שעות לאחר מציאת גופתו של הנער בנימין אחימאיר הי"ד שנרצח בפיגוע בבנימין, עת רעה צאן במסגרת עבודתו בחווה באזור, כעת מתבררים פרטים נוספים ממבצע החיפוש אחריו שבמהלכו, אחרי יממה, אותרה גופתו.
על המבצע פיקד אלישע מדן, לוחם במילואים שאיבד את שתי רגליו בלחימה בעזה. מדן שירת ביחידת מרעול, שהוקמה לאחר חטיפתם של שלושת הנערים בגוש עציון, במטרה לאתר נעדרים בשטחים פתוחים. הפעם, לאחר פציעתו, מדן הגיע למקום וסייע בהכוונת הכוחות.
הראשונים שהגיעו לגופת הנער, בהכוונת רחפן צבאי – היו אל"מ חזי נחמה, אשר הגיע מביתו בעלי להתנדב לחיפושים, ואליהו ליבמן, אשר בנו חטוף בעזה אשר גם הגיע לסייע בחיפושים. השניים הגיעו לזירה סמוך לשעה 12:20 בצהריים, בהכוונת רחפן צבאי.
ליבמן סיפר על מציאת גופתו של הנער: "מדובר ברצח אכזרי ביותר. רחפן של הצבא זיהה משהו חריג, שלח נקודת ציון שהגיעה אלינו, היינו בקרבת מקום בסריקות הלכנו לחפש בנקודה שקיבלנו ולצערנו מצאנו את הנער. זה היה ממש קרוב לנקודה משם בנימין הי"ד יצא. היה מראה מזעזע ביותר. הראש היה מעוך מאבן גדולה מלאה בדם. 3 מטר ליד הייתה סכין עם דם ועוד אבן עם דם, והפלאפון שלו היה ליד שבור ומנופץ. ממש אכזריות. זירה קשה ביותר".
כזכור, במהלך השבת הודיע המועצה האזורית בנימין כי "נמצאה גופתו של הנער בנימין אחימאיר, לאחר שנרצח בדם קר על ידי ערבים שפלים מכפרי האזור. בנימין הי"ד נרצח באזור בו רעה צאן ליד היישוב מלאכי השלום"
כוחות גדולים מאוד, ובהם כוחות מיוחדים של מערכת הביטחון, יחד עם אגפי המועצה, יחידות חילוץ ובסיוע מתנדבים רבים, עסקו בחיפושים גם בשבת. מערך החירום של מועצת בנימין פעל מהמקום ברציפות ביומיים האחרונים. ראש המועצה האזורית בנימין ישראל גנץ אמר כי "כל חטאו של בנימין הוא היותו יהודי שיצא למשימת התנדבות וביקש לרעות צאן. הרצח האכזרי מזעזע את כולנו והוא ניסיון של ערביי האזור, בהובלת הרשות הפלסטינית, לגרש אותנו מהאזור. הם באו לרצוח את בנימין במטרה לסלק את החוות ואנשיהם ששומרים על אדמות המדינה, על היישבים שלנו ועל כל מרכז הארץ".
"ערביי האזור", הוסיף גנץ, "בהובלת הרשות הפלסטינית, מעודדים ותומכים ברצח יהודים. הצבא, בהוראת הדרג המדיני, צריך לבצע פעולות עומק למיגור ההסתה ותשתיות הטרור. אם לא נפעל, זה יגיע לכל מקום במדינת ישראל. כאנשי התיישבות אנו נחזק את האחיזה בשטח ואת אנשי החוות. אני עומד בקשר עם מנהיגי המדינה והצבא בדרישה כי תהיה לזה משמעות מיידית בשטח. ההתיישבות בבנימין תמשיך בקומה זקופה. אנחנו מחבקים את הוריו ומשפחתו של בנימין בשעה קשה זו".