עו"ד ציון אמיר, המייצג את ממשלת ישראל בעתירות נגד פיטורי ראש השב"כ, הגיש את תגובת הממשלה לבקשת העותרים להוצאת צו ביניים שימנע את הפיטורין, במסגרתה ביקש לדחות את הבקשה.
בכתב התגובה, שהוגש בשם ראש הממשלה והממשלה לאחר שהתקבל אישורה של היועמ"שית לייצוג פרטי עבורם, נטען בין היתר כי הסמכות להעברת ראש השב"כ נתונה לממשלה על-פי הדין. הממשלה החליטה פה אחד להעבירו מכהונתו. אחריות הממשלה על השב"כ היא חלק מאחריותה לביטחון המדינה ולכן, הסוגיה אינה שפיטה.
עוד טען עו"ד אמיר בכתב התשובה כי הנפגע העיקרי מההחלטה בחר שלא להופיע בפני הממשלה ולהציג את טיעוניו, ואף בחר לא לעתור לבג"ץ בעניין, וממילא יש לדחות את העתירה על הסף. כתמיכה לכך הביא עו"ד אמיר את פסק דין "פוקס נגד היועץ המשפטי לממשלה (מנדלבליט)" במסגרתו נקבע כי אין לדון בעתירה של עותרים ציבוריים בעניין שבו יש נפגע אישי, ישיר ומובהק שבחר שלא לעתור לבג"ץ שכן "הם מתעברים על ריב לא להם".
בכתב התשובה אף צוין כי בתהליך החקיקה של חוק "שירות הביטחון הכללי" ובדגש על הסעיף שמסמיך את הממשלה לסיים את כהונת ראש השב"כ לפני תום תקופת כהונתו, הבהיר המשנה ליועמ"ש דאז, מני מזוז, כי הנחת המוצא היא ש"ראש שירות לא יכול לכהן אם הוא לא נהנה מאמון הממשלה". לנוכח זאת גם כיום לא ניתן לכפות על ראש הממשלה והממשלה המשך עבודה עם ראש שב"כ שאינו נהנה מאמונם.
עוד טען עו"ד אמיר כי אין שחר לטענה כאילו החקירות בעניין קטר גרמו להחלטה להעביר את ראש השב"כ מכהונתו. הסדר הכרונולוגי של האירועים מוכיח את ההיפך, ובכל מקרה ראש הממשלה לא חשוד בשום עבירה ולא נמצא בניגוד עניינים.
בסיום ציין עו"ד אמיר כי מכתבו של ראש השב"כ לממשלה שבו הודיע שאין לו אמון בממונים עליו והטיח בהם האשמות שווא, הוא בפועל מכתב התפטרות. לדבריו, בשל כל אלה ועוד, ראש הממשלה והממשלה מבקשים לדחות את הבקשה למתן צו ביניים.
