בכירי פת"ח, ובהם מחמוד אל־עאלול, סגנו של יושב ראש הרשות הפלסטינית אבו־מאזן, הגיעו בתום מבצע "בית וגן" למחנה הפליטים בג'נין כדי להשתתף בהלוויית אחד המחבלים ההרוגים. התושבים המקומיים גירשו את הבכירים בבושת פנים בצעקות “החוצה, החוצה" וביריות באוויר. הבכירים נאלצו להימלט בחסות מאבטחיהם.
המתיחות בין הרשות ובין ארגוני הטרור בעיר נחשפה בשיאה במהלך המבצע. חמאס הוביל את הקמפיין נגד הרשות והציג אותה כבוגדת וכמשתפת פעולה עם ישראל, במטרה להדק את אחיזתו בשטח.
במהלך המבצע טענו תושבי ג‘נין כי מנגנוני הביטחון הפלסטיניים מנעו מתושבי הכפרים הסמוכים להגיע לעיר ולהשתתף בלחימה. מבנה המוקטעה בג‘נין, מטה המנגנונים, הפך למוקד ליידויי אבנים, קללות והשפלות כלפי אנשי הביטחון של הרשות, שהתבצרו שבמקום. באחד העימותים מחוץ למוקטעה טענו תושבים מקומיים שאנשי הביטחון הפלסטינים גם הגיבו לקללות בירי חי.
הזרוע הצבאית של הג‘יהאד האסלאמי בג‘נין פרסמה כרוז המאשים את מנגנוני הרשות הפלסטינית ב"תקיעת סכין" בגבם של פעילי הארגון. לטענתם, מנגנוני הביטחון עצרו בזמן הלחימה בכירים בזרוע הצבאית – מראד מלאישה ומוחמד ברהמה.
אבו־מאזן הודיע כי בעקבות המבצע בג‘נין הורה להשעות את שיתוף הפעולה הביטחוני של המנגנונים עם עם ישראל. “התיאום הביטחוני עם ממשלת הכיבוש הישראלי אינו קיים עוד", נאמר בהצהרה שפרסמה לשכתו. הרשות גם החליטה לפנות למועצת הביטחון של האו"ם "כדי לדרוש ממנה ליישם את ההחלטה הבינלאומית להגן על העם הפלסטיני ולהפסיק את הצעדים החד־צדדיים שמבצעת ישראל".
יושב ראש הרשות הודיע גם שיכנס את ראשי הפלגים הפלסטיניים לדיון מיוחד בעקבות המבצע בג‘נין, אך ברשת אל־ג‘זירה דווח כי חמאס והג‘יהאד האסלאמי התעלמו במכוון מהזמנתו במחאה על התנהלות הרשות. עזאם אל־אחמד, בכיר פת"ח, הודה שחמאס והג‘יהאד האסלאמי מקשים על קיומו של הכינוס.
בשנים האחרונות נחלשת משילותה של הרשות הפלסטינית בג‘נין, והיא מאבדת מכוחה בעיר. בצה"ל ציינו שהרשות הפלסטינית נמנעה במשך תקופה ארוכה מכניסה למחנה הפליטים ג‘נין, וכך יצרה מציאות שבה גורמים בלתי חוקיים שולטים במחנה ונותנים הכשר לתופעות של גביית דמי חסות וניצול תושבים.
בניסיון להילחם בתעמולת חמאס והג‘יהאד האסלאמי, אנשי מנגנוני הביטחון הפלסטיניים עצרו עיתונאים שהתבטאו נגד פת"ח, סגרו חנויות של פעילים המזוהים עם חמאס ועצרו פעילים של הארגון שאחראים להסתה נגד הרשות הפלסטינית.
בתוך כך, בצעד שעשוי לגונן על מעמדה ותדמיתה של הרשות, איחוד האמירויות הודיעה השבוע שתעביר דרכה כסף לשיקום מחנה הפליטים בג‘נין לאחר מבצע בית וגן. שאמי א־שאמי, בכיר בפת"ח, מסר שנשיא איחוד האמירויות, שייח' מוחמד בן־זאיד, הנחה את הרשויות במדינתו למלא את כל צורכי מחנה הפליטים בג‘נין לאחר המבצע. לדברי א־שאמי, נשיא איחוד האמירויות ביקש לאמוד את היקף הנזקים במחנה ולכסות את עלויות השיקום.
השר לשלטון המקומי ברשות, מג‘די סאלח, אמר כי האומדן הראשוני של היקף הנזקים במחנה הפליטים בג‘נין עומד על כ־2 מיליון שקלים. עם זאת, מקורות פלסטיניים אחרים טענו שהסכום גדול הרבה יותר, ומתקרב לכ־15 מיליון דולרים.
