עם פרוץ המלחמה בעזה גויסו מאות אלפי חיילי מילואים, כשרבים מהם הם תלמידים ישיבות הסדר, שבמקום לחזור מתקופת בין הזמנים לספסלי הישיבה, הם עלו על מדים והגיעו ליחידותיהם, בשיעור שמוערך בקרוב ל-100 אחוזים.
בדומה לשאר המדינה, גם ישיבות ההסדר הושפעו באופן משמעותי מהלחימה. החל מישיבות שנמצאות סמוך לאזורי הלחימה כמו קריית שמונה, שדרות ונתיבות ולכן פונו, ועד ישיבות רבות שבהן צוותי ההוראה, הרבנים ואנשי המנהלה גויסו לשירות.
בנוסף, כיוון שכל תלמידי הישיבות שאחרי הפרק הצבאי בהסדר גויסו למילואים, היחידים שנשארו ללמוד אלה התלמידים בשיעורים הנמוכים – א' וב', שם הכמות מושפעת מתאריכי הגיוס, כמות התלמידים ועוד. באיגוד ישיבות ההסדר מספרים כי ישנן ישיבות מעטות שלא חזרו ללמידה בשל מחסור חמור באנשי צוות, מהרמ"ים והמנהלים ועד אנשי התחזוקה והטבחים שגויסו לשירות או שסביבתם הקרובה נפגעה מהלחימה.
מעבר לתלמידים שגויסו למילואים ביחידות הקרביות, גויסה כמות גדולה של תלמידים לרבנות הצבאית, ולמשימה העיקרית שלה – זיהוי החללים והנעדרים במחנה "שורה" סמוך לרמלה, שם עוסקים במלאכת קודש.
באיגוד ישיבות ההסדר הבינו את המצב איתו מתמודדים התלמידים המגויסים למשימות השונות, את האובדן שחלק מהישיבות חוו עם נפילת תלמידיהן בקרבות ובמעגלים המשפחתיים, וארגנו מפגש מקוון בזום בנושא "התמודדות עם טראומות", בהנחיית אנשי מקצוע. באיגוד סיפרו כי הסמנכ"ל המיתולוגי, אליעזר "לייזו" דויטש, שכל את חתנו רס"ן מוטי שמיר, שנהרג בקרבות ברעים.
כמו כן, ישיבות רבות שסדר יומן נפגע, בעקבות המחסור בתלמידים ואנשי צוות, או בשל העובדה שמבחינת פיקוד העורף הן אינן יכולות לפעול באופן רשמי, הקימו מערכי התנדבות ביישובים שלהן, כמו הישיבות בקריית שמונה, נתיבות ושדרות, שם התלמידים מסייעים בכל צורך שעולה.
