בנזיר בוטו ביקשה מישראל: "תגנו עלי"
לפני שובה למולדתה פנתה ראש האופוזיציה בפקיסטן אל המוסד בבקשה שיסייע באבטחתה אך במשרד החוץ חששו מסכסוך עם מושארף. סוכנות ידיעות איטלקית: אל-קאעידה נטל את האחריות
המנהיגה הפקיסטנית טענה בפניהם כי אנשי מושארף לא נתנו לה להגן על עצמה:הם לא אפשרו לה להתקין חלונות כהים בשיירת המכוניות שלה או להשתמש בציוד לאיתור מטעני צד. בוטו חששה מאוד שרצונו של מושארף היה להפוך אותה לברווז במטווח.
בישראל התקיימו בעניין מספר דיונים בין משרד החוץ, שתמך במהלך, לבין אנשי המוסד וגופים המתמחים באבטחת אישים. אולם לא התקבלה החלטה בנושא, מפני שישראל חששה להרגיז את המשטר הפקיסטני או ההודי.
עוד נודע כי בוטו שלחה לאחד ממקורביה בוושינגטון, אמריקני בשם מארק סיגל, אי-מייל שבו כתבה כי אם יקרה לה משהו היא מאשימה בכך את מושארף. היא הרשתה לסיגל לגלות זאת רק במידה ותירצח.
כשבועיים לפני שחזרה לפקיסטן, עוד הספיקה בוטו להיפגש עם שגריר ישראל באו"ם, דני גילרמן. בפגישה, שנערכה כשלוש שעות, היא בוטו פסימית ופטאליסטית, והביעה חשש כבד שפקיסטן על פרויקט הגרעין שלה, תיפול לידי הקיצוניים. גילרמן עצמו אמר שהוא לא מכיר את בקשת בוטו לישראל להגן עליה.
בוטו סיפרה לו שהיא חוששת שהגנרלים של הגנרל מושארף חותרים תחתיו, והסבירה שבפקסיטן מרוכזים
הפקיסטנית הסבירה לגילרמן כי היא יכולה לחיות חיים נוחים בכל מקום בעולם, הואיל ומשפחתה מחזיקה בתים בניו-יורק, בדובאי ובעוד מקומות ברחבי תבל, אבל הדגישה שהיא פטריוטית ולא תוכל לעמוד מנגד.
פחות מיממה לאחר הרצח, פקיסטן עדיין סוערת. עם היוודע דבר הרצח, הודיעה ממשלת פקיסטן על שלושת ימי אבל, במהלכם ייסגרו מרכזים מסחריים במדינה, בנקים וכן בתי ספר. ה"דיילי מירור" מדווח כי השר מרוין סילבה נחקר בחשד למעורבות לאירוע, לצד תחקור של 20 עדי ראייה נוספים. בעיר קראצ'י נורה שוטר למוות, כאשר חמושים פגעו בו בשכונת ליארי, הנחשבת למעוז תומכיה של בוטו.
בנוסף, החל העיסוק בזהות הרוצחים. רשת ה"סי-אן-אן" מדווחת כי בארצות הברית נבדקת הטענה כי ארגון הקיצוני אל-קעידא לקח אחריות להתנקשות. אולם לדיווח לא נמצא כל אישור באתרים איסלאמיים קיצוניים, ומקור הידיעה, ככל הנראה סוכנות איטלקית קטנה, אינו מבוסס במיוחד.
לפי אותו מקור, מפקד ודובר של הארגון באפגניסטן, מוסטפה אבו אל-יזיד, שוחח אישית עם סוכנות והכריז: "הצלחנו לפגוע בשלוחה האמריקנית שקראה תיגר על המוג'הדין".