"רייצ'ל קורי" עגנה באשדוד, מאות הריעו לצה"ל
19 הפעילים שהיו על הספינה הועברו מהנמל למתקן של רשות ההגירה כדי להשלים את תהליכי הזיהוי והשימוע לפני גירושם מהארץ. על אף שהאשימו את ישראל ב"חטיפה", לא התנגדו הפעילים לעגינה. מאות התאספו בנמל והפגינו בעד צה"ל
מאות אזרחים הגיעו למקום כדי להביע תמיכה בצה"ל ובמדיניות הממשלה. הם קיבלו במחיאות כפיים את ספינות הטילים של חיל הים וסירות לוחמי השייטת שליוו את הספינה לנמל. מפגינים רבים התעטפו בדגלי ישראל ושרו שירי תמיכה ועידוד לצה"ל. כאשר ירדו לוחמי השייטת אל המזח לאחר סריקת הספינה הריעו להם עשרות מעובדי הנמל.
לא רק תושבי אשדוד הגיעו למקום. אורה לוי, בת 55 מתל אביב שחשה צורך להגיע לאיזור סיפרה: "הילדים שלי כבר השתחררו מצה"ל. אני מרגישה שאין לנו הסברה טובה. אנו מרגישים שארדואן עורך תחרות עם אחמדינג'ד על חשבון ישראל".
היא הוסיפה: "אנחנו רוצים שהטורקים יעסקו בשלהם ושיזכרו שעזרנו להם ברעידת האדמה. שיניחו לנו, יש לנו מספיק צרות גם בלעדיהם".

מוקדם יותר האשימו בארגון האירי הפרו-פלסטיני, IPSC, ששלח את הספינה, כי צה"ל חטף הספינה ו-12 פעיליה. בהודעה שפרסם הארגון נכתב כי ב"פעם השנייה בפחות משבוע, הצבא הישראלי הסתער וחטף ספינת סיוע לא חמושה, חטף את נוסעיה ואילץ את הספינה לסטות לכיוון נמל אשדוד בדרום ישראל". בארגון קראו לממשלה האירית לנקוט בצעדים דיפלומטים נגד ישראל וציינו כי בהמשך היום יקיימו צעדת מחאה והפגנה מול משרד הפנים במדינה.
זמן קצר לאחר ההשתלטות על הספינה אמר גורם ביטחוני כי "מתנהלים מגעים עם ארגונים בין לאומיים בעזה במטרה שייקחו אחריות על חומרי הבנייה שהובאו על
בתוך כך, ממערכת הביטחון נמסר כי חמאס מונע את כניסת הציוד שהועבר עד כה מהספינות למעבר כרם שלום.
קצין בכיר בחיל הים התייחס אף הוא לפרטי ההשתלטות השקטנה על ספינה: "לאחר שקפטן הספינה הבהיר לנו כי אין הוא מתכוון לעצור אלא להמשיך לכיוון רצועת עזה הם התבקשו לרכז את כל מי שנמצא על הסיפון בנקודה אחת מסודרת".
לדבריו, "שני צוותים של שייטת 13 עלו בצורה מבוקרת ומאובטחת לאונייה, ובשעה 12:15 נגמרה ההשתלטות, הכול נגמר בשלום ואפילו אנשי הספינה הורידו סולם חבלים ללוחמים. אחרי ההשתלטות עלו מספר חיילות של חיל הים כדי לסייע ובמידת הצורך ללוות".

גם ראש הממשלה בנימין נתניהו התייחס להבדלים בין ההשתלטות השקטה על ה"רייצ'ל קורי", לבין הפשיטה העקובה מדם על ה"מאווי מרמרה" ביום שני שעבר.
לדבריו, בשני המקרים צה"ל נהג באותו אופן, והסיבה שהפעם ההליך נגמר ללא נפגעים הוא שיתוף הפעולה של נוסעי הספינה, שהם "פעילי שלום" להבדיל מנוסעי המרמרה שהיו כלשונו "פעילים איסלאמיים קיצונים עם אלות וסכינים".
"ההבדל היה רק בספינה אחת תומכת טרור, שבה המתינו לחיילינו על הסיפון פעילים איסלאמיים קיצוניים עם גרזנים וסכינים", אמר נתניהו בהתייחסו למאווי מרמרה. "ישראל תמשיך לשמור על זכותה להגנה עצמית. לא נאפשר להקים נמל איראני בעזה".