דרמה מתפתחת במערכת הבחירות לרבנות הראשית, לקראת יום ההצבעה שאמור להתקיים בקרוב: בעקבות החלטתו המסתמנת של הרב שמואל אליהו, רבה של העיר צפת, להתמודד על תפקיד הרב הראשי הספרדי הראשון לציון, בש"ס מאיימים שיבטלו את העסקה עם יושב ראש מפלגת הציונות הדתית בצלאל סמוטריץ', ולא יתמכו במועמד הדתי־לאומי לתפקיד הרב הראשי האשכנזי, כך נודע למקור ראשון. משמעות המהלך: סיכוייו של הרב מאיר כהנא יפחתו מאוד.
בכירים בש"ס אומרים כי עצם ההתמודדות של הרב אליהו משמעותה פירוק העסקה, וכי לרב כהנא אין סיכוי של ממש להיבחר ללא תמיכת המפלגה, אשר רב כוחה בגוף הבוחר. במפלגתו של אריה דרעי מבהירים שאם סמוטריץ' ירצה בכל זאת לשמר את העסקה בשביל הרב כהנא, שנבחר בוועדת רבנים בראשות הרב יעקב אריאל, על סמוטריץ' לפרסם מכתב בחתימת "בכירי הרבנים" במגזר הדתי האוסר להצביע לרב אליהו.
שר המורשת עמיחי אליהו – המעורב לפי מקורות פוליטיים במגעים של אביו הרב שמואל אליהו לקראת ההתמודדות – אומר למקור ראשון כי אביו טרם הכריע אם להתמודד. "אנחנו בודקים את הנושא, וחושבים שהסיכויים גבוהים לנוכח הפיצול בש״ס", הוא אומר. דרעי קרוע בין שני מועמדים לתפקיד הראשון לציון: אחיו הרב יהודה דרעי, רבה של באר־שבע, והרב דוד יוסף, בנו של הרב עובדיה יוסף ז"ל.
השר אליהו מאשים דווקא את אנשי סמוטריץ' בפירוק העסקה עם ש"ס: "מי שהקים את הוועדה מנסה למצוא דרכים לחמוק מהחלטתה, במטרה להביא לניצחונו של הרב מיכה הלוי. אין סיכוי שש"ס יצביעו לרב כהנא, זה מגוחך. הוועדה הוקמה 'על הראש' של עוצמה יהודית, וזו תקלה גדולה. הגיע הזמן שיהיה רב ראשי ספרדי ציוני. זאת חרפה שאין מחשבה שהרב הספרדי יהיה דתי־לאומי, וטעות שמשמעותה ויתור על הציבור הספרדי".
רבנים נוספים ששוקלים להתמודד לתפקיד הרב הראשי האשכנזי ועשויים להרוויח מהתמוטטות העסקה הם הרב משה חיים לאו, רב העיר נתניה הרב קלמן מאיר בר, וכן הרב מיכה הלוי. התמודדות הרב אליהו תסייע לרב הלוי ציבורית להגיש את מועמדותו, אף שהפסיד לרב כהנא בוועדת הרבנים.
גם בבחירות בשנת 2003 נחתמה עסקה דומה, אך סמוך לבחירות הגיש הרב אליהו את מועמדותו, ועקב כך הפסיד הרב יעקב אריאל בהתמודדות לרב יונה מצגר.
