חבר מועצת הרבנות הראשית לישראל הרב אליעזר שמחה וייס, שיגר לפני כשנה לראשון לציון הרב יצחק יוסף, מכתב המצביע על שורת כשלים חמורים בכשרות הבשר המיובא מחו"ל בהכשר הרבנות הראשית. לטענות שבמסמך, שתוכנו הגיע לידיעת 'מקור ראשון', הצטרף גם חבר המועצה הרב שמואל אליהו. גורמים המעורים בנושא טוענים כי מרבית התקלות טרם תוקנו.
במסמך צויין כי למעלה מ-8,700 טון בשר מיובאים כל חודש למדינת ישראל בכשרות הרבנות הראשית לישראל, כאשר לפעמים ישנה כשרות נוספת של ארגון כשרות נוסף שבדרך כלל מסתמך על כשרות הרבנות הראשית. הרב ויס כתב לרב יוסף: "אנו עדים לתקלות חוזרות ונשנות בכשרות הבשר הזה ולכן רצינו לידע את כבודו שהוא אחראי על כשרות הבשר הזה. וגם להציע פתרונות". בין התקלות שהובאו נכתב כי בשר שהגיע לארץ עם סימון כשרות של הרבנות הראשית לא נשחט עם צוות מאושר של מחלקת שח"ל – שחיטת חו"ל.

בנוסף צוין כי שיבוץ הצוותים מתנהל בפועל ע"פ רצון והצרכים של היבואן, חלק מראשי הצוות מבוגרים ויש צורך לבדוק התאמה לתפקיד בגיל מבוגר, וכן תקופת עבודה ממושכת ללא הפסקה גורמת לשחיקת הצוות בצורה משמעותית. עוד נאמר כי מפקחי הרבנות הראשית לא יצאו לבקרות זה תקופה ארוכה, ודוחו"ת מהעבר הדורשים טיפול טרם טופלו.
לנוכח התקלות דרש הרב וייס למנות מנהל למחלקת שחיטת חו"ל שפועלת תקופה ארוכה ללא מנהל בראשה. לדבריו, "אי אפשר להשאיר מחלקה כל כך חשובה בלי מנהל מחלקה. הסתפקות בממלא מקום שעובד בחלקיות משרה הוא מקור לתקלות רבות. אשר על כן הדבר החשוב מכל הוא מינוי מנהל מחלקה". למרות שעברה למעלה משנה מאז שנשלח המכתב, עד כה לא מונה מנהל למחלקה.
טענה נוספת שהובאה במסמך היא שישנן תקלות ניקור שונות של בשר המגיע ארצה, ישנם קרטונים של בשר ללא כשרות בתוך משטח בשר "חלק" או קרטון של בשר "חלק" בעוד בתוכו בשר כשר ולא חלק, וכן העברת בשר עם חותמת הרבנות הראשית לקהילות בגולה בתקופות שלא מאושר בהם שחיטה והשחיטה נעשית שלא על פי כללי הרבנות הראשית, שוחטים שלא מאושרים וכד'.
ליקויים נוספים שהובאו בכשרות הבשר הם יציאת צוות שחיטה יצא ללא אישור מחלקת שח"ל, חלק מאנשי הצוות שלא מוסמכים לעבודה ואנשי צוות שנפסלו מלעבוד בשח"ל ממשיכים לצאת עם הצוותים, אין בקרה בנמל על הבשר המגיע ארצה, לא תמיד תנאי האש"ל והכשרות הלמו את דרישות הרבנות הראשית, וכן צוות יצא לעבודה ללא ויזת עבודה וללא ביטוח רפואי כנדרש.

גורמים בכירים בעולם הכשרות הגיבו למסמך של הרב וייס: "שורת הכשלים החמורה עליהם הצביע הרב וייס נמשכת עד היום, בחסותו של מנכ"ל הרבנות הראשית יהודה כהן, שפוגע בצורה אנושה בעולם הכשרות, ומתנהל בצורה מעוותת. כהן חייב לסיים את תפקידו, ולהעביר את תחום הכשרות לאדם שיוסיף לחיזוק כשרות הרבנות ולא יגרע ממנה".
ברבנות הראשית בחרו שלא להגיב לדברים. עם זאת, גורמים ברבנות הראשית ציינו כי לאחרונה שיגר הרב וייס מכתב לרב הראשי לישראל, הרב קלמן בר, בו הסתייג ממה שהגדיר "מתקפה אישית ופומבית" על מנכ"ל הרבנות הראשית, וטען כי נעשה שימוש לא לגיטימי במכתבו להשמצות על הרבנות הראשית וגורמים שונים בתוכה. נציין עם זאת כי הרב וייס לא חזר בו מהטענות לכשלים מערכתיים ומהדרישה לתיקונם. אותם גורמים הוסיפו כי מכרזים לאיוש המשרות השונות ובהן מנהל אגף בכיר כשרות בארץ ומנהל אגף בכיר כשרות חו"ל ושחיטה יצאו לפני חודשים רבים, וכי העיכוב באיוש המשרות נובע מהתמשכות ההליכים בנציבות שירות המדינה.
לאחרונה הגיש ארגון "לביא" עתירה לבג"ץ, לאחר ששורה של תפקידים רגישים באגף הכשרות של הרבנות הראשית נותרו בלתי מאוישים משך תקופה ארוכה. בעתירה מבקשים העותרים להוציא צו על תנאי הדורש מהרבנות הראשית ומנכ"לה להשיב, "מדוע מנכ"ל הרבנות הראשית לא יאייש לאלתר במינויי קבע את תפקידי ראש אגף הכשרות הארצית, ראש אגף שחיטת חו"ל ומנהל מחלקת היבוא, כולם ברבנות הראשית, בהתאם לכללי תקנון שירות המדינה. מדוע מנכ"ל הרבנות הראשית לא יאייש לאלתר את אותם תפקידים במינויים זמניים, עד לסיום הליך האיוש של אותם תפקידים במינויי קבע כאמור. מדוע מנכ"ל הרבנות הראשית לא ימנע לאלתר מחתימה בשם הרבנות הראשית על תעודות כשרות עבור בשר המיובא מחו"ל".