עו"ד רואי כחלון ימשיך לכהן בתפקיד ממלא מקום נציב שירות המדינה, אולם כהונתו תוגבל לשלושה חודשים בלבד, ללא תלות בשאלת התקדמות הדיון בעתירה הנוגעת לאופן מינויו של הנציב הקבוע, כך פסקו אמש (שלישי) שופטי בג"ץ, נועם סולברג, דפנה ברק ארז ודוד מינץ. פסק הדין ניתן כשבועיים לאחר ההצעה ברוח זו אותה הציעו השופטים לראש הממשלה כהצעת פשרה.
בהצעה נאמר, כי "בשים לב למכלול הטענות ומתוך גישה מעשית, נציע שכהונתו של משיב 3 (עו"ד רואי כחלון – ש"פ) כממלא מקום נציב שירות המדינה תהא לתקופה של שלושה חודשים, לא תוארך, ומבלי שתקופת כהונה זו תובא בחשבון לצורך מינויים עתידיים. אין באמור משום נקיטת עמדה לגוף העתירה, ככל שההצעה לא תתקבל. המשיב 1 (ראש הממשלה נתניהו – ש"פ) יודיע עד ליום 21.1.2025 אם נתונה הסכמתו להצעתנו".

בתגובה להצעת הפשרה הודיע בא כוחו של ראש הממשלה כי נתניהו מקבל את ההצעה, אך למעשה סייג את ההסכמה ולא התחייב שלא להאריך את הכהונה, תוך שהוא מזכיר את העתירה בנוגע לאופן מינוי הנציב הבא בה הוצא צו ביניים, "ראש הממשלה מקבל את הצעת בית המשפט הנכבד, ומברך על הגישה המעשית המגולמת [בה], במובן זה שאין לראש הממשלה כל כוונה להאריך את מילוי המקום מעבר לנחוץ. יוזכר בהקשר זה כי ממשלת ישראל פועלת בקדחתנות להביא למינוי קבוע מזה חצי שנה. חזקה על בית המשפט שניהול ההליך בעניין דרך מינוי הנציב הקבוע (בג"ץ 37830-08-24) יסתיים בסד זמנים אשר יאפשר מינוי קבוע לנציב שירות המדינה בטרם תידרש ארכה למילוי המקום, שכן ברי כי ראש הממשלה לא יאפשר תחלופת ממלאי מקום מעבר למשיב 3 , אשר לא עולה בקנה אחד עם רציונל הרציפות והיציבות בשירות המדינה".
אולם, אף שנתניהו לא קיבל את הצעת השופטים כפי שהיא, הבהירו שופטי בג"ץ כי כהונתו של כחלון כממלא מקום תסתיים בתום תקופת שלושת החודשים ולא ניתן יהיה להאריכה. "אין לנו אלא להבין את הודעת עו"ד פטר, ב"כ ראש הממשלה, כהסכמה להצעתנו כלשונה, כפי שניתנה בהחלטתנו מיום 14.1.2024; זאת, כמקובל בהליכים משפטיים, וללא כל תלות בהליכים אחרים. אשר על כן, דין העתירה להידחות, בכפוף לתנאים המעוגנים בהצעתנו האמורה", כתב השופט סולברג בחוות הדעת העיקרית.

השופטת דפנה ברק ארז אף חידדה וציינה, "מטעמים מעשיים ובהתחשב בפרק הזמן הדרוש לבירור עתירה, אף כאשר ניתן לדבר קדימות, סברתי כי הצעתנו נותנת מענה מתאים למצב שנוצר. מכל מקום, יסוד מוסד של ההצעה היה קציבתה של הכהונה לפרק זמן קצר של שלושה חודשים, ללא תלות בנסיבות או התפתחויות אחרות, ובכלל זה הליכים נוספים, ואפילו לא ימונה נציב שירות מדינה קבוע בתום תקופה זו".
בפסק הדין השופט סולברג אף רמז, כי בניגוד לשאיפתו של ראש הממשלה, לא ניתן יהיה למנות את כחלון לנציב במינוי קבוע. "אין לכחד, ניסיונו הניהולי של עו"ד כחלון – בדגש על ניהול בדרג בכיר – כמו גם מידת בקיאותו והיכרותו עם תחומי הפעילות המגוונים של הנציבות – לכל הפחות, מעוררים שאלות", כתב סולברג, וציין כי הכשרת המינוי כממלא מקום קשורה באופן הדוק בעיקר למגבלת משך הזמן שנקבעה, "הקביעה שלפיה כהונתו של עו"ד כחלון לא תוארך מעבר ל- 3 חודשים, 'מגדרת את הסיכון', ומבטיחה כי אין עסקינן בחלק מן ה"פרקטיקה הקלוקלת […], שלפיה בכל הנוגע למינויי בכירים רבים בשירות המדינה, 'הזמני הופך קבוע'". לכך הוסיף סולברג את הקביעה שהייתה חלק מההצעה ולפיה תקופת מילוי המקום לא תיחשב לכחלון כניסיון רלוונטי בנוגע למינויים עתידיים.