בעקבות המלחמה החליטו במשרד האוצר לעצור את הכספים הקואליציוניים כדי להפנות כמה שיותר משאבים לטובת צה"ל והטיפול במפונים ובמשפחות הנרצחים, החטופים והפצועים. אך יחד עם עצירת התכניות הלא רלוונטיות, יש גם פרויקטים חשובים שנעצרו, אחד מהם זאת תכנית פר"ח.
התקציב של פר"ח מגיע משלושה מקורות עיקריים: העיקרי שבהם זאת המועצה להשכלה גבוהה שממנת את המלגות לאקדמאים באוניברסיטאות והמכללות, משרד החינוך מתקצב את המלגות לסטודנטים והסטודנטיות שלומדים בסמינרים ובמכללות חרדיות שלא נכנסים תחת חוק ההשכלה הגבוהה ולכן לא מתוקצבים על ידי המל"ג, ומה"ט – המכון הממשלתי להכשרה טכנולוגית שמתקצב את ההנדסאים בנפרד. מדובר בתקציבים לא גדולים שמופנים דווקא לאוכלוסיות שצריכות יותר סיוע בתשלומים שכר הלימוד והמחיה.
בשנים האחרונות היו קשיים תקציביים מול משרד החינוך, והשנה העיקוב שהתמשך יותר מהרגיל, חייב את מנכ"ל פר"ח, אלון גלרון להתערב בעניין, וכך הוא גילה שלמעשה תקציב משרד החינוך לסמינרים החרדיים – הוקפא לחלוטין.
לטענת גלרון, משרד האוצר הודיע למשרד החינוך שהוא מקפיא את התקציבים הקואליציוניים בגלל המלחמה, כולל חלק מהתקציב של פר"ח. אך למרות שגם חלק מהתקציב שמגיע לסמינר נכלל בבסיס התקציב, במשרד החינוך החליטו שכל התקציב, 7 וחצי מיליון שקלים, לא יעבור למלגות המיועדות לסטודנטים החרדים. מאז עצירת התקציב, נעצרו כל התכניות של פר"ח הקשורות למוסדות הלימוד החרדים, וכעת מדובר ביותר מ-1,000 חרדים וחרדיות שלא מקבלים מלגות, במאות רכזות וגם ביותר מאלף תלמידים ותלמידות שלא מקבלים חונכים.
"בכל רחבי הארץ יש לנו סטודנטיות שזקוקות לכסף הזה, והסמינרים מתבססים על זה שיהיה לבנות מאיפה לשלם את שכר הלימוד שלהן", מספר גלרון ומוסיף כי, "יש גם את הילדות שנחנכות במסגרת פר"ח, שזקוקות לסיוע וכעת אין להן אף אחת".
מנכ"ל פר"ח אומר שבעקבות עצירת התקציבים, בסמינרים טוענים שמדובר באפליה כלפי החרדים מאחר ורק התקצוב המיועד למוסדות החרדיים נעצר. "כולם מצפים שפר"ח תמשיך לתת את השירותים שלה. יש לי גם רכזות חרדיות שזאת העבודה שלהן וחלק מהחיים שלהן. חלקן עובדות בפרח כבר עשרים שנה. בלית ברירה אני חייב להוציא אותן לחל"ת. האי וודאות שלהן היא עצומה. אני מכיר אותן מקרוב ויש לי אחריות אליהן. אני לא יכול להמשיך לשלם משכורת כשאין לי כסף. המצב הזה שמשרד החינוך לא מוכן להתחייב לסכום כזה או אחר, מייצר מערבולת קשה מאוד בכל המקומות".
מנכ"ל פר"ח גלרון טוען הערב כי "הממשלה אישרה בגדול, לא ספציפית לפר"ח. לא סוכם עדין מה הסכום וזה גם עדיין לא עבר בוועדת הכספים. לא נמסר לי מה הסכום ומתי זה יכנס לתוקף", סיכם.
ממשרד החינוך נמסר: התקציב אושר ע"י הממשלה עם אישורו בכנסת התקציב יועבר לטובת הפעילות.