המתיחות בין לשכת שר הביטחון לצה"ל עולה מדרגה. אחרי שהשר ישראל כ"ץ הנחה את הרמטכ"ל לזרז את קצב התחקירים ולשתף פעולה באופן מלא עם הביקורת של מבקר המדינה מתניהו אנגלמן, בדובר צה"ל הגיבו בחריפות ואמרו כי "פתרון הסוגיות צריך להתקיים בשיח בין שר הביטחון לרמטכ״ל ולא דרך התקשורת". בתגובה תקף דוברו של כ"ץ בחריפות את דובר צה"ל, וכתב כי "דובר צה"ל, שהתנצל לא מכבר על שחרג מסמכותו, ותקף את הדרג המדיני – שוב חורג מסמכותו, תוקף ומטיף מוסר לדרג המדיני". בהודעה שהופצה בשם דובר שר הביטחון, אדיר דהן, נכתב לסיום: "התנצלות הפעם לא תספיק".
בהודעת דובר צה"ל נאמר עוד כי "התחקירים מתקדמים לפי עומס הלחימה – המפקדים שמנהלים את הקרבות הם גם אלה שמבצעים את התחקירים", אמרו בדובר צה"ל בתגובה לדרישת השר להציג את התחקירים עד סוף החודש, והדגישו כי "קשב פיקודי חסר בלחימה, עלול לעלות בחיי אדם".
באשר לביקורת של מבקר המדינה אמרו בדובר צה"ל כי הצבא משתף פעולה באופן מלא עם ההליך, "למרות שמעולם לא נערכה ביקורת כזו במהלך מלחמה", וציין כי כיום מתנהלות 18 ביקורות של המבקר בצה"ל. "תחקירים איכותיים הם בסיסי חשוב מאוד ללמידה וביקורת המבקר. התחקירים יועברו למבקר בשקיפות מלאה בסיומם. צה״ל מחויב לאיכות התחקירים לפני מהירות עשייתם ויעשה הכל לסיימם באופן מקצועי מהר ככל שניתן".
"יש לציין כי לשכת הרמטכ״ל והרמטכ״ל לא המליצו לאף גורם צבאי לפנות לייעוץ משפטי", הבהירו בדובר צה"ל, "זהו הליך קבוע של הסנגוריה הצבאית, שביצעה אותו מתוקף תפקידה ועצמאותה מבלי צורך לבקש לכך אישור". בנוסף, בדו"צ הבהירו כי "לא ישב אף משפטן בתחקירי צה״ל ואף לאנשי הפרקליטות הצבאית אסור לנכוח על-פי חוק חיסיון התחקיר". יש לומר כי אפשר להסיק שמכלל לאו אתה שומע הן – לא נכח אף משפטן, אך נציגים אחרים כן, כפי שטען מבקר המדינה כלפי אנשי סגן הרמטכ"ל שנכחו בביקורת.
דובר צה"ל התייחס גם לדיוני המיונים שמעוכבים על ידי שר הביטחון עד הגשת התחקירים בסוף החודש, כשבתחילה אמר שלא ימונו אלופים חדשים, אך כעת הבהיר שכל המינויים מדרגת תת אלוף ומעלה יעוכבו. "תהליך המינויים בצה״ל הוא מקצועי וענייני, אחריות לאירועי 7 באוקטובר נבחנת לעומק והיכן שאין בהירות, ההחלטות נדחו. צה״ל מחויב להמשיך בתהליך מינויים מקצועי למען משרתיו הנלחמים כבר שנה ושלשה חודשים ברצף".
את הודעתו לציבור, דרך התקשורת, סיים דובר צה"ל בעקיצה לשר כ"ץ: "פתרון הסוגיות צריך להתקיים בשיח בין שר הביטחון לרמטכ״ל ולא דרך התקשורת".
