הרב אלקנה ליאור עורך בספרו מחקר מעמיק ונרחב. עיקר חידושו הוא שהסלע שבמרכז כיפת הסלע אינו מקום קודש הקדשים, אלא ממוקם בין הכניסה לבית המקדש למזבח החיצון. אבהיר בקצרה מדוע לענ"ד אין לקבל את דבריו, וכבודו במקומו מונח.
א. המסורת הפשוטה בכל הדורות היא שהכיפה שבתוכה אבן הצח'רה בנויה על קודש הקדשים, ושהאבן שתחת הכיפה היא אבן השתייה שעליה היה מונח ארון הברית. מפורסמים דברי הרדב"ז אשר סמך על מסורת זו הלכה למעשה והתיר להתקרב עד 11 אמה בנוסף לעובי הכותל ממערב לכיפה. המחבר מכנה מסורת זו "פרשנות". למעשה הוא סר מהמסורת ללא אסמכתא, בגלל קושיות שאפשר לתרצן. אין דוחים מסורת שנפסקה להלכה כל עוד אין הפרכה.
ב. המחבר הקשה על מסורת הכיפה מהנתונים הטופוגרפיים. לדעתו האוחזים בשיטה המסורתית שקודש הקדשים מצוי מתחת לכיפת הסלע, ולפיה המפלס שלו הוא גובה הצח'רה שהיא אבן השתיה והיא פסגת ההר, נמצאים בבעיה במיקום עזרת הנשים של המקדש. כי עזרת נשים, שגודלה 135 על 135 אמה, צריכה להיות ממוקמת בשטח שממזרח לרחבת כיפת הסלע, מול המדרגות שבמזרח, אבל לפי הפרשי הגובה המבוארים במשנה יוצא שמפלס עזרת נשים היה גבוה ממה שנראה כיום בחלק גדול מאזור זה.
פתרונו הוא שיש להציב את מקום קודש הקודשים ואבן השתייה כשמונים אמה מערבית לסלע, ולטעון שגובהו 2.4 מטר מעל שיא הסלע בימינו. לפי זה אבן השתייה הייתה שן סלע שיצאה עד למקום קודש הקודשים, וסיום עזרת נשים היה במקום שנמצאת בו כיום טרסה שנבנתה לפני שמונים שנה 34 מטרים מזרחית לרחבת כיפת הסלע.
כמו כן הוא מתבסס על דברי יוסף בן מתתיהו (קדמוניות טו, יא, ג) שלדבריו שם מבואר שהורדוס יישר את הר הבית, ומכיוון שכמה ממצאים מראים שהמפלס של הר הבית בימי בית שני בצפון מזרח הרמה ובמערב לרמה היה קרוב למה שהוא היום, בערך 738 מטר מעל פני הים, לפי הפרשי הגבהים המבוארים במשנה ממפלס הר הבית במזרח יוצא שמקום קודש הקדשים חייב להיות גבוה יותר מ־744 מטר שהוא גובה סלע הצח'רה.
אך עיון בדברי בן מתתיהו מעלה שהחומה המוזכרת בדבריו היא חומה שהצלע שלה הוא ריס (186 מטר), ונראה שכוונתו ליישור האזור שסביב לשטח המקדש לצורך הקמת העזרות בימי שלמה המלך (שאורכן עם החיל אכן בערך 186 מטר): "הייתה גבעה מלאה סלעים משופעת, מתרוממת בנחת כלפי החלקים המזרחיים של העיר אל ראש הפסגה. את הגבעה הזאת ביצר שלמה מלכנו הראשון בחוכמה ובעמל רב בחלקים שמסביב לפסגה מלמעלה… ומשעיבד את פסגת הגבעה ומילא את המקומות החלולים סביב החומה, עשה אותם מישור חלק ושווה לשטח העליון. כל זה הייתה החומה שהיקפה הגיע לארבעה ריסים וכל צלע נמשכה לאורך של ריס".
אין מדבריו כל אסמכתא לכך שמפלס הר הבית היה מיושר, אלא להפך: יש אסמכתא לכך שמקום עזרת הנשים הוא על גבעה שבימי הקמת בית ראשון מולא שיפועה הטבעי כדי שעזרת הנשים תהיה בקו ישר. מילוי לא טבעי קל להוציא, וממילא נופלות שתי הקושיות על מסורת הכיפה.
לעומת זאת, ממצאי הטופוגרפיה סותרים את התיאוריה שהיה סלע גדול באורך כשמונים אמה שנמשך מהצח'רה מערבה והתנשא לגובה 2.4 מטר מעל שיא גובה האבן כיום, מה שמציב את קודש הקודשים כמה מטרים באוויר. לפי הנתונים הטופוגרפיים שלפנינו, מוכח (מבור מס' 24) שבמקום יש דווקא ירידה תלולה מערבה של סלע האם. לא מסתבר כלל שסלע גדול כזה וכל מה שסביבו נעלם, ולא נמצאה כל אסמכתא לחציבה גדולה כזו.
נוסף לכך, הארכאולוג צחי דבירה כתב שככל הנראה בתעלה שחפרו חוקרים ארבעה מטר מערבית לכיפה ובמקביל לצח'רה נראתה אדמת טרה רוסה, שנמצאת בדרך כלל רק במקום שלא היו בו מילוי או חציבה עמוקה, והדבר מוכיח שלא ייתכן להציב את קודש הקודשים שמונים אמה מערבית לאבן.
ג. באבן הצ'חרה יש נקב בקוטר שמונים ס"מ חצוב בעומק 1.70 ס"מ ומתחתיו בור. המחבר טוען שזה מקום ה"לול", שדרכו היו יורדים לנקות את השיתין. הוא מוצא לזה אסמכתא מהמרחקים בין קיר המערה לנקב, וממרחקו מהטרסה שלדעתו מציינת את תחום עזרת הנשים.
גם אם מוצאים כמה ממצאים שמסתדרים לנו לפי הבנתנו, אין בזה כדי להוכיח. ראיה לכך, הרב שלמה גורן זצ"ל, שהמחבר מבקש ללכת בעקבותיו, קבע במסמרות את שיעור האמה לפי החזון אי"ש כ־58 ס"מ, לאחר שכך יצא לו במדידה בין הכותל המערבי למזרחי, והיה לו זה לאות ומופת. כעת המחבר, המבקש להמשיך את דרכו, סר משיטתו בעניין. ללמדנו שלא כל ממצא שמסתדר לנו הוא אות משמים, גם אם על פניו נראה לנו כך.
לגוף הדברים, אם הנקב בסלע הוא הלול והמערה שתחתיו היא מערת השיתין, היינו רואים את החור של השיתין היורד לתוך המערה, אך זה אינו בנמצא. התירוץ של המחבר שהוא נסתם דחוק מאוד. גם החוקר גוסטב דלמן, שמציין כל חור קטן בסלע גם אם הוא נראה ממולא, לא מציין זכר לחורים אלה, ואם כן יש כאן פירכה גדולה לשיטתו.
לסיכום: המסורת כמקובל בכל בית ישראל, היא שהאבן שתחת הכיפה היא אבן השתייה, וכיפת הסלע נבנתה על בית קודשי הקודשים. אין סיבה לפקפק במסורת זו שהובאה אצל גדולי הפוסקים להלכה ולמעשה (עלייה להר הבית עד מפלס רחבת הרמה המוגבהת, קריעה על ראיית מקום המקדש, כיוון הגוף בתפילה אל מקום קודש הקודשים, חידוש הקרבת הקורבנות).
את הטענות שכתב המחבר לסתור את המסורת אפשר לתרץ, ואילו שיטתו של המחבר קשה מהטופוגרפיה של ההר, על כן נראה שאין צורך לחוש לשיטתו וחובה עלינו להמשיך ולהחזיק במסורת, וכדרכו של הרדב"ז, ולחזק את ידי העולים להר בטהרה ובקדושה על פי מסורת זו.
