אחת הנושאים שמעוררים מחלוקת גדולה במו"מ הקואליציוני המתנהל בימים אלו, נושא שעומד בליבת הדיונים בין הליכוד ונתניהו לבצלאל סמוטריץ' ו"הציונות הדתית", הוא נושא העברת סמכויות המנהל האזרחי למשרדי הממשלה השונים, ולמעשה פירוקו של הגוף, הכפוף למשרד הביטחון, העוסק בניהול חיי האזרחים ביהודה ושומרון.
בצה"ל מבהירים כל העת כי הצבא איננו חלק מהשיח הפוליטי ואיננו צד בהחלטה, וכאשר הוא יידרש להציג חוות דעת מקצועית בנושא הדבר יתבצע. בצה"ל מזכירים היום (ב') כי הצבא כפוף לדרג המדיני, וכי ההחלטה על סגירת המנהל או העברת סמכויותיו נתונה בידי הדרג המדיני בלבד.
עם זאת, העברת סמכויות המנהל האזרחי והכפפתו לידי משרדי ממשלה אחרים נראית כרגע כמו מהלך כמעט בלתי אפשרי, שכדי להוציא אותו אל הפועל יהיה צורך לחוקק שורה ארוכה של חוקים, שיצטרכו בתורם לצלוח מכשולים משפטיים רבים. נכון להיום, המנהל הוא גוף צבאי הכפוף למתאם פעולות הממשלה בשטחים (מתפ"ש), אשר מנהל את הפעילות האזרחית בשטחי יהודה ושומרון, שם לא החילה המדינה את סדרי המנהל והשיפוט שלה, כמו בנייה ופיתוח. כדי להעביר את הסמכויות מגוף צבאי לגוף אזרחי, צריך למעשה לבצע מהלך של החלת ריבונות, כמו זה שתוכנן, לכאורה, בקיץ 2020, תחת ממשלת האחדות של נתניהו וגנץ, וסוכל על ידי האחרון וחברי מפלגתו.
בעבר היה המנהל האזרחי כפוף למנהל הממשל הצבאי – כלומר מפקד פיקוד המרכז. בנובמבר 1981, עם מינוי פרופ' מנחם מילסון לראש המנהל האזרחי ביהודה ושומרון, הופרד המנהל האזרחי מהממשל הצבאי והוכפף ישירות לשר הביטחון. עם זאת, גם אחרי השינוי, בפועל מפקד פיקוד המרכז הוא עדיין המפקד הישיר של המנהל. ראש המנהל האזרחי הנוכחי הוא תת-אלוף פארס עטילה, האיש שעומד בקשר הדוק עם הצד הפלסטיני ומי שדאג להשבת גופתו של הצעיר הדרוזי טירן פרו בשבוע שעבר, במשבר הדרמטי מול החמושים הפלסטינים.
בצה"ל מבינים כיום כי שר הביטחון צפוי להתחלף, וממתינים לשר שיחליף את בני גנץ. כאמור, אם אכן יגיעו הדברים לידי פירוק או העברת סמכויות כלשהן מהמנהל האזרחי, צה"ל יבצע את המשימה, ואת חוות דעתו המקצעוית יציג בחדרים סגורים מול ראש הממשלה המסתמן נתניהו ומול מי שצפוי, נכון לעכשיו, להתמנות לשר הביטחון – האלוף במיל' יואב גלנט.
