פרקליטות המדינה הגישה לבית משפט השלום בת"א כתב אישום נגד יהונתן פולק, תושב ת"א כבן 42, בגין עבירות של הסתה לאלימות בדברים שפרסם בטור באתר עיתון "הארץ" ובנאום שנשא בפני קהל בתל אביב.
בכתב האישום, שהוגש ע"י פרקליטת מחוז ת"א אשרה גז-איזנשטיין, נאמר כי ביוני 2020, בעת שעבד כמעצב בעיתון "הארץ", פרסם פולק טור במהדורה הדיגיטלית של העיתון, תחת הכותרת "שוב אני הולך לכלא", ובו כתב דברים המהווים קריאה לעשיית מעשה אלימות או דברי שבח ועידוד למעשי אלימות, ועל פי תוכנו של הפרסום המסית והנסיבות שבהן פורסם, יש אפשרות ממשית שיביא לעשיית מעשה אלימות.
בין היתר כתב פולק: "כדי להצטרף באמת למאבק למיטוט האפרטהייד הישראלי, יהיה על מיעוט האזרחים הישראלים היהודים שמעוניינים בכך, להצביע על זכויות היתר שלהם ולהיות מוכנים לשלם את מחיר הוויתור עליהן. מרד במשטר מתנהל כבר שנים בדמותה של ההתנגדות הפלסטינית, והמחיר שמשלמים חבריה הוא עצום. כדי לתרום לשינוי, על יהודים לוותר מרצון על השאיפה להנהיג את המאבק ולהובילו, ותחת זאת לתמוך במאבקם של הפלסטינים, לא בלב אלא בפועל. כן, עלינו לחצות את הקווים ולהפר את החוק. למרות המחיר, עלינו להצטרף אל ילדי האבנים ובקבוקי התבערה. עלינו לצעוד בעקבותיהם".
בחלוף מספר שעות הוריד עורך באתר, שלא על דעת פולק, את המילים "ולהפר את החוק. למרות המחיר, עלינו להצטרף אל ילדי האבנים ובקבוקי התבערה".

באישום השני נאמר, כי ביוני 2021 נאם פולק במועדון "צוותא" בת"א בפני קהל של עשרות אנשים, בכנס שבו זכה בפרס מטעם תנועת "יש גבול". פולק הוצג ע"י מעניקת הפרס כאחד ממקימי "אנרכיסטים נגד הגדר", ודובר ועדת התיאום של ההתנגדות העממית. בנאום, שהועלה גם ליוטיוב, אמר שוב פולק דברים המהווים קריאה לעשיית מעשה אלימות או דברי שבח ועידוד למעשי אלימות, ועל פי תוכנו של הפרסום המסית והנסיבות שבהן פורסם, יש אפשרות ממשית שיביא לעשיית מעשה אלימות.
בין היתר, אמר: "כשלבנים בדרום אפריקה התנגדו לאפרטהייד, הם לא עשו זאת כנציגי החברה המתנחלת המבקשים לתקן אותה, או לשפר אותה או להציל אותה. הם הצטרפו כמיעוט ל-NC, חלקם אפילו אחז בנשק ולמאבק למיטוט משטר האפרטהייד והקולוניאליזם. ואותו דבר גם כאן בפלסטין. כדי להצטרף באמת למאבק להפלת האפרטהייד הישראלי, מעט המתנחלים היהודים שמעוניינים בכך, יהיו חייבים לצאת נגד מהות המשטר הקולוניאליסטי… אנחנו חייבים לחפש ולמצוא את דרכנו לתוך תנועת השחרור הפלסטינית".
"כדי להצטרף באמת למאבק למיטוט האפרטהייד הישראלי, יהיה על המיעוט שלנו, המתנחלים היהודים שמעוניינים להצטרף למאבק הפלסטיני, לוותר על השאיפה לצבוע את המאבק בצבעים שהם נוחים לחברה הישראלית, ולהחליף את השאיפה הזאת בהצטרפות אמיתית, בפועל, למאבק השחרור של הפלסטינים תחת הנהגתם… מה שנדרש מאיתנו הוא לחצות את הקווים ולצעוד לצידם של ילדי האבנים ובקבוקי התבערה נגד הדיכוי וחוסר הצדק. בין אם בביתא, בבאב אל עמוד או כמה קילומטרים מפה ביפו, כשהמשטרה והמתנחלים משתוללים שם", אמר עוד.
גלעד אך, מנכ״ל ארגון ״עד כאן״ אשר חשף את מעלליו של האנרכיסט יונתן פולק והגיש מספר תלונות נגדו, מסר בתגובה להגשת כתב האישום: ״עדיף מאוחר מאשר לעולם לא. הגיע הזמן שמערכת המשפט תעמיד לדין אנרכיסטים שפועלים השכם וערב נגדה. מדובר בטיפה בים וכתב האישום הזה הוא רק סנונית ראשונה; יש לטפל בשורש הבעיה, ולא רק בגרורות שלה. אנו שמחים שהתלונה שהוגשה על ידנו התגבשה לכדי כתב אישום ,ומצפים מבית המשפט להושיב את פולק מאחורי סורג ובריח לעוד שנים רבות. ארגון ״עד כאן״ ימשיך לפעול לחשוף את מי שפועלים נגד צה"ל ומדינת ישראל מתוך המדינה, ונהנים מכך״.