שופטי בית המשפט העליון, יוסף אלרון וגילה כנפי שטייניץ, קיבלו את ערעור הפרקליטות וקבעו בדעת רוב, נגד דעתו החולקת של השופט יחיאל כשר, כי עבירת הרצח שיוחסה לבנימין זאבי, הנאשם ברצח הנער ניסים שטרית ז"ל בשנת 1986, לא התיישנה. בהתאם לכך, כתב האישום נגדו לא יבוטל, ועניינו ימשיך להתנהל בבית המשפט המחוזי בירושלים.
בחודש מאי האחרון קבע בית המשפט המחוזי בירושלים כי העבירה התיישנה, משום שחלק מהפעולות שביצעה המשטרה לאורך השנים לא נחשבו ל"פעולות חקירה העוצרות את מרוץ ההתיישנות". בעקבות זאת, בוטל כתב האישום שהוגש בשנת 2021, עוד טרם שמיעת הראיות בתיק. הפרקליטות ערערה על ההחלטה, וטענה, מנימוקים משפטיים, כי לאורך השנים בוצעו פעולות חקירה מהותיות ומשכך מירוץ ההתיישנות נעצר, ולכן יש לאפשר את בירור האמת ומיצוי הדין עם המעורבים ברצח.
על פי כתב האישום, הנער שטרית נחטף, הוכה ונקבר ביער אשתאול על ידי זאבי ואחרים מקהילת "שובו בנים" בראשות אליעזר ברלנד, בשל כך שנפגש עם בנות – בניגוד לנורמות של חברי הקהילה שאליה כלל לא השתייך הנער. כתב האישום הוגש לאחר שנאספו ראיות שאפשרו לזהות את מבצעי הרצח.

המחלוקת בין השופטים נגעה לפעולות חקירה שבוצעו בשנת 2010, בניסיון להתחקות אחר גורלו של שטרית ולמצוא את גופתו, ולשאלה האם אלו היו חלק מחקירת הרצח כפי שהיא, או שמא נועדו לתכלית אחרת וממילא אינן עוצרות את "מירוץ ההתיישנות". בפסק דינו קבע השופט אלרון שכתב אח חוות הדעת העיקרית, כי "פעולות החקירה שנעשו בשנת 2010 הן פעולות מהותיות לאיסוף ראיות, שפוטנציאלית יכולות היו לקדם באופן ממשי את החקירה הפלילית בעניין היעלמותו של המנוח. הפעולות נעשו במטרה לאתר את המנוח או לזהות את גופתו – מטרה הקשורה באופן הדוק לתכלית של פענוח העבירה שבעקבותיה נעלם, והבאת האשמים בכך לדין". לעמדה זו הצטרפה כאמור גם השופטת גילה כנפי שטייניץ.
אולם השופט כשר סבר שאין מקום לראות בפעולות החקירה האלו ככאלו העוצרות את מירוץ ההתיישנות. לדבריו, "אין חולק שכל המעורבים באותן פעולות, החל מיוזם המהלך כולו (ניצב סגלוביץ') ועד למי שביצע את שיחות הטלפון עם אחיו של מר שטרית ואמו (מפקח שגיא קדמון), לא ידעו כלל שקיים או אפילו היה קיים חשד שהיעלמותו של מר שטרית קשורה בעבירה ושבוצעה חקירה כלשהי בהקשר זה, לנגד עיניהם לא עמדה מטרה של פענוח החשד להירצחו של מר שטרית וזו לא הייתה התכלית של הפעולות שבוצעו".
"מתקשה אני, מאוד, לראות הכיצד זה ניתן לטעון כי המהלך שיזם ניצב סגלוביץ' והפעולות שבוצעו במסגרתו, יכולות… להיחשב לפעולות שנעשו לגבי חקירה שעניינה בחשד לרציחתו של מר שטרית, וכדי לקדם חקירה שכזו במבט הצופה הליך משפטי בעניין זה", הוסיף השופט כשר, שעמדתו כאמור נותרה במיעוט ולא התקבלה.