12 הרוגים ויותר מ-120 פצועים נספרו בג'נין בעקבות מבצע בית וגן, לצד מעבדות נפץ מחרטות לייצור מטענים פירים ומערכות תת-קרקעיות מתחת למסגד שנחשפו ומהוות רק חלק מהממצאים שנחשפו על ידי צה"ל במהלך המבצע. הממצאים האלו צריכים לחדד את ההבנה על שאיפת הארגונים הפלסטינים ביהודה ושומרון, בראשם הג'יהאד האסלאמי וחמאס, ועל היכולות שכבר הצליחו להשיג בשטח.
לאחר יציאת כוחות צה"ל יצאו, יצאו חמושים מגדוד ג'נין של הג'יהאד האסלאמי מהחורים בהם התחבאו והצהירו בפני המצלמות "אנחנו נישאר קוץ בגרון כל ימי חייהם". אחד החמושים שהקפיד להצטלם כשפניו מטושטשות הוסיף "מחנה הפליטים ג'נין לעולם לא נשבר ולא ישבר".

ברשתות התקשורת הערביות פרסמו צילומים של תושבים חוזרים לבתיהם, והרשות הפלסטינית השתמשה בתמונות האלו כדי לתקוף את ישראל בזירה הבינלאומית. הרשות ורשתות התקשורת שסיקרו את האירועים בג'נין, התעלמו מהעובדה שהחמושים בארגוני הטרור השתמשו באזרחים כמגן אנושי במספר מוקדי קרבות עם צה"ל ואף ברחו ממקום למקום בחסות האוכלוסייה – תוך שימוש גם באמבולנסים כדרך מילוט והתניידות בזירת הקרב.
קרן הילדים של האו"ם יונסף הביאה דאגה עמוקה מהאלימות בג'נין שגרמה להרג ילדים.
וזו האמת. מפקדי הג'יהאד והחמאס בג'נין משתמשים באוכלוסייה אזרחית כדי לברוח מזירת הלחימה ומשאירים את "הילדים" האלו להילחם.
מנהיג הגיהאד האסלאמי זיאד נחלה שולח מלבנון הצהרות לוחמה. מנהיגי חמאס נהנים בקטאר pic.twitter.com/CZBOZXZcJP— assaf gibor (@assafgibor) July 5, 2023
בשטח, המציאות האמיתית נחשפה במעט לאחר ההוראות של פיקוד הג'יהאד האסלאמי לחמושים שלא למהר ולהאמין לדיווחים על יציאת הכוחות. "אנחנו לא עוסקים בחדשות הנסיגה, ואנו קוראים ללוחמי ההתנגדות להיזהר, לא לצאת החוצה ולמלא רק אחר הנחיות הנהגת גדוד ג'נין". גדודי אלנאצר צלאח א-דין הזהירו את החמושים שלהם. "לא להיות שאננים או תלויים בהונאה והטעיית האויב", קראו לכולם והוסיפו כי צריך "להישאר ערניים ומוכנים"
לאחר היציאה הסופית של הכוחות חמושים שבו חברי הארגונים לרחובות יחד עם תושבי ג'נין שחגגו ניצחון. דובר חמאס חאזם קאסם הצהיר: "אנו מברכים את מחנה ג'נין והתנגדותו על ניצחונו על צבא האויב. שוב ג'נין מביסה את צבא הכיבוש". מזכ"ל תנועת הג'יהאד האסלאמי, זיאד אל-נחלה, שמר גם הוא על נרטיב הניצחון המנותק מהמציאות ואמר כי "גדוד ג'נין הוביל את הניצחון הגדול הזה. העם הפלסטיני, באחדותו וההתכנסות שלו סביב הלוחמים, הוכיח שהוא יכול להביס את האויב".