בפסק הדין האחרון שכתב לפני מותו, מתיר ראש אבות בתי הדין בבאר שבע הרב יהודה דרעי ז"ל לבן שנולד מפונדקאית יהודייה נשואה, לבוא בקהל. בפני בית הדין הופיעו בני זוג מדרום הארץ. הבעל הצהיר כי הזרע נלקח ממנו והאישה הצהירה כי היא עברה תהליך של שאיבת ביציות ולאחר ההפריה במבחנה, הוחדר העובר לרחמה של פונדקאית. בדרך כלל הפונדקאיות הן לא יהודיות או יהודיות רווקות, גרושות או אלמנות. אולם, במקרה המדובר הפונדקאית הייתה אישה נשואה והתעורר חשש כי כאשר יגדל הילד, הוא לא יוכל לבוא בקהל ("ממזר") וייתקל בקשיים כאשר ירצה להינשא.
בית הדין הרבני בבאר שבע חקר, בדק ומצא כי הפונדקאית היא אישה דתיה ושומרת מצוות כמו בעלה. בני הזוג וגם הפונדקאית ובעלה ספרו לבית הדין כי הפונדקאות בוצעה בהנחיית רב מסוים, וכי הפונדקאית הבטיחה וקיימה לפרוש מבעלה במשך שלושה חודשים. ראש אבות בתי הדין בבאר שבע ואב"ד ההרכב לענייני יוחסין הרב יהודה דרעי חקר את הסוגיה הן בספרות ההלכתית, החל מהשולחן ערוך והפוסקים הראשונים והאחרונים ועד דיינים בני זמננו, וכן למד ביסודיות את תהליך ההפריה עם גינקולוגים ורופאים.
הרב דרעי מותח בפסק הדין ביקורת על אופן ביצוע הפונדקאות, ומערער על ההיתר שניתן לכתחילה לביצוע שלה על ידי אישה נשואה. "בפתח דברינו הננו להביע את עמדתנו כלפי היתרו החריג של הרב אשר התיר לבני הזוג אשת איש פונדקאית, ובלבד שתהיה שומרת תורה ומצות וגם תפרוש מבעלה ג"ח לפני החדרת העובר לרחמה, שההיגיון ההלכתי הפשוט והמקובל בקרב כל מורי ההוראה – להעדיף דווקא אישה פנויה כגון רווקה או גרושה ואלמנה שגם הם כמובן יהיו שומרי תורה ומצוות".
בפסק הדין אליו הצטרפו גם אבות בתי הדין בבאר שבע הרב אהרון דרשביץ והרב אריאל אדרי נכתב ונחתם: "מסקנא בדינא עסקינא שהבן שלפנינו הנולד לאשת איש פונדקאית מביצית האישה ומזרעו של בעלה, מותר הוא לבוא בקהל. כמו כן אנו קובעים שבעל הזרע הוא אביו הביולוגי לכל דבר ועניין, וכן ירשמו את שמו בכתובתו… ופשוט שאסור הוא בקרובות אביו בעל הזרע וגם יש לאוסרו בקרובות אשתו בעלת הביצית ובקרובות האישה הפונדקאית".
בסיום פסק הדין האחרון שלו מוסיף הרב דרעי ז"ל כדרכו במשפטי יוחסין את הביטוי "והנלע"ד (-והנראה לעניות דעתי), בעזרת צורי וגואלי וה' יתברך יצילנו משגיאות ויראנו בתורתו נפלאות אמן".
