כוחות רבים של צה"ל רודפים בשעות אלה אחר המחבלים שרצחו הבוקר (ב') שתי נשים וגבר בפיגוע סמוך לקדומים. עד ראייה שהיה בפיגוע טוען כי בזירה היו שתי חוליות מחבלים עם נשקים ארוכים.
הפיגוע התרחש סביב השעה תשע ורבע בבוקר בכביש הראשי שחוצה את הכפר פונדוק הסמוך לקדומים שבשומרון, שבו עוברים אלפי ישראלים וערבים מדי יום. על פי צה"ל, רכב לבן ובו בין שניים לארבעה מחבלים הגיע למקום, ועצר בזווית המאפשרת ירי לכביש. המחבלים ירו אל עבר אוטובוס ושני רכבים פרטיים ולאחר מכן נמלטו. כתוצאה מהירי שתי נשים וגבר נרצחו.
נהג אוטובוס שהיה במקום סיפר לאתר מקור ראשון כי הוא נסע לכיוון קדומים באוטובוס ריק מנוסעים של החברה לפיתוח שומרון (הנראה בתמונה). לדבריו, בתוך פונדוק, קצת לפני היציאה מהכפר, שלושה חמושים עם נשק ארוך פתחו לעברו בירי. 2 יריות פגעו באוטובוס אך הוא לא נפגע.

הנהג אמר כי חוליה נוספת חיכתה בהמשך, ביציאה מהכפר, שם ירו עליו 4 יריות נוספות. הנהג לא נפגע. האוטובוס ובו הנפגעים הגיע מולו, מכיוון קדומים ונורה קודם בידי החולייה מחוץ לכפר.
בצה"ל אומרים כי במסגרת הגדרת המשימות, החיילים שמוצבים בעמדה בשעות הבוקר כדי לאבטח את התנועה בצירים, סיימו את המשימה וירדו מהעמדה בכניסה לכפר כחצי שעה לפני הפיגוע. את הגזרה תופס כיום גדוד מילואים.

בצה"ל לא מכירים את זהות המחבלים וכרגע מנהלים מצוד אחריהם, בהובלת כוחות מיוחדים וכוחות הגזרה, כולל מעקב אווירי. בצה"ל הטילו כתר על שכם ועל כפרים נוספים בגזרה כמו פרעתה, אימאתין ופונדוק כדי למנוע מהמחבלים להסתתר. מי שנמצא בזירה הם מפקד אוגדת שומרון תא"ל יקי דולף, מח"ט שומרון אל"מ אריאל גונן ומח"ט אפרים נתנאל שמכה. אלוף פיקוד מרכז אבי בלוט נמצא בדרכו לשם.