בפעילות צה"ל בג׳נין שהתרחשה הלילה (ד') נהרג סרן אלון סקאג'איו, מפקד מחלקת צלפים בסיירת חרוב מפיצוץ מטען, ועוד 16 לוחמים נפצעו – לוחם נוסף באופן קשה, קצין, פראמדיקית ושלושה לוחמים נוספים באורח בינוני, ושמונה לוחמים נוספים נפצעו באורח קל. כלל הלוחמים פונו לקבלת טיפול רפואי בבית חולים, משפחותיהם עודכנו.
על פי התחקיר הראשוני, כוחות מאוגדת שומרון ערכו מספר פעולות מקדימות לפעילות המרכזית במרחב ג׳נין, כולל חשיפת צירים באמצעים הנדסיים. רכב ממוגן מסוג "פנתר" שהיה שייך לתאג"ד, הכוח הרפואי של סיירת חרוב, עשה דרכו באחד הצירים שנחשפו כשלפתע מטען הופעל נגדו. מספר לוחמים נפצעו באורח קל מהדף ושאיפת עשן. על פי תרגולת מוכרת, לוחמים הגיעו לסייע בפינוי וטיפול בנפגעים, אך כשהגיעו לזירה ופרקו מהרכבים הופעל מטען נוסף נגדם. מהפיצוץ נפצע קשה מאוד הקצין אלון סקאג'איו ולאחר מכן מת מפצעיו.
בצה"ל מעריכים כי המטענים הוטמנו בעומק של כמטר וחצי ולכן לא התגלו על ידי החישוף ההנדסי, שחושף עד חצי מטר מהציר. כמו כן, ייתכן שמדובר במטען חוטי, שהופעל על ידי תצפיתן שהיה בסמוך לזירה.
