35 ימים לפני פתיחת שנת הלימודים, הודיע מנכ"ל המשרד אסף צלאל על עזיבת תפקידו, זאת אחרי כחצי שנה בלבד, והותיר בהלם רבים מבכירי המשרד וגם את שר החינוך יואב קיש עצמו, שמינה אותו לתפקיד. בהודעתו לתקשורת לא ציין צלאל במפורש אף סיבה למהלך אך רמז לסערה הציבורית סביב חקיקת התיקונים במערכת המשפט כשכתב כי "הקרע אליו הגענו אינו מאפשר לי להמשיך ולממש את אחריותי כהלכה".
אחרי ההודעה מיהרו רבים להעלות טענות לסיבת המהלך של המנכ"ל המתפטר. מתנגדי הרפורמה טענו שהמחאה הכריעה אותו והוא לא יכל עוד להיות חלק ממערכת שמקדמת את צעדים כמו ביטול עילת הסבירות, ארגונים אזרחיים בתחום החינוך טענו כי "הכניעה" של קיש לשר במשרד החינוך חיים ביטון והעברות הכספים למוסדות החרדים והחלשת הזרמים הממלכתיים היו יותר מדי עבורו.
בכירים במשרד החינוך אמרו בשיחה עם אתר מקור ראשון כי הסיבה הייתה אחרת, והגיעה מסביבתו הקרובה של צלאל. "היו לו הרבה לחצים מאנשי קיבוץ רמת-השופט שבו הוא גר, ומהחברים לטייסת שבה שירת. זה קשה שכל הזמן שואלים אותך איך אתה יכול לעבוד בשירות הממשלה. עד שהוא נשבר".
"היו דברים שהפריעו לו בהתנהלות בתוך המשרד כמו מינויים וכל מיני הנחיות אבל זה לא חריג", אמרו הגורמים, "בסוף הוא מנכ"ל משרד, וצריך לעשות גם דברים שהוא לא אוהב".
צלאל, שהגיע למשרד החינוך היישר משירותו כטייס בחיל האוויר, התייחס גם לקריאה של טייסים לאי התייצבות לשירות במחאה על רפורמת המשפט והבהיר: "אמשיך לטוס ולשרת בתפקידי המקצועי בצה"ל בראש מורם, כי זו משמעות המשפט 'אין לי ארץ אחרת גם אם אדמתי בוערת' (…) מעולם לא השתייכתי לצד זה או אחר ואיני בוחר צד גם היום. מערכת החינוך היא ממלכתית ויש לשמור עליה כזו. יש לקחת אותה כעת, לחשב מסלול מחדש וגם באמצעותה לפעול לאיחוי הקרעים", כתב המנכ"ל היוצא והודה לשר קיש שהחליט להיעתר לבקשת ההתפטרות ולא הפציר בו להמשיך עד לפתיחת שנת הלימודים הקרבה.
