מות יצחק יעקב: לא הספיק לטהר את שמו
הפרק האחרון בביוגרפיה של יצה היה עגום. האיש שנחשב אחד מגדולי מפתחי האמל"ח בארץ הורשע במסירת ידיעה סודית. עד מותו טען לחפותו

בית המשפט זכר לו חסד נעורים ולא גזר עליו מאסר בפועל, למרות שמדובר היה בסוגיות שעסקו בגרעין הישראלי. "יש לזכור לא רק את המעשים שהובילו אותו לבית המשפט, אלא גם את חלקו המשמעותי בחיזוק ביטחון המדינה וכלכלתה", נכתב עליו בהקראת גזר הדין.
בשנת 2001, בעודו מנהל את חייו בארצות הברית, שב יצה ארצה לרגל יום הולדתו ה-75, ונעצר לאחר שנחשד במסירת ידיעות סודיות בהן החזיק בזכות תפקידיו הבכירים במערכת המחקר והפיתוח הביטחונית. יצה ז"ל אף הוזהר על ידי מערכת הביטחון כי המידע שברשותו אסור לפרסום.
בכתב האישום נגדו נטען כי ניסה להלבין את הסודות בהם החזיק בעזרת כתיבת ספר עלילתי וספר זיכרונות בסוף שנות ה-90. על פי האישום, הוא אף מסר עותקים מהספר לחבריו וטען בפניהם כי הסיפורים בו מבוססים על מידע אמיתי, אך בכדי להימנע מהצורך בקבלת אישור ביטחוני בישראל נכתב הספר כיצירה עלילתית.
למרות האזהרות שקיבל המשיך יצה לעסוק בסוגיות הרגישות ואף העניק ראיונות בנושא לכלי תקשורת. כאמור, הוא טען להגנתו כי הידיעות שפרסם אינן בגדר סוד וכתב בחריפות נגד הצנזורה הישראלית במאמר שפורסם בעיתון הארץ בשנת 2008. " הממונה על הביטחון במשרד הביטחון קובע מהו סוד ומה פוגע בביטחון המדינה. החתול לא רק שומר על החלב - הוא גם קובע מה זה חלב", תקף.
בעדותו בבית משפט סיפר יצה כי לא חשב שהמידע שאותו ביקש לפרסם היה סודי, וטען כי ספר הזיכרונות אותו ביקש לכתוב נועד להשאיר אחריו מורשת, לאחר שגילה כי לקה במחלת לב. הוא הוסיף כי אף הסתמך על ניסיונם של כותבים אחרים. "הרבה אנשים פעלו כך בעבר, אפילו בשירות פעיל, למשל ג'ון לה-קארה, שהיה בשירות וכתב ספרים בדיוניים", טען . "מספיק שהוא אמר שזה בדיוני בשביל ששירות הביטחון הבריטי לא יעצור אותו כמו שעצרו אותי".
על אף ניסיונותיו להוכיח כי הפרסומים בהם היה מעורב אינם סודיים, נטען נגדו בבית המשפט כי "קיים הבדל תהומי בין פרסומים ממקורות זרים או ישראליים על ידי חוקרים או עיתונאים, לבין פרסום מפי האדם אשר היה אחראי לפיתוח אמצעי לחימה בצה"ל. פרסום שכזה הוא מבחינת האויב ידיעה, להבדיל מהערכה, והוא יספק לו אישור מוסמך להערכות שכבר מצויות בידיו".
למרות שנקבע כי יצה התרשל בפרסום הפומבי של הידיעות שהיו ברשותו, בית המשפט קבע גם כי לא היה בכוונתו לפגוע בביטחון המדינה, וכי אילו היה יודע שאכן קיימת סבירות לפגיעה כזו לא היה מפרסם את דבריו. מנגד, נטען בבית המשפט כי למרות שלא הבין את חומרת הפרסום, הרי שמדובר בעניין חמור מאחר והחומר המדובר עסק בנושא הגרעין.
"להבדיל מקורבן עבירה שיכול לזעוק את זעקתו ולהגיש תלונה, המדינה אינה יכולה להקים קול זעקה כשפוגעים באינטרסים שלה. היא זקוקה להגנה, ועל כן מחמירים בתי המשפט בעבירות שפוגעות בציבור.
אך בנסיבות ענייננו אותה מדינה שלמענה היה מוכן הנאשם למסור את נפשו, ואף הגיש לה מגש של כסף בהבאת משקיעים לפיתוח הטכנולוגיות בארץ - אילו יכלה לומר דבר לעניין העונש הייתה בוודאי אומרת: "הניחוהו!", כתבה שופטת בית המשפט המחוזי בתל אביב בגזר דינו של יצה, שניתן אחרי שנה שבמהלכה שהה בבית מעצר ובתום משפט שנערך בדלתיים סגורות ורק חלקים ממנו הותרו לפרסום.

שנתיים מאסר על תנאי נגזרו עליו לאחר שהורשע בעבירה של "מסירת ידיעה סודית ללא סמכות" וזוכה בשתי עבירות נוספות, חמורות יותר - "מסירת ידיעה סודית ללא סמכות בכוונה לפגוע בביטחון המדינה" ו"מסירת ידיעה בכוונה לפגוע בביטחון המדינה".

יצה ז"ל התגייס באמצע שנות הארבעים לפלמ"ח, והיה בין אנשי השיירות אשר הובילו אספקה מירושלים לגוש עציון הנצור, שם גם נפגע ממארב. בתום המלחמה למד הנדסת מכונות ועשה הפוגה משירותו בצה"ל עד אמצע שנות החמישים. אז שב לעסוק באמצעי לחימה ואף עמד בראש המחלקה שהייתה כפופה לאגף המבצעים, שם היה האחראי לאמל"ח המצוי בידי צה"ל וגם לפיתוח אמצעים חדשים, ונחשף לסודות וליכולות רבות.
בשנת 1968 מונה לסגן המדען הראשי של מערכת הביטחון, וארבע שנים אחר כך הוענקה לו דרגת תת אלוף עת התמנה לראש יחידת המחקר והפיתוח של מערכת הביטחון. עם שחרורו בשנת 1973 היה המדען הראשי של משרד התעשייה והמסחר, ובשוק הפרטי הצליח לגייס עשרות מיליוני דולרים במסגרת קרן הון סיכון לטובת השקעה בשוק ההיי-טק הישראלי.
במסגרת עסקיו עבר למנהטן, שם פגש את מי שהפכה לבת הזוג שלו. הפרשייה בה היה מעורב זכתה לתיעוד בסרט ששודר בשנת 2010 בערוץ 2, " ממלכת הסוד", שעסק בניסיון של מערכת הביטחון להגן על הסוד שחשף. בשנת 2011 יצא לאור ספרו האוטוביוגרפי של יצה, "אדון כלום בריבוע".

