דרמה ברבנות הראשית: הרב יונה מצגר נחקר בחשד לקבלת שוחד
המשטרה פשטה על לשכת הרב הראשי האשכנזי לישראל בחשד לביצוע עבירות שחיתות והחרימה מסמכים ומחשבים. שלושת החשודים הנוספים בפרשה הם עוזרו של הרב ושני ראשי העמותות. מעצרם הוארך בחמישה עד שישה ימים
- כל ההסתבכויות של הרב מצגר

בחודשים האחרונים ניהלה המשטרה חקירה סמויה בנוגע לביצוע עבירות שוחד, מרמה ועבירות של הלבנת הון.
חוקרי היחידה הארצית לחקירות הונאה, בפיקודה של תת ניצב זיווה אגמי, פנו ליועץ המשפטי לממשלה, יהודה וינשטיין, והציגו בפניו את החומר הרב בפרשה. לאחר שקיבלו אישור ממנו לבצע את מעצרו של הרב, אישר מפכ"ל המשטרה וראש אגף החקירות יואב סיגלוביץ לבצע חקירה גלויה.
בשעות הצהריים פשטו כאמור בלשי המשטרה על ביתו של הרב ובמקביל על משרדיו ועצרו אותו לחקירה. במקביל עצרו שלושה חשודים נוספים במעורבות בפרשה, אשר יובאו בשעות אחר הצהריים להארכת מעצר.
המשטרה אף הוציאה צווים בבית המשפט בראשון לציון, המאפשרים לה להגיע לחשבון הבנק של הרב מצגר, וכן לבדוק את הדירות והנכסים שעל פי החשד הושגו מכספי שוחד ומירמה. בהודעה שפרסמה המשטרה נאמר כי מצגר נחקר תחת אזהרה בחשד לעבירות של שוחד, גניבה בידי מורשה והפרת אמונים וכן עבירות על חוק הלבנת הון.
במשטרה אומרים כי נאספו ראיות רבות הקושרות את הרב לחשדות ומדובר בפרשה שבה קיים חשד לעבירות של שוחד, גניבה והלבנת הון בהיקף של מיליוני שקלים רבים.
שלושת החשודים, עוזרו של הרב ושני ראשי העמותות הובאו בשעות אחר הצהריים לבית המשפט בראשון לציון ומעצרם הוארך בין חמישה לשישה ימים. הרב עצמו נחקר וטרם התקבלה החלטה במשטרה האם להחזיקו במעצר ולהביאו להערכת מעצר בשעות הבוקר, או לשחררו למעצר בית בהוראת קצין משטרה.
בשנת 2005 נחשד הרב מצגר בקבלת טובות הנאה ממלון "מצודת דוד" בירושלים. המשטרה המליצה להעמידו לדין בגין עבירות של לקיחת שוחד, קבלת דבר במרמה והפרת אמונים.
מני מזוז היועץ המשפטי לממשלה דאז החליט לסגור את התיק מחוסר ראיות. עם זאת, קרא לרב הראשי לפרוש מתפקידו.
מזוז מתח ביקורת קשה על התנהלותו של מצגר בחקירתו, ואמר כי יפעל להדחתו אם לא ייקח אחריות ויתפטר. בשנת 2008 דחתה הוועדה למינוי דיינים את בקשתו של מזוז, שדרש להדיח את מצגר מתפקידו כדיין ולא לאפשר לו להתמנות לנשיא בית הדין הרבני הגדול. לבסוף, המשיך מצגר לכהן כדיין, אך נמנע ממנו להתמנות לנשיא.