בית המשפט העליון בשבתו כבג"ץ קבע היום (ד') פה אחד, כי תנאי כליאתם של מחבלי הנוח'בה בבסיס שדה תימן אינם עומדים בדרישות החוק וכי הם בלתי חוקיים. בכך, קיבל בית המשפט העליון את עתירת האגודה לזכויות האזרח, רופאים לזכויות אדם – ישראל, המוקד להגנת הפרט ועוד, וחייב את המדינה לשלם לעותרים הוצאות בסך 20,000 שקלים.
בעתירה של ארגוני זכויות האדם הישראליים שביקשה להגן על מחבלי נוח'בה הכלואים במתקן, נטען כי המדינה מפרה באופן שיטתי את תנאי הכליאה שמעוגנים בחוק ובתקנות, באופן שמוביל לפגיעה בחייהם ובשלמות גופם של המחבלים הכלואים. בין שלל הטענות: מוחזקים בשטח פתוח שסביבו גדר תיל, ללא הפרדה לתאים וללא מיטות, שולחנות או כל ציד אחר; ידי המחבלים הכלואים אזוקות באזיקוני פלסטיק ועיניהם מכוסות בפלנלנית בכל שעות היממה; האיזוק הממושך הוביל לקטיעת אברים; הכלואים נדרשים לשבת באותה תנוחה כל העת מבלי אישור לזוז או לדבר; תנאי השינה אינם הולמים וכוללים שינה על מזרון דק, אורות דולקים ומאווררים גם במזג אוויר קר.
העותרים טענו עוד כי המחבלים מוענשים באופן פיזי וכי מספר הכלואים אינו ידוע אך הוא גבוה בהרבה ממספר הכלואים שהוחזקו במתקן זה בעבר, דבר המלמד על צפיפות ודוחק. כמו כן, עלו טענות לטיפול רפואי לוקה בחסר וכי פרוצדורות רפואיות נעשות בלא רופא מרדים.
ממלא מקום הנשיא, השופט עוזי פוגלמן, הבהיר כי במוקד העתירה ניצבת השאלה האם על מדינת ישראל לפעול בהתאם לחוק ולתקנות שר הביטחון בעניין הכליאה. המדינה טענה כי היא מקיימת את עיקר התנאים הקבועים בתקנות ועדכנה על מספר צעדים שהיא נוקטת על מנת להחזיר את המתקן לייעודו המקורי, קרי מתקן כליאה לשהייה זמנית קצרת טווח, לצרכי חקירה ומיון בלבד.
בעקבות הדיון שהתקיים בחודש יוני, עדכנה המדינה כי היא נקטה צעדים להערת כלואים משדה תימן למתקני כליאה אחרים, ופעולות להתאמת המתקן לחוק ולתקנות. כמו כן, עדכנה המדינה על עבודות שהחלו לשיפור התנאים הפיזיים שבמתקן ובכלל זה הוספת תאי שירותים ומקלחות מונגשים; בניית חצר טיפולים; הקמת אזור התאוששות ושדרוג התשתיות הקיימות.
"הגענו לכלל מסקנה כי יש לקבל את העתירה" כתב השופט פוגלמן, וציין את לשון חוק "לוחמים בלתי חוקיים" שהוראותיו קובעות כי "כלוא יוחזק בתנאים הולמים שלא יהיה בהם כדי לפגוע בבריאותו ובכבודו".
"אין חולק כי המלחמה המתמשכת מזה כ-11 חודשים מציבה אתגרים רבים לפתחה של המדינה, ובכלל זאת גם בהיבטי כליאה… ואולם נקודת המוצא אותה יש להדגיש היא שגם בימים אלה של מלחמה קשה, ל המדינה לפעול במסגרת הדין… ההגנה על שלטון החוק – גם בימים של מלחמה קשה – היא הביטוי המובהק לשוני בין מדינה דמוקרטית, שנלחמת על נפשה, לבין ארגוני הטרור שמבקשים לכלותה".
עוד נכתב בפסק הדין כי מאחר שהביקורת השיפוטית צופה פני עתיד ונוכח השינוי המשמעותי בתנאי הכליאה במתקן, בתקופה שבה העתירה הייתה תלויה ועומדת, הן לעניין צמצום מספר הכלואים בו, הן לעניין התשתיות המצויות בו, פסק הדין לא נדרש להכריע ביחס לטענות העובדתיות שהועלו בעתירה.
הובהר בפסק הדין של השופט פוגלמן, אליו הצטרפו השופטים עופר גרוסקופף ודפנה ברק ארז כי יש להניח שהטענות העובדתיות ידונו בין היתר על ידי מנגנוני ביקורת אחרים. השופטת ברק-ארז הוסיפה, "בניגוד לארגוני טרור, מדינת ישראל היא מדינת חוק, וגם בזה כוחה".
