העימות בין מרכז ישיבות בני עקיבא להורי תלמידי ישיבת נחלים נמשך. המחאות שהחלו בעקבות הזימון לשימוע שנשלח ממרכז יב"ע לראש הישיבה, הרב שמואל לורנץ, הביאו את רשת החינוך להגיב באופן רשמי ולטעון כי הרב לורנץ הוא זה שיצר קרע בין ההורים למרכז יב"ע ולכן זומן לשימוע, שאחריו הוא עשוי למצוא עצמו מפוטר. על פי מרכז ישיבות בני עקיבא, "המרכז ניסה להגיע להבנות עם ראש הישיבה בכל דרכי השלום והנועם אפשריות, אך ללא הועיל".
לאחר שהשימוע לראש הישיבה לא בוטל על אף דרישת ההורים, תלמידי חטיבת הביניים החלו ללמוד רק אחרי שביתה בשעה הראשונה, ובחטיבה העליונה לא התקיימו כלל לימודים, כשהתלמידים מכיתות ט' עד י"ב קיימו מחאה בכניסה לישיבה בנחלים וחלקם אף נסעו להנהלת מרכז ישיבות בני עקיבא, ברמות שפירא שבמושב בית מאיר בהרי ירושלים, ומחו שם על צעדי הרשת.
עידן, תלמיד כיתה י"ב, בשנתו השישית בישיבה וממובילי המחאה שהגיע היום לרמות שפירא, הבהיר בשיחה עם אתר מקור ראשון כי "אני לא מתעסק בלדבר על אנשי מרכז יב"ע, בטוח שהם אנשים עם כוונות טובות אבל אני יודע בוודאות מי זה הרב לורנץ. אני ספגתי ממנו אישית המון ערכים. הוא איש טוב וטהור ולא ניתן לאף אחד לפטר אותו. בטח לא ככה".
במקביל, התייצבו היום (ה') אנשי הצוות החינוכי של המוסד לצידו של ראש הישיבה והעניקו לו גיבוי מלא. "אנו, ר"מי הכיתות בישיבת נחלים, מוחים על ביזוי כבודו של ראש הישיבה, הרב לורנץ, בעצם קבלת מכתב שימוע הפיטורים. אנו, שעובדים תחת הנהגת הרב רואים את ההתנהלות המדהימה, הדרך החינוכית המרשימה וההשקעה האין סופית בתלמידים ובישיבה. הרב לורנץ מוביל את הישיבה, הרים אותה מהמקום הלא טוב שהייתה בו והכל ברוח טובה, שיתופיות, יראת שמים ואמונה בצדקת הדרך. אנחנו עומדים מאחורי הרב, מגבים אותו באופן מלא וקוראים לכם לחזור בכם ולבטל את השימוע", כתבו הר"מים של ישיבת נחלים.
גם במטה ההורים נגד פיטורי הרב לורנץ הגיבו למכתב של מרכז יב"ע, והבהירו כי למרות שהצוות החינוכי תומך ברב לורנץ, הם לא לוקחים שום חלק פעיל במאבק מאחר שהם עובדים של עמותת נחלים ורשת החינוך המגזרית. "אנחנו לא ממש שואלים ומתייעצים איתם. מטה ההורים פועל בעצמו בצורה הכי מרוסנת שניתן. בכל מקרה אני עושה הכל כדי לשמר שיח. "התלמידים פועלים כבר בעצמם. בייחוד הגדולים ואנחנו מנסים לשמור עליהם שלא יעשו שטויות. חלילה לא לעבור על מה שמותר, ולא לרדת לשיח מכפיש ופוגעני. אבל חשוב להבהיר- באופן מדהים התלמידים מתייצבים כולם כאחד למען ראש הישיבה ולא מוכנים לוותר בשום אופן. אני לא מכירה תופעות כאלו שככה תלמידים נרתמים למען ראש הישיבה שלהם. הכאב האמיתי שלהם חד משמעית ניכר".