ראש הממשלה בנימין נתניהו מבהיר במכתב ששיגר הערב (שני) ליועצת המשפטית לממשלה כי הוא דוחה את הנחייתה להקפיא את המהלך לפיטורי ראש השב"כ. "כידוע, הפסקת כהונת ראש השב"כ היא בסמכותה הבלעדית של הממשלה לפי סעיף 3(ג) לחוק שירות הביטחון הכללי תשס"ב-2002. מדובר בהחלטה ביטחונית ממדרגה ראשונה. כך בשגרה וכך, ביתר שאת בעת חירום ובשל אתגרים ביטחוניים דחופים. ניסיונך ליטול את שיקול הדעת הביטחוני של הממשלה בעת מלחמה ובאצטלה של יעוץ משפטי, הוא כפירה מסוכנת – לא ראשונה – בסמכות מפורשת של הממשלה".
בהמשך המכתב תקף נתניהו את הנימוקים אותם נתנה בהרב מיארה להנחייתה: "רמיזותייך על חשד ל'אי חוקיות וניגוד עניינים' הן היפוך גמור של הצדק. הנחיותייך על פתיחה סדרתית בחקירות נגד אנשי ראש הממשלה, שאפילו במשטרת ישראל לא מבינים את תכליתן, הן שימוש לרעה בסמכותך ופרקטיקה פסולה שהפכה לשיטה וכל מטרתה היא שלילת סמכות מהדרג הנבחר".

"החקירה שהזכרת הומצאה יש מאין כדי לפגוע בסמכותו של ראש הממשלה וממשלת ישראל", האשים נתניהו, וטען כי היא "נועדה לטרפד ולכבול את ידיה של הממשלה מקיום כל דיון עתידי על סיום תפקידו של ראש השב"כ. זו שיטה שקופה להפקעת הסמכות מהדרג המדיני הנבחר והעברתו לפקידים. במהופך לדברייך – הכוונה לסיים את כהונת ראש השב"כ לא באה על רקע החקירה. ההפך, ה'חקירה' היא שנולדה לאחר שהאפשרות להפסקת כהונתו עלתה על הפרק ופורסמה בתקשורת".
לדבריו, "טענתך שתפקיד ראש השב"כ 'אינו משרת אמון אישית של ראש הממשלה' היא מניפולציה. ראש הממשלה והממשלה מעולם לא דרשו חובת אמון אישית. המחוקק הוא זה שקבע שהשירות נתון למרות הממשלה וראש הממשלה הוא הממונה על ראש השירות. מכאן, שכדי לממש את תפקידם, הממשלה וראש הממשלה חייבים להאמין בראש השירות וביכולותיו להוביל את השירות בהצלחה מול האתגרים הדחופים. זהו האמון שנפגע. ראש השב"כ אינו מכהן במשרת אמון והניסיון להציג את חוסר האמון של ראש הממשלה בראש השב"כ כאילו מדובר ב'משרת אמון' הוא מניפולציה לשונית במילה אמון. לאור האתגרים הדחופים, זו לא רק סמכותה הבלעדית של הממשלה לבחור ראש שירות שיש לה את האמון בו שיתמודד עם האתגרים הביטחוניים הדחופים – זאת חובתה".
"בישיבתה הקרובה, תדון הממשלה, בין היתר, בסיום כהונתו של ראש השב"כ, על רקע אובדן האמון מצד ראש הממשלה ומצד חברים רבים בממשלה. אל הישיבה הזו תזומני. תוכלי לשמוע במהלכה בפירוט את הנימוקים להצעת ההחלטה ולהשמיע את עמדתך המשפטית בטרם תתקבל החלטתה של הממשלה בעניין", חתם נתניהו את מכתבו.