בפעילות צה"ל בג'נין בלילה שבין רביעי לחמישי נהרג מפיצוץ מטען סרן אלון סאקאג'יו (22), מפקד מחלקת צלפים בסיירת חרוב, ו־16 לוחמים נפצעו, אחד מהם באורח קשה. לפי תחקיר ראשוני שנערך באוגדת איו"ש, כוח מסוערב של יחידת דובדבן עצר 11 מבוקשים במחנה הפליטים, וכשסיים את חלקו במבצע נכנסו כוחות אחרים של צה"ל כדי לחפות על יציאתם מהאזור.
באחד הצירים עברו כלי הרכבים הממוגנים אחרי פעולת חישוף של די־9 ושופל, במטרה לגלות מטענים שמוטמנים בעומק של כחצי מטר. כשעבר בציר רכב ממוגן של הכוח הרפואי, הופעל מטען שהיה מוטמן עמוק באדמה. הרכב ניזוק, אך הלוחמים נפצעו בעיקר מהדף ומשאיפת עשן. הפרמדיקית בכוח נפצעה באורח בינוני.
לוחמים בג'יפ שנסע מאחורי הפנתר יצאו ממנו כדי לסייע בחילוץ ובפינוי, אך כמה רגעים לאחר מכן הופעל נגדם מטען נוסף. בפיצוץ נפצע קשה סרן אלון סאקאג'יו, ובהמשך מת מפצעיו.

בצה"ל מעריכים כי המטענים הוטמנו בעומק של כמטר וחצי, ולכן לא התגלו בחישוף ההנדסי. כמו כן, ייתכן שמדובר במטען חוטי, שהופעל בידי תצפיתן שהיה סמוך לזירה.
בצה"ל אומרים כי מאז 7 באוקטובר נערכו ביהודה ושומרון יותר מעשרת אלפים פעילויות של כוחות הביטחון. 45 מבצעים חטיבתיים נערכו בצפון השומרון בלבד, 25 מהם במרחב ג'נין. היקף הפעילות מסמן שבצה"ל מזהים התלקחות מחודשת בצפון השומרון. 22 שנה אחרי מבצע חומת מגן והקרבות הקשים בג'נין, העיר שוב הופכת למוקד טרור ששואב מחבלים רבים.
גורמי ביטחון אמרו למקור ראשון כי המבצעים נועדו לתפוס מבוקשים ולהחרים אמצעי לחימה, אך גם לגרום להתארגנויות מקומיות ולארגוני הטרור להבין שאין תוחלת בפעילויות נגד צה"ל וכי אין להם איפה להסתתר. כך, מדי שבוע נכנסים מאות לוחמים לג'נין או לטולכרם ועוצרים עשרות מחבלים, במטרה לעקור מהשורש התארגנויות טרור.
לכן, טוענים בצה"ל, פוטנציאל הטרור ביהודה ושומרון נשמר על אש קטנה. לפי הצבא, הוא הצליח ליצור "הרתעה" ביהודה ושומרון מאז 7 באוקטובר באמצעות חיסולם של כ־500 מחבלים.

בין השאר, אחד הכלים הוא הקלה של הוראות הפתיחה באש: לטענת הצבא מותר לחיילים לירות ברגליהם של מיידי אבנים וחשודים שמתקרבים לגדר קו התפר בשלב מוקדם מבעבר. ההרתעה, אומרים בצבא, גורמת לכל מי ששוקל לבצע פיגועים לשקול זאת מחדש.
מאז תחילת המלחמה, מדווחים בצבא, נעצרו יותר מ־4,000 מבוקשים ב"תחומי השיפוט" של אוגדת איו"ש וחטיבת הבקעה והעמקים, מעל שליש מהם משויכים לחמאס. המעצרים האלה, יחד עם תפיסת אלפי מחבלים מרצועת עזה, יצרו עומס גדול על בתי הכליאה בישראל.
בצה"ל אומרים כי מאז הטבח נכנס הצבא מדי יום למחנה פליטים אחד לפחות מ־15 המחנות ביהודה ושומרון – מטולכרם, נור א־שמס וג'נין בצפון ועד המחנות בגוש עציון וביהודה.
במבצעים הרבים הוחרמו יותר מ־750 כלי נשק עד כה, ובתים רבים נהרסו. בצבא טוענים כי בניגוד לעבר, בניות בלתי חוקיות "טריות" נהרסות מהר, לעיתים באישור מפקד הגזרה ובלי לחכות לבג"ץ.
בצה"ל ערים לעלייה בניסיונות לבצע פיגועי ירי ולפוצץ מטעני חבלה, ומדגישים כי בעקבות מתקפת הטרור בבוקר שמחת תורה נלקח בחשבון תרחיש שבו המון פלסטיני פושט על אחד מיישובי יהודה ושומרון. לכן גויסו להגנת האזור 8,000 לוחמי הגנה מרחבית ב־7 באוקטובר, וגם לאחר רידוד הכוחות ב־1 במאי יש עדיין ארבעה לוחמים ורבש"ץ בכל יישוב. בעקבות הטבח קיבלו הכוחות אמצעי לחימה נוספים, וכלי הרכב הממוגנים חוזקו.
גם בקו התפר יש שינוי ב"החזקה של המרחב": יותר גדודים ויחידות מיוחדות מאבטחים את האזור, ובניית הגדר מואצת. גם יכולות האיסוף, אמצעי התצפית והחמ"לים ביישובים תוגברו.

במערכת הביטחון מזהים ירידה בפעילות הטרור, ובעיקר ב"טרור העממי". בגזרת עציון, טוענים בצה"ל, אין כבר יידויי אבנים – לעומת שלושים אירועים כאלה בשבוע לפני המלחמה. בשומרון היו ארבעים אירועי יידוי אבנים בשבוע, וכיום רק כארבעה אירועים בממוצע בכל שבוע. גם בגזרת בנימין נרשמה ירידה מסוימת, אך מועטה יותר, בזכות נוכחות הכוחות בשטח וכניסתם לאזורים שצה"ל לא היה בהם במשך שנים.
גורם נוסף שתרם לכך הוא התפיסה ההתקפית, לדברי הצבא, ובכללה אותה הקלה בהוראות הפתיחה באש.
בצה"ל מדגישים כי לא זוהה "מיקוד פרטני" של התארגנות טרור, וכי לאורך שמונת החודשים האחרונים היו אירועי טרור נקודתיים בגזרות שונות ומשתנות. כמו כן טוענים בצבא כי המחבלים לא מזדהים עם ארגון טרור מסוים.
גורמים בצה"ל מסבירים כי המחבלים פועלים גם ממניע כלכלי: לצעירים מג'נין, שכם או טולכרם מוצע סכום כסף גדול במזומן בתמורה לירי או זריקת בקבוק תבערה ואבנים על כלי רכב ישראליים, כולל על תיעוד של האירוע והעלאתו לרשתות החברתיות.