הפרקליטות החליטה: כתב אישום נגד הרב מצגר
180 אלף דולר תמורת גיור, 70 אלף דולר תמורת מינוי רב לעדה הקווקזית בישראל, ו-500 אלף שהוסוו "כמתנה" לחתונת בנו – כך על פי החשד עבדה השיטה של הרב הראשי לשעבר החשוד כי גרף מיליוני שקלים לכיסו
עוד כותרות ב-nrg:
• שנייה מאסון: נס במהלך צניחה חופשית. צפו
• דיווח: הטייס הירדני היה מסומם בכבדות כשהוצא להורג
• כל התכנים הכי מעניינים -בעמוד הפייסבוק שלנו
ביולי 2013 נעצר הרב מצגר לאחר חקירה סמויה שהתנהלה נגדו ביחידת להב 433, יחד עם נהגו האישי, חיים אייזנשטט, על פי החשד, במקרים רבים שימש אייזנשטט, כשליחו של מצגר לקבלת כספי העבירות, והוא קיבל עשרות אחוזים מהסכומים שהתקבלו.

הרב מצגר חשוד כי במהלך תקופת החקירה ביקש מחיים אייזנשטט להציג גרסה שקרית בחקירתו, והפציר בו עשרות פעמים כי ימשיך "לשמור עליו" ולהגן עליו במסגרת החקירה. לפני שנה המליצה המשטרה להעמיד את מצגר לדין והיום הודיע היועץ המשפטי לממשלה יהודה וינשטיין לבאי כוחו של מצגר כי הוא מזומן לשימוע לפני הגשת כתב אישום. כתב האישום צפוי לכלול שורה של עבירות חמורות, ביניהם קבלת שוחד, מרמה והפרת אמונים, קבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות, גניבה בידי מורשה, קשירת קשר לביצוע פשע, הלבנת הון ועבירות מס.
בהודעה שנשלחה לבאי כוחו של הרב מצגר נכתב כי במסגרת "פרשת הגיורים" קיבל הרב מצגר לכיסו טובות הנאה מבעלי ממון תושבי חוץ אשר ביקשו להתגייר וכאלה שביקשו לערוך בירורי יהדות. במסגרת קשר שנוצר בין הרב מצגר לבין רב היושב בחו"ל, סוכם כי במקרים מסוימים יפנה אליו הרב מצגר תושבי חוץ המתעניינים בהליכי גיור ובירור יהדות.
בהתאם לסיכום, בעד כל הפנייה כזו של הרב מצגר, הוא קיבל לכאורה סכום כסף בשיעור מחצית מן הסכום שקיבל אותו רב מאותם תושבי חוץ. כמו כן, בחלק מהמקרים קיבל לכאורה הרב מצגר את הכספים תוך שהוא מקפיד על כך ששמו לא יירשם כמוטב העברות הכספים, וזאת במטרה להסתיר את מקור הכספים, את מיקומם ואת בעלי הזכויות בהם.
לדוגמא, באחד המקרים במהלך שנת 2011 פנה לרב מצגר איש עסקים שעלה מרוסיה לישראל וביקש ממנו עזרה. הרב מצגר הפנה אותו למקורבו, הרב היושב בחו"ל, על מנת שיגייר את בנו וביתו. לאחר גיורם קיבל הרב המגייר סכום כולל של 360,000 דולר. על פי החשד העביר הרב המגייר לרב מצגר מחצית מן הסכום האמור 180,000$.

עוד על פי כתב החשדות, חשוד הרב מצגר כי פעל תוך ניצול מעמדו ותפקידו כרב הראשי לישראל יחד עם חיים אייזנשטט, לגיוס תורמים לעמותות. על פי החשד, סוכם כי בתמורה לפעולותיהם של מצגר ואייזנשטט, יתנו בעלי התפקידים בעמותות לרב מצגר עשרות אחוזים מן התרומות שיתקבלו בעמותות.
כך למשל, באחד המקרים המצוינים בכתב החשדות, גייסו הרב מצגר ואייזנשטט תרומות לישיבה שפעלה בבית הכנסת של הרב מצגר. על-פי החשד, אחת התרומות בסך 28,000 דולר ניתנה לידי אייזנשטט, אשר העבירה לרב מצגר, והיא חולקה בין שניהם, מבלי שהועברה כתרומה לישיבה. תרומה אחרת בסך כ–72,000 ₪ ניתנה ע"י איש עסקים ישראלי עבור עמותת "בית התבשיל" הדואגת למזון לנזקקים. לאחר קבלת הכספים, העביר לכאורה מנכ"ל העמותה לרב מצגר 30% מסך התרומה (כ-22,500 ₪), וזאת מבלי ליידע את התורם. כך נעשה לכאורה גם במקרים רבים נוספים כמפורט בכתב החשדות.
כמו כן, על פי כתב החשדות, במהלך שנות כהונתו כרב הראשי לישראל בין השנים 2003-2013, קיבל לכאורה הרב מצגר לכיסו הפרטי טובות הנאה בסכומי כסף משמעותיים מאנשים פרטיים
כך לדוגמא, ביולי 2010 התקיימה חתונת בנו של הרב מצגר. בשיחה שהתקיימה לפני החתונה בין חיים איזנשטט לבין שניים מהמוזמנים, סוכם כי השניים יתנו לרב מצגר טובת הנאה בשווי רב שתועבר כ"מתנה" לכבוד החתונה. בהתאם לכך הועבר תשלום בסך 500,000 דולר. הסכום הועבר ישירות לרב מצגר בעשרה תשלומים במזומן.
במקרה נוסף, הרב מצגר נחשד בכך שבשנת 2009 ערך טקס בו הוכתר מקורבו של יהודי עשיר ממוסקבה לרב העדה הקווקזית בארץ. בתמורה קיבל לכאורה הרב מצגר תשלום בשיעור של 70 אלף דולר.
חשד נוסף שעולה מחומר הראיות נוגע לכך, שבמהלך התקופה בה כיהן כרב הראשי לישראל, הפיק הרב מצגר רווחים אותם השמיט מן הדוחות השנתיים שמסר למס הכנסה בכוונה להתחמק מתשלום מס.
תגובת סנגוריו של הרב יונה מצגר, פרופ' דוד ליבאי ועו"ד אלעד רט: "קיבלנו היום מהיועץ המשפטי לממשלה כתב חשדות נגד הרב יונה מצגר והזמנה לשימוע. הרב מצגר מכחיש את החשדות המיוחסים לו. לדברי הרב הוא לא קיבל שוחד, לא באמצעות עד המדינה ולא באמצעות אחרים, ולא הלבין הון. את התייחסותנו לחשדות נגד הרב נטען במסגרת השימוע, אליו הוזמנו, לאחר שנקבל לעיוננו את חומרי החקירה".
מהרבנות הראשית נמססר כי הרבנות מצרה על זימונו של הרב מצגר לשימוע. הרבנות הראשית לישראל על כל עובדיה מחוייבת למנהל תקין ושקיפות וכך אכן הדברים נעשים.