הראי"ה קוק תמך בלימודי בנו הרצי"ה באוניברסיטת הלברשטט, וכן בלימודי תלמידיו הרבנים משה זיידל וב"מ לוין באוניברסיטת ברן, בשנים שלפני מלחמת העולם הראשונה. לא זו בלבד אלא שבהיותו רב ראשי לארץ ישראל הסכים להופיע ולברך בפני קהל אלפים בטקס פתיחת האוניברסיטה העברית שהתקיים בניסן תרפ"ה, מה שהעלה עליו את רוגזם של קנאי ירושלים. בצטטו את הפסוק מישעיהו "אָז תִּרְאִי וְנָהַרְתְּ וּפָחַד וְרָחַב לְבָבֵךְ", הדגיש הראי"ה שאומנם מצד אחד הלב מתרחב לראות את התפתחות התחייה הלאומית הבאה לידי ביטוי בהקמת המוסד, אבל מן הצד האחר – הוא פוחד. אכן "חכמה בגויים תאמין", ויש מה ללמוד מכל זרם רוחני ותרבותי, אך היחס הבסיסי צריך להיות מהול בפחד, שמא נושפע לרעה.
בדבריו תיאר הראי"ה את הניסיון ההיסטורי השלילי של היהדות ההלניסטית במצרים, שנמחקה מתולדות העם בגלל שיטפון ההשכלה הבלתי מבוקר שהרס את יסודות האמונה. לכך אפשר להוסיף את הניסיון ההיסטורי הקרוב יותר אלינו, כאשר המשכילים פתחו פתח רחב להתבוללות והמרת דת. בהקשר זה יש להזכיר את בני משפחתו של אבי תנועת ההשכלה, משה מנדלסון, שהוא ואשתו היו שומרי מצוות, אך ארבעה מבין ששת ילדיו המירו את דתם לנצרות, ומבין תשעת נכדיו רק אחד נותר יהודי. כך אירע ליהודים רבים שלמדו באוניברסיטאות נוכריות או נחשפו חשיפת יתר להשכלה.
הראי"ה הגדיר את תפקיד האוניברסיטה כצינור להוצאת רעיונות יהודיים לעולם ולהכנסה של רעיונות מן החוץ אלינו, באופן ההולם את האמונה והתורה. אבל דומה שאיש ממקימי האוניברסיטה לא חשב שזו אכן מגמתה. הרב עצמו לא סבר שתקווה גדולה תצמח ממנה, והתבטא כך לא מעט פעמים.

כל הקורא את נאומו של הראי"ה בטקס הפתיחה (מאמרי הראי"ה, עמ' 306) נוכח לראות כי בדבריו הביע את רצונו לשינוי מגמה של הציונות ומנהיגיה, שיתבססו על התורה ולא על לאומיות חילונית או על השכלה כללית. בסוף דבריו הקדיש דקות ארוכות להסביר מדוע עיקר התחייה הלאומית במובנה הרוחני צריך להיות מושתת על הישיבות, ובראשן הישיבה המרכזית העולמית, שעל הקמתה שקד באותה תקופה. כך כתב גם לידידיו:
משקל מכריע נגד הגדולות שעושים בעלי החול שלנו, בעיר הקודש ביחוד, להגדיל את התרבות החילונית ומדעיה… אי אפשר לנו לעמוד מרחוק ולראות שיתרבו בעיר הקודש צעירים נוהרים אליה מאפסי ארץ מהסוג החילוני לבד, או גם העוסקים במדעי היהדות שהקודש נעשה אצלם חול במידה ידועה, ולא מאלה יושע יהודה ברוחו ונשמתו (אגרת לרבנים סילבר ורוזנברג בארה"ב, ט"ו טבת תרפ"ו).
במכתב אחר, שבו הסביר את דרכו, הביע חשש כבד מהעתיד לקרות ללימודי היהדות:
אנכי איני עוסק במלחמה שלילית, כי אם במלחמה חיובית. ולעומת המכון למדע היהדות, שגם אם צביונו היה נשמר בלא נסיגה רבה מדרך היהדות לא היה נותן לנו את הרכוש הרוחני השלם – קדושת התורה ותום האמונה בקדושתה וטהרתה, קל וחומר שאין שום תקוה על השמירה שלו ממדחפות גדולות אל תוך הקלחת של כל המחלקה הזרה הארסית השולטת בעולם החילוני (לר"א טייטלבוים, ניו יורק, כ"ב חשוון תרפ"ו).
אכן, אף שבשנה הראשונה רוב המרצים במכון למדעי היהדות של האוניברסיטה העברית היו שומרי מצוות, הרי שעם הזמן נוספו מרצים אחרים, ולבסוף נכנסו גם ביקורת המקרא ואידיאולוגיה כפרנית, למורת רוחו של הראי"ה ותוך שהוא מוחה נגד התופעה. במבט של כמאה שנה אחרי, אפשר לראות שהמגמות שמפניהן חשש הראי"ה רק גברו ברוב המוסדות להשכלה גבוהה שהוקמו מאז ועד היום. מובן שלא הכל מקולקל, ואפשר למצוא במקומות רבים מרצים יראי שמיים שאף מקדשים שם שמיים בהרצאותיהם ובהליכותיהם. ברוח דבריו של הראי"ה יש לומר בקול גדול: הפחד הולך ומתגשם לנגד עינינו, ויש לדרוש תיקון מיידי.
לא זו בלבד אלא שאפילו האידיאל הציוני – זה שהקים את האוניברסיטה וראה בה את אחד משיאי הישגיו – הולך ונחלש. השפה העברית הולכת ונדחית מפני האנגלית, ועד כמה שהדבר אירוני, לימודים לתואר שני בחקלאות נעשים מזה שנים בשפה האנגלית. "שיבולת בשדה" אאוט, Oats in the field – אין. הוסיפו לכך שנות שבתון ופוסט־דוקטורט באוניברסיטאות בחו"ל ומניעת אירועי תרבות יהודית־לאומית, והרי לכם מתכון לכרסום משמעותי בזהות הלאומית, שלא לומר עידוד ירידה מהארץ.

העולם לא למד דבר
לאחר מלחמת העולם הראשונה כתב הראי"ה את פרקי "המלחמה", ובהם התייחס גם לתרבות האירופית שלא הצליחה למנוע את הפשע הנורא של הריגת כ־17 מיליוני בני אדם ופציעת מיליונים רבים אחרים. הוא הצביע על התרבות הקיימת כמי שנכשלה כישלון חרוץ:
הארג הרוחני והמעשי, אשר בצביונו ההווי לא היה יכול לעצור, עם כל תפארת חכמתו, בעד שפך דמים רבים ובעד חרבנו של עולם בצורה איומה כזאת, הרי הוא מוכיח על עצמו, שהוא פסול מעיקרו (אורות המלחמה, ח).
לכן נדרשים כפרה ושינוי מהותי:
לא יכופר לארץ לדם אשר שופך בה כי אם בדם שופכו, והכפרה מוכרחת לבא: בטול כללי לכל מכונות התרבות של עכשיו, עם כל שקרן ותרמיתן… כל התרבות, המתהללת בצלצלי שקרים, מוכרחת להכחד מן העולם, ותחתיה תקום מלכות עליונין קדישין… אז תכחד התרבות ההווית בכל יסודותיה, ספריותיה תיאטריה וכל מכונותיה, וכל החקים אשר בהבל ועול יסודם וכל נימוסי החיים הרעים והחטאים כליל יחלופו. ונשגב ד' לבדו ביום ההוא (שם).
אלא שכל זה לא קרה, ובאה מלחמת העולם השנייה אשר היקף הנהרגים בה היה גדול פי שלושה ויותר, ובהם ששת המיליונים שלנו. אבל כדברי המשורר "השמש זרחה והשיטה פרחה", אותה שיטה (בכפל המשמעות של מילה זו) רקובה של התרבות המערבית, המובילה גם להמשך המשפט: "והשוחט שחט".
אם סברנו שלפחות אחרי המלחמה השנייה העולם למד לקח, נוכחנו שהוא לא למד דבר. חלק ניכר מהנהגות האוניברסיטאות המובילות בארה"ב, ורבים מהמרצים ומהסטודנטים – מצדיקים את זוועות חמאס ותומכים בחיסולה של מדינת היהודים. תופעה זו קיימת גם באירופה וביבשות נוספות.
בשם "החופש האקדמי" ושאר ביטויים גבוהים, צומחת שנאה והתנכלות למי שאיננו "מיישר קו" עם האידיאולוגיה הפרוגרסיבית, עד השתלטותה הכמעט מוחלטת על המוסדות להשכלה גבוהה. אלה פסקו מלהיות שדות מחקר טהור – בהנחה שיכול להיות מחקר טהור ולא מוטה לפי רוח הזמן – והפכו למקדמי אג'נדות פוליטיות־חברתיות. קשה לדמיין את הנזק שלימודים במקומות כאלה מחוללים לקצינים הבכירים שמדינת ישראל שולחת ללמוד שם, ואת העומק של הכרסום בחוט השדרה היהודי לאומי שלהם.

גם בארצנו יש מוסדות שהליברליזם האמריקאי השתלט עליהם, ומתקיימות בהם הפגנות של סטודנטים ומרצים עם דגלי "פלסטין" השואפת לחסל את ישראל. גם קריאות מעין אלה מתקבלות ב"הכלה", לעומת מי שמנסה להביע התנגדות. הגדיל לעשות מוסד אקדמי אחד, ש"הכיל" מי שתמך בחמאס שביצע את הטבח הנורא, אבל סילק מהלימודים מי שהביע התנגדות לתופעה זו. מן הצד האחר, יש מוסדות שהתנערו וכעת מביעים תמיכה חזקה וחמה במדינה במאבקה נגד האויב.
לקרוע את המסכה
מה יקום במקומם של המוסדות שייבטלו לפי חזונו של הראי"ה? ובכן, אין כאן התנגדות לעצם קיומן של אוניברסיטאות, ספריות ואפילו תיאטראות, אלא למערכת הערכים השלילית, הכפרנית והמידרדרת לשנאת האדם, שמובלת לאחרונה בידי פוליטיקת הזהויות, אשר תמציתה היא: אדם שחור הרי הוא מדוכא, מיעוט, מוחלש, ויש להצדיק אותו כמעט בכל מקרה. ואילו אדם לבן הוא מדכא, קולוניאליסט ופריווילג, שאותו יש לשנוא, להוקיע ולפעול כלפיו באלימות, כדי לנקום בו על מעללי אבותיו נגד השחורים.
הנפגעים הראשיים הם יהודים, שהם לבנים, ופעמים רבות עשירים ומצליחים. העובדה שהם קבוצת מיעוט, שחוותה אך לפני 80 שנה את הרצח הגזעני השיטתי והמקיף ביותר בהיסטוריה, מתאדה בהינף־שיוך לקבוצת האדם הלבן באשר הוא. שנאת ישראל הישנה, הנטועה בשורש הנוצריות, מתעטפת באידיאולוגיה "מוסרית". בחלק מן המוסדות שבארץ הקודש העתיקו את התפיסה הזו ויישמו אותה ביחסי יהודים־ערבים; הראשונים הם העתק של "הלבן", והאחרונים העתק של "השחור". לראש המערכת במקומות אלה הגיעו בעיקר מי שדוגלים בערכים הנכונים של הפרוגרס. האחרים נפלטו או נבלמו בדרך.
מוסדות אלה מרשימים ומפתים בכסות היפה והנוצצת שעוטפת אותם: מבנים מפוארים, מדשאות מוריקות, קמפוסים מעוצבים, ספריות מרשימות, הוצאות ספרים מהודרות, וסכומים דמיוניים העומדים לרשותם, חלקם מדינתיים וחלקם פרטיים. הוסיפו על כך את ההדר ואת ההילה של החוכמה ויתרון האדם על שאר היצורים בתבל – והנה קסם שקשה לעמוד בפניו, בוודאי לגנות אותו.
אבל אין לנו ברירה. חובה לקרוע את המסכה הכאילו־אקדמית, את האצטלה ה"תרבותית" המכסה בתפאורה נוצצת את השלטת השקר ודחיית האמת, את קלון השנאה ושחיתות המידות, את הטיית המחקר לטובת אג'נדה. תחת אלה יצמחו מוסדות שייבנו על בסיס האמונה, הטוב והצדק האלוקי המתגלה לעולם בידי עם ישראל ותורתו, ואשר הוא נחלת כל הנבראים בצלם אלוקים. לא עוד כפירה במסווה "אקדמי", השתוללות יצרית בכסות "אמנותית", ושנאת הדת ונושאיה בעטיפה של "חופש" או "צדק חברתי" (קומוניסטי). לכל אלה לא יהיה עוד מקום. אל דאגה, יהיו עומק, ביקורת, ויכוחים, כל מה שאנו מכירים מהתנ"ך, המשנה והתלמוד. אבל התשתית והמטרה יהיו שונות לחלוטין.
יש להדגיש כי אין מדובר על מוסדות "מגויסים". אדרבה, מי שערכים אלה הם נר לרגליו – שואף אמת בכל מאודו, ולא מתפשר עליה. כך כתב הרב צבי יהודה קוק לסופר יוסף חיים ברנר כאשר תיאר את אביו:
אבי נרו יאיר הוא מן הרבנים האדוקים. ואשר מלבד גאוניותו ב'תורה' זכה גם לשם 'צדיק'. ועם זה הוא חוקר ופילוסוף חופשי באין שום מעצור לפניו, במלוא המובן של המילה הזאת. וירבה מאוד חקור ולמוד בתורות כל המורים הפילוסופים שבאומות בידיעה עמוקה, ויחדור עד יסוד תורתנו וגם עד חדרי הקבלה הגיע (אגרות הרצי"ה, עמ' א).
דווקא ההכרה הבהירה של הראי"ה בחוזק האמונה, אפשרה לו לחקור בחופשיות ובד בבד לבטא חזון נשגב על מוסדות תרבות עתידיים אלה, שאהבת כל הנברא בצלם אלוקים היא נר לרגלם:
וכל זה אינו נוגע כלל למנע את הסקירה השכלית ואת האחוה המוסרית הטבעית, על גוי ועל אדם יחד, בכל מקום וזמן, בכל אומה וארץ. בתוך אותה הזוהמא הכללית אור צלם אלהים זורח הוא לתת אחרית ותקוה לכל, והזריחה השכלית של היושר הטבעי… וחכמות בחוץ תרונה חכמות דייקא, חכמה עילאה וחכמה תתאה ביחד, יתנו קול אחד, להאיר לעולם באור שלום וברכת עולמים (שמונה קבצים ו, רט).