אגף המודיעין חושף עדויות מתוך חקירות מחבלים של חמאס וגא"פ שבוצעו על ידי חוקרי יחידה 504, בהן מתוארת התארגנות גדולה של מחבלים בבית החולים שיפא. בחקירות נמצא כי "600 עד 1,000 פעילי חמאס מתחבאים בבית החולים", ופירוט על אמצעי הלחימה שאוחסנו במרחב.
בנוסף, מציינים המחבלים בחקירה את התשתיות המסודרות של חמאס בביה"ח, המשמשות את בכירי הארגון לתכנון והכוונת טרור. אחד הנחקרים, פעיל גא"פ, אמר כי "הפעילים נמצאים בכל המבנים, מפוזרים בכל מקום".
Video: צילום: דובר צהל
החקירות מהוות עדות נוספת לאופן בו חמאס מסכן ביודעין את תושבי הרצועה: "אין למחבלים מקום בטוח להיות בו חוץ מבתי החולים, ולכן הם נמצאים בבתי ספר או מקומות דומים".
נביל רגב עבד אשתיוי, פעיל הג'יהאד האסלאמי, הודה בחקירתו כי מטה בית החולים שיפא כמו גם בתי ספר ברחבי עזה, שימשו מקלט לפעילי הארגון ופעילי חמאס: "במבנה בית החולים היו הרבה מאנשינו, חלקם בלבוש של צוות רפואי". הנחקר הודה שעסק בייצור טילים משנת 2012.
Video: צילום: דובר צהל
בכר אחמד בכר קניטה, אחראי ההגנה על עזה מטעם חמאס, אמר בחקירתו כי תחת פיקודו משרתים יותר מ-140 פעילים ומפקדי יחידות. הוא אמר כי בבית החולים היו כ-1000 פעילי חמאס ששהו במקום יותר מחודש. הוא הוסיף שמחלקת ההתמחות ובית היולדות הישן שימש את מחבלי חמאס והג'יהאד שהכניסו בו גם נשק. לטענתו, האוכלוסייה הגדולה שנמצאת בבית החולים משמשת הגנה לפעילי חמאס שמנצלים גם את המים והחשמל שיש במתחם.
