בשירות בתי הסוהר נערכים לקליטה של מאות אסירים ביטחוניים שיגיעו למתקני הכליאה בימים הקרובים. מדובר במחבלים שנתפסו במבצעי צה"ל ביהודה ושומרון ומחבלי חמאס שנתפסו בעוטף עזה לאחר שהשתתפו במתקפה הרצחנית על היישובים. כמו כן ישנן המלצות של הארגון לדרג המדיני לצמצם את תנאי האסירים הביטחוניים.
מאז תחילת מבצע חרבות ברזל הגיעו לבתי הכלא בישראל כ-500 מחבלים החשודים בעבירות של טרור. 120 מתוכם הינם מחבלים שחדרו לישראל והשתתפו במתקפת הטרור הרצחנית בישובי הדרום, עוד כ-400 הינם מבוקשים שנעצרו ביהודה ושומרון.
ישנם עוד מחבלים שעצורים בידי שב"כ ויגיעו למתקני שב"ס בימים הקרובים. לשם כך העניקה היועצת המשפטית לממשלה אישור זמני, למשך שבועיים, לצופף את האסירים הביטחוניים בתאים מעבר למכסה שאותה התיר בג"ץ הכליאה בעבר, וכן הונחה על שולחן הכנסת הצעת חוק להצפפת התאים בכדי שיוכלו בשירות לקלוט את כלל עצורי הטרור שיגיעו בתקופה הקרובה. אתמול (ב'), עם פתיחת מושב החורף של הכנסת, אישרה המליאה בקריאה ראשונה את הצעת החוק שתאפשר להלין אסירים ביטחוניים על מזרונים על הרצפה. כך, לפי ההצעה, ניתן יהיה להמשיך לקלוט עצורים חדשים במתקני כליאה למרות שהם נמצאים בתפוסה מלאה. 13 חברי כנסת תמכו בהצעה לעומת חמישה שהתנגדו, והיא תועבר לוועדה לביטחון לאומי לקראת הכנתה לקריאות שנייה ושלישית.
מחבלי הטבח בדרום מוחזקים בנפרד מיתר האסירים בכלא ולא הועברו לאגפים בהם יושבים האסירים הוותיקים יותר. לדברי נציבת שב"ס, רנ"ג קטי פרי, "הם מוחזקים בתנאים מינימליים על פי חוק ומקבלים לינה, מזון ושתיה בלבד".

כמו כן אומרת הנציבה כי מאז תחילת הלחימה חלה הקשחת תנאים כלפי כלל האסירים הביטחוניים. שידורי הטלויזיה הופסקו, הוצאו כל המכשירים החשמליים מתאי האסירים, תפקיד "דובר האסירים", הגורם שמייצג את המחבלים מול סגל הכלא – הוקפא וכן אין יציאה מהתאים למעט זמן "טיול בחצר" שכולל את זמני המקלחת. כמו כן הופסקו כלל ביקורי המשפחות מאיו"ש ומעזה למחבלים המרצים עונשי מאסר בישראל. "כל מה שמחבר בין האסירים לעולם שבחוץ – הופסק".
בתוך כך בשב"ס העבירו המלצה לדרג המדיני לשקול בישיבת קבינט את הפסקת העברות הכספים המועברים לאסירים מהרשות הפלסטינית המשמשים אותם לקניית ציוד אישי ואוכל בקנטינה.
בשב"ס נערכים גם עם עיבוי המעטפת הביטחונית הן כדי למנוע הפרות סדר והתפרעויות של אסירים בתוך האגפים והן כדי למנוע נסיונות של מחבלים שחדרו מעזה ועדיין לא נתפסו להגיע למתקני הכליאה בדרום ולנסות לפגוע בהם. כמו כן חלים תגבורי אבטחה למנוע נסיונות של אסירים ביטחוניים לפגוע באנשי סגל בתוך בתי הסוהר.
במספר מתקני כליאה אסירים קראו קריאות התומכות בחמאס ובמעשי טרור, אסירים אלה נשפטו בתוך הכלא וקיבלו עונש משמעתי על ידי סגל הכלא.