמושים שהיוותה איום על כוחות הביטחון בעת יציאתם ממחנה הפליטים ג'נין״. משרד הבריאות הפלסטיני עדכן כי בתקיפה הזו יש נפגעים והרוג אחד מבין החמושים. ״החמושים היוו איום כנגד כוחות הביטחון בעת יציאתם ממחנה הפליטים״ מסר גורם צבאי, והוסיף כי ״זוהי הוכחה נוספת לניצול של אתרים אזרחיים ברחבי העיר ומחנה הפליטים ג'נין על ידי גורמי טרור".

אמש, לאחר הערכת מצב, הוחלט להוציא את הכוחות ממחנה הפליטים וזאת לאחר שצה״ל השלים את כל היעדים שלו, כולל מספר יעדי טרור שעלו בחקירות העצורים תוך כדי המבצע.
ראש הממשלה בנימין נתניהו, יחד עם שר הביטחון יואב גלנט, הגיעו למוצב סאלם הסמוך לג'נין לצורך הערכת מצב והחליטו לסכם את הפעולה: ״אני מברך את הלוחמים האמיצים שלנו שהרסו תשתיות טרור רבות בג'נין ומנעו בכך פיגועים רבים", אמר נתניהו. "ברגעים אלה אנחנו משלמים את המשימה ואני יכול לומר שהפעולה הנרחבת שלנו בג'נין איננה חד פעמית. אנחנו נמשיך ככל שדרוש כדי לגדוע את הטרור, אנחנו לא נאפשר לג'נין לחזור להיות עיר מקלט לטרור ואנחנו נגדע את הטרור בכל מקום שנראה אותו ונכה בו".