"לו היו צופים התגובה, לא היו יורדים מהמסוק"
גורם ביטחוני בכיר מתח ביקורת על היערכות הצבא לפשיטה על המשט לעזה. "חשבו שיהיו דחיפות, לא האמינו שיפתחו באש חיה"
- לוחמי הקומנדו משחזרים: הרגשנו כמו בלינץ'

פינוי פצועים לבית החולים רמב''ם צילום: אלכס רוזקובסקי
"נערכו מספר דיונים במערכת הביטחון על התגובה של ישראל למשט והיו שהתנגדו לפעולה שהוצעה במתאר הנוכחי". הגורם הביטחוני העריך לא ניתן להוציא מכלל אפשרות שקבוצה אלימה מאוד הסתננה אל הספינה ולא שיתפה בכוונותיה את מארגני המשט.
"כל מי שנהרג נקט באלימות מסוכנת"
"כבר עכשיו ניתן לומר שנגרם לנו נזק הסברתי קשה בעולם", קבל הגורם הבכיר, "התקווה שלנו כעת שאחרי זיהוי הגופות לא נמצא שם אזרחים אירופאים או דיפלומטים, למרות שללא ספק כל מי שנהרג נקט בפעולה אלימה קיצונית שסיכנה את חיי צה"ל".
בצמרת הביטחונית גיבו את פעילות הלוחמים והטילו את האחריות לתוצאות הקשות של השתלטות חיל הים על משתתפי המשט. מוקדם יותר אמר הרמטכ"ל גבי אשכנזי כי הייתה אלימות קיצונית עם הגעת הכוחות לאונייה, ובשלה מסוים אף שימוש בירי חי. "האלימות חייבה - לאור סיכון של חיי אדם - להפעיל נשק, החיילים פעלו נכון. הציוד לפיזור ההפגנות לא הספיק ולכן הם הפעילו גם את נשקם".
גם
מפקד חיל הים אלוף אליעזר מרום (צ'ייני) אמר: "החיילים נהגו באיפוק וניסו למנוע פגיעה באמצעות אמצעים לפיזור הפגנות, אבל אחר כך נאלצו לפתוח באש. הם נהגו בביטחון וגם באיפוק".
שר הביטחון אהוד ברק הטיל את האחריות על מארגני המשט "שיזמו את ההתארגנות האלימה". לדבריו, "כל הקריאות לפני ובמהלך המשט נדחו על ידי הפעילים".