דיווח: דגן סיכל חקירה של פרשיה ביטחונית
ערוץ 1 חשף כי ראש המוסד התנגד לבדיקה חיצונית של התנהלות גורמים בארגון סביב פרשיה ביטחונית משמעותית, ועמדתו התקבלה

ראש המוסד מאיר דגן צילום ארכיון: פלאש 90
הדרמה בהתמודדות על מקומו החלה כבר בשנת 2005, לאחר שדגן מינה את נ' לתפקיד המשנה לראש המוסד, ואת ת', דמות מוערכת מאוד בקהילת המודיעין, "השאיל" כיועץ בכיר לתחום המבצעים במטכ"ל, שהפך לציר מרכזי בפעילות של יחידות העלית בצה"ל.
ב-2007 הסתכסך דגן עם המשנה לראש המוסד
בשנת 2007 הסתכסך דגן עם נ', שהודיע על התפטרותו באופן מיידי. ת' הוזעק מצה"ל לחזור אל המוסד כדי לאייש את משרת המשנה לראש המוסד. בחודש יוני אשתקד עבר המוסד דרמה נוספת, כשכהונתו של דגן הוארכה בפעם השנייה לשנה שמינית. ת', המשנה לראש המוסד, ביקש לדעת האם יבטיח לו ראש הממשלה כי יהיה היורש בתום הכהונה
של דגן, ומשנענה בשלילה, הודיע בהפתעה גמורה על סיום תפקידו.
כעת, המועמדים להחליף את דגן הם חגי הדס, הממונה על תיק "גלעד שליט", ראש השב"כ יובל דיסקין, ראש אמ"ן עמוס ידלין, ת', או ראשי אגפים מתוך המוסד.
לפי פרסומים זרים היה המוסד אחראי לחיסולו של בכיר החמאס מחמוד אל מבחוח בדובאיי.