האם המשטרה ניהלה חקירה נגד ראש הממשלה בנימין נתניהו בניגוד לחוק? זו השאלה העולה מתוך תמלילי חקירתו במשטרה של איש העסקים נתן מיליקובסקי ז"ל, אותם פרסם הבוקר (א') העיתונאי עמית סגל. מיליקובסקי, בן דודו של ראש הממשלה בנימין נתניהו, קיים לאורך שנים קשר אישי עם ראש הממשלה. במקביל, במשך תקופה מסוימת היו לחברות שבבעלותו קשרים עסקיים עם קונצרן טיסנקרופ הגרמני, אשר ייצר צוללות מתקדמות עבור מדינת ישראל. במהלך חקירת החשדות לשוחד בתיק 3000, הידוע גם כ"פרשת הצוללות", נחקר גם מיליקובסקי, בין היתר בעקבות קשר אפשרי של קרוב משפחה נוסף של בני הדודים לפרשה, עו"ד דוד שמרון.
אולם, על אף שהיועץ המשפטי לממשלה דאז, ד"ר אביחי מנדלבליט, לא נתן בשום שלב אישור לפתוח בחקירה נגד ראש הממשלה נתניהו, מתברר שחוקרי יחידה להב 433 של המשטרה דווקא ניסו לקשור את נתניהו לפרשה. על פי סעיף 17(א) לחוק יסוד הממשלה "לא תיפתח חקירה פלילית נגד ראש הממשלה אלא בהסכמת היועץ המשפטי לממשלה". מדובר בהוראת חוק יסוד, אשר מהווה תנאי בלעדי לקיומה של כל חקירה, ולא רק לזימון לחקירה באזהרה של ראש ממשלה. גם איסוף מידע מקדים, וריכוז מאמץ חקירתי מחייב אישור מראש של היועץ המשפטי לממשלה, אישור שניתן בתיקים אחרים (אף שישנה מחלוקת על המועד המדויק שבו ניתן) אך אין מחלוקת שבתיק 3000 לא ניתן בשום שלב.
במהלך החקירה, לאורך עשרות עמודי תמלול, מנסים לברר החוקרים, סנ"צ יואב תלם ורב פקד אורי קנר, את טיב הקשרים בין מיליקובסקי לנתניהו. מה בדיוק ידע נתניהו על עסקי בן הדוד, באיזו מידה הכיר נתניהו את הקשרים העסקיים בין מיליקובסקי והחברות שבשליטתו לקונצרן טיסנקרופ, ובאיזו מידה היתה לקשרים הללו השפעה על עסקת הצוללות. לאורך כל החקירה מקפיד מיליקובסקי להסביר לחוקרים עד כמה מדובר בחשד מגוחך, ומסביר שאפילו הוא עצמו איננו מנהל בפועל את החברה שמכרה את האלקטרודות לקונצרן טיסנקרופ, אך החוקרים ממשיכים להתעקש לברר את החשד לכאורה. כל זאת, כאמור, ללא שניתן אישור חוקי לביצוע החקירה
לאחרונה הגישו סנגוריו של איש העסקים מיקי גנור בקשה לבית המשפט המחוזי בתל אביב, הדן בפרשה, לפסול את השימוש בתמלילי חקירתו במשטרה כראיה במשפט. לטענתם, גנור נחקר נגד ראש הממשלה בנימין נתניהו – למרות שגם לעמדת הפרקליטות לא התקבל אישור יועמ"ש לפתוח בחקירה נגד נתניהו בתיק 3000. "כלל החקירה, ובייחוד חקירת גנור כחשוד, טעונה הייתה הסכמת יועץ משפטי לממשלה, שכן נדרש ממנו מאת הגורמים הנוגעים בדבר, מראשיתה של החקירה, במהלכה ועד סופה, לסבך ולהפליל את בנימין נתניהו, ראש הממשלה, בין במישרין ובין בעקיפין באמצעות עוה"ד שמרון ומולכו בקשר לרכש הצוללות וכלי השיט, ובין באמצעות מעורבים אחרים", הוסיפו.
