המבקר: הטבות מס במיליארדים - ללא פיקוח
השופט שפירא מצא כי החברות הגדולות במשק זוכות להטבות מס מפליגות, ובה בעת גם נהנות מהירידה בשיעור המס על חברות. בזמן שהכותרות מבשרות על פיטורים המוניים ב"טבע", המבקר מציין בדו"ח כי כלל לא ברור אם הטבות המס אכן משיגות את מטרתן
עוד בדוח המבקר:
-המבקר: "תספורות" עלו למשק 21.1 מיליארד שקלים
-המבקר: מים מינרליים עולים לנו פי אלף מליצרנים
מבקר המדינה קבע כי סך הטבות המס שניתנו מכוח החוק עלה באופן חד למדי משנת 2003, שאז עמד על 2.3 מיליארד

יתרה מכך, המבקר קבע כי חלק ממטרות החוק לעידוד השקעות אינן מושגות, וזאת משום שרוב הטבות המס מוענקות לחברות שמשלמות מס נמוך מאוד. בסיכום דבריו קבע שפירא כי אין כלל ודאות לגבי הערך המוסף של אותן הטבות שניתנות במסגרת החוק לפיתוח התעשייה בארץ.
המבקר ציין כי "בשל היקפן הניכר של הטבות המס, העלייה החדה בהיקף זה, אי הוודאות שבאומדנים וחוסר מגבלה על ניצול ההטבות, על המשרדים האחראים (...) לפעול ליצירת מנגנון שיאפשר בקרה על עלות יישומו של מסלול הטבות המס למשק המדינה".
הוא יצא גם נגד המשרדים האחראים על יישום החוק וקבע כי הם לא הציבו יעדים בני מדידה אשר יאפשרו לוודא כי מטרות החוק אכן מושגות: הם לא קבעו אף מי הגופים שאחראים למעקב אחר נתוני הטבות המס, לא הגדירו אמות מידה לבחינה שיטתית וסדורה של הנתונים הללו ולא יצרו מנגנון בקרה יעיל שיבחן את מתן הטבות המס ויסייע להקצות אותן באופן יעיל ונבון, כדי להגיע למטרות החוק.
"בדיקת משרד מבקר המדינה העלתה כי אף שבידי רשות המסים יש מידע בנושא, ואף שניהול הכנסות המדינה מבצע בדיקות כאמור, אין גורם העוקב אחר האפקטיביות של הטבות המס מעקב סדור ושיטתי ועל פי אמות מידה מוגדרות. על משרד האוצר, בשיתוף משרד התמ"ת, לקבוע מי הם הגופים האחראים למעקב אחר הנתונים הנוגעים לאפקטיביות של הטבות המס", קבע.
בנושא אחר קבע המבקר כי סך הרווחים הכלואים שמחזיקים חברות בארץ עומד על כ-122 מיליארד שקלים, כך על פי הערכת רשות המסים.
שפירא הוסיף כי בהיעדר מידע מספק על אודות אפיון הרווחים הכלואים נפגעה יכולת מקבלי ההחלטות להעריך אם יהיה זה כדאי לחוקק חוק מיוחד בנושא ומה תהיה התועלת שלו.
כמו כן שפירא ציין כי לא נקבע אם רשות המס העריכה את סך הרווחים הכלואים אשר שימשו לרכישת חברות בת ואת תוחלת המס שיתקבל מהוצאת שומות לחברות אלו – שייתכן כי יסתכם במיליארדי שקלים – וזאת לעומת המס שיתקבל אם אותן חברות ינצלו את ההנחה שנקבעה בחוק הרווחים הכלואים.
בשל כך, החליט המבקר, על המשרדים הרלוונטיים ליצור את המנגנונים הדרושים בשביל להגן על האינטרס של כלל הציבור ולוודא כי מטרות חוק הטבות המס אכן מתמלאות. שפירא אף תוקף ברמז את פקידי האוצר, וקובע כי עליהם להציג לדרג מקבלי ההחלטות את המידע השלם בנושא זה בשביל שהללו יוכלו להחליט כיצד לנהוג. "על הדרג המקצועי", כתב המבקר, "להנגיש מידע מורכב ומסובך, להבהירו למקבלי ההחלטות ולהציג בפניהם, נוכח מידע זה, את מכלול היתרונות והחסרונות של החלופות הנשקלות, כדי שהם יוכלו להפעיל את שיקול הדעת הנדרש בנושא".