נתניהו לדגן: בשם העם היהודי – אני מודה לך
ראש המוסד היוצא נפרד משרי הממשלה וזכה לברכות מכולם. דגן שיבח את סוכני המוסד: זאת חבורה מעולה, הבדידות היא בן זוגם הקבוע

דגן הוסיף: "הם אנשים שעושים לילות כימים, בלי לקבל הכרה, פרס, או גיבוי קבוצתי. הם עובדים ללא סיוע מטוסים או שריון, ובמקרים רבים - ללא יכולת חילוץ. הנשק שלהם הוא חריפות שכל ואומץ לב. הם לא יכולים לספר גם לקרובים ביותר על מעשיהם. הבדידות היא בן זוג קבוע".
ראש הממשלה, בנימין נתניהו, הודה לדגן על עבודתו. "אני לא יכול לספר על כל המעשים והפעולות שעשית, אך מבקש להודות לך בשמי, בשם השרים, ובשם אזרחי ישראל והעם היהודי כולו על הדברים הגדולים והנצורים שעשית עבורנו", אמר.
נתניהו סיפר כי לפני שנה, כשהתארח בלשכתו של דגן, ראה על הקיר תמונה של יהודי עם זקן כורע לפני הנאצים. "שאלתי אותך מי זה, ואמרת שזה סבא שלך", אמר. "סיפרת לי שהוא נרצח, ואמרתי שעכשיו אני מבין את המחויבות העמוקה שלך לדאוג לכך שאף אחד לא יוכל לממש פעם נוספת את איום הכליה על העם היהודי".
שר הביטחון, אהוד ברק, אמר בדברי הפרידה מדגן: אני מכיר את מאיר דגן לאורך שנים. עוד בהיותו בצבא, דגן פעל בנכונות לייצר וליזום משימות תוך הבנה אסטרטגית וביטחונית בראייה רחבה. גם בתפקיד זה הפגין יוזמה ויצירתיות בלתי רגילה. מאיר דגן הוביל במוסד תנופה חסרת תקדים בטמפרמנט ביצועי, דמיון והעזה – בעיקר בנכונות ליזום ולקחת אחריות. אנשים הרגישו תמיד שמפקדם הבין את התמונה הכוללת".
המשנה לראש הממשלה, משה יעלון, אמר כי בשנותיו כראש המוסד הפך דגן את הארגון לחוד החנית במאבק בטרור העולמי ובגורמים באזור שמאיימים על קיומה של מדינת ישראל. "בתעוזה, בתחכום וביצירתיות הוביל דגן את אנשי המוסד העלומים לשורה של מבצעים שחיזקו את הביטחון
יעלון הוסיף: "עם ישראל חב רבות לדגן ולאנשיו במוסד, ופרידתו מהתפקיד היא הזדמנות נאותה להעלות על נס את תרומתו רבת השנים לביטחון המדינה בכלל ולמוסד בפרט. זאת גם הזדמנות לאחל הצלחה לראש המוסד החדש, תמיר פרדו.
"תמיר צמח במוסד והוא מכיר את הארגון על כל צדדיו. אני מכיר את תמיר שנים ארוכות, ובמהלכן התרשמתי מיכולותיו המגוונות, אישית ומקצועית. ניסיונו המבצעי העשיר, יכולת המנהיגות שלו והבנתו את מפת האיומים, הסיכונים והסיכויים, מבטיחים כי תמיר ימשיך בדרכו של דגן להוביל את המוסד לפעילות רבת אתגרים לביצור ביטחונה של מדינת ישראל".