הנרצח בפיגוע בצומת מחולה הוא יהונתן דויטש הי"ד. בן 23 היה במותו, תושב בית שאן. דויטש הוא בנו של אורי דויטש, מנהל המקיף הדתי (לשעבר). יהונתן היה לוחם יחידת מגלן שהשתחרר לפני כחודש והיה אמור להתחתן בחודש הבא עם ארוסתו.
מדובר צה"ל נמסר כי "מחבלים ביצעו ירי מרכב חולף לעבר מספר רכבים בצומת מחולה שבכביש 90 במרחב חטיבת הבקעה והעמקים. כתוצאה מפיגוע הירי, נרצח אזרח ישראלי ונפצע אזרח נוסף אשר מטופל כעת על ידי צוותים רפואיים. כוחות צה"ל פתחו במרדף אחר המחבלים, חוסמים צירים ומבצעים סריקות נרחבות במרחב".
מדוברות מד"א נמסר כי בשעה 15:28 התקבל דיווח במוקד 101 של מד"א במרחב גלבוע, על ירי לעבר 2 כלי רכב בכביש 90 סמוך לצומת מחולה. חובשים ופראמדיקים של מד"א בשיתוף כוח רפואה של צה"ל העניקו טיפול רפואי ל-2 נפגעים, בהם גבר בשנות ה-20 במצב אנוש (יהונתן דויטש, שבהמשך נפטר מפצעיו) וגבר בן 33 במצב בינוני עם פציעות מירי. לאחר זמן קצר נקבע מותו של הגבר הצעיר ופינו במסוק את הגבר בן ה-33, שסבל מפציעות ירי בפלג גופו התחתון, לבית החולים.
בעקבות הפיגוע צה"ל עורך בשעות אלה מצוד אחר המחבל, וכוחות רבים מתגברים את צירי הבקעה והדרכים הסובבות. ראש המועצה נמצא בקשר רציף עם אלוף הפיקוד, המח"ט וכלל גורמי הביטחון. מטעם המועצה האזורית בקעת הירדן, נמסר בהודעה לתושבי האזור: "ראש המועצה בקשר רציף עם אלוף הפיקוד, המח"ט וכלל גורמי הביטחון. מועצה אזורית בקעת הירדן משתתפת בצער המשפחה ומאחלת החלמה מהירה לפצוע. בבקשה גלו עירנות ודווח למוקד הבקעה בטלפון – 1208 בעת הצורך".
כבר תקופה ארוכה שבמערכת הביטחון מזהים עלייה בניסיונות לבצע פיגועים בישראל, רבים מהם בהכוונה ומימון איראניים. על רקע זה, בשבוע שעבר, מארב של כוח צה"ל חיסל מחבל סמוך לבקעות, ואותרה זירת מטענים שנועדה לפגוע בלוחמים.