זהותם של 24 אלף תלמידי רבי עקיבא עומדים במרכזה של מחלוקת חוקרים, 12 אלף זוגות ש"כולם מתו מפסח עד עצרת": האם אכן מדובר בתלמידי רבי עקיבא, כפי שמוזכר בתלמוד הבבלי, מסכת יבמות, או שמא בלוחמים במרד בר כוכבא? האם ימי האבל שנוהגים בקהילות ישראל מצאת חג הפסח ועד לל"ג בעומר (ויש הנוהגים עד חג שבועות), מיוחסים למותם של אותם תלמידים שמתו ממגפה או שמא למעשה לנהרגים בקרבות?
ההיסטוריון צבי היינריך גרץ טען נחרצות כי מדובר בלוחמי בר כוכבא בקרבות מול הרומאים, שכן לא ייתכן כי בימים ההם בית המדרש היה רחב כל כך וכן לא עולה על הדעת שכמות כזו נפלה בזמן קצר יחסית במגפה. לעומת זאת, הרבנים-החוקרים יצחק אייזיק הלוי וזאב יעבץ יצאו נגד גרץ בשצף, וטענו כי מדובר בתלמידי ישיבה שמתו, כדברי חז"ל, כעונד רוחני "על שלא נהגו כבוד זה בזה". הרב צבי יהודה הכהן קוק (להלן: הרצי"ה) טען כי "גם אהבתם של הלוי ויעבץ את הדת, גם שנאתו לה של גרץ, מקלקלת את שורת האמת. ו'השורה' נמצאת דווקא בין שניהם".
הרצי"ה טען, כפי שתועד בספר "שיר התקדש חג – ל"ג בעומר", כי תלמידי ישיבתו של רבי עקיבא היו גם תלמידי חכמים וגם לוחמים בצבאו של שמעון בר כוכבא. "ובניגוד לאוריינטציות – הן הדתית והן החילונית – האומרות שתלמידי ישיבה אינם לוחמים ולוחמים אינם תלמידי ישיבה, לא כך פני הדברים בתורת רבי עקיבא". לשיטתו, רבי עקיבא הוא שהפיח את רוח המרד, ותלמידיו הנאמנים לא הסתפקו בפלפולים סביב הצורך להשיב את חירות ישראל אלא גם אחזו בנשק ויצאו לקרב. ימי האבל שנקבעו על ימי העומר האביבי והחגיגי נקבעו כאבל לאומי, שכן כישלון מרד בר כוכבא הביא לאסון לאומי וחורבן על ירושלים ויהודה כולה. נוכח העובדה שבתוך כמה עשרות שנים מהמרד הגיעה גלות קשה ומתמשכת, טען הרצי"ה כי "אסונות הגלות כולם ממנו הם נמשכים, ועל כן, כלולים באבל זה צערנו ואבלנו על שואות הגלות כולן".
אז למה חז"ל טשטשו את הסיבה למותם של כל אלה? למה לטעון למגפה ולתת לימים אלו חזות דתית בעוד מדובר באבל לאומי שכל ישראלי יכול להתחבר אליו? בדיוק בגלל זה: בגלל הלאומיות. לשיטת הרצי"ה, חז"ל נקרעו בין הצורך לשמר את התודעה הלאומית "באמונה וצפייה ליום שבו שוב יפוח בה הרוח ותוכל לשוב ולהשתלהב למלוא עוצמתה", לבין החשש שאותה רוח לאומית ממש תביא לחידוש הגזרות והאכזריות הרומאית נגד "שארית הפלטה הרצוצה של העם". הרצי"ה מבכה על זה שטשטוש זה, שנועד להסתיר את הפן הלאומי מהאויב המשמיד חלחל בימי הגלות הארוכים גם לתפיסותיהם של תלמידי חכמים, "עד שלא נותר מן העניין אלא אבק האפר הגלותי המצוי בלבבות ובמוחות של הציבוריות הישראלית כיום". במילים אחרות, האבל נשמר בקרב קהילות ישראל, הסיבות לא.
ומה בנוגע ל"לא נהגו כבוד זה בזה"? כאן מביא הרצי"ה פרשנות מקורית ואקטואלית להכאיב: "על רקע המצב הכללי הקשה של האומה… נוצרו בין תלמידי רבי עקיבא מחלוקות ומתחים. איך עובדים? על מה ומתי נכון למסור את הנפש? וכאן היו התפרצויות – אי נהיגת כבוד זה בזה. לכל אחד היה ברור שהוא הצודק, והוא ראה בכך שדעתו תתקבל ושלא ילכו בדרך אחרת משימה קריטית. אף אחד לא מצא מקום להרשות לשני לפעול כהבנתו, כי אם השני יפעל בדרכו – הוא יהרוס הכול ותחרב האומה. ולא זכו, והמתחים הפנימיים שלא מצאו דרך להתאחות היו מגורמי כישלון המרד".
הרצי"ה, אגב, מדייק בדברי הרמב"ם שאומר על רבי עקיבא ש"דימה לחשוב" שבר כוכבא הוא המשיח, ולא כתב "שטעה לחשוב". לפי הרצי"ה, התמיכה בכוח מיליטנטי שבידו לגבור על אויב ולהביא לחירות ישראל היה נכון, רק שאותה שעה לא הייתה שעת הכושר לכך. ההיסטוריה המתעקשת לחזור על עצמה הביאה לפתחנו שעת כושר חדשה, כזו שדימינו לחשוב שתיכף מפנה את מאבקיה המדממים לטובת ישיבה נוחה תחת הגפן ותחת התאנה. שמיני עצרת הראה לנו שמלחמת הקיום עוד לא תמה. לא משנה אם תקראו לזה "ביחד ננצח" או "לנהוג כבוד זה בזה", ההירתמות המשותפת שבה והייתה לחובה קיומית. גם בעידן המודרני הזה, גם כשהרוב היהודי שוכן בישראל, אנו נדרשים עדיין לחרב, להשבת החטופים והנעדרים, ולחיזוק גבולות ישראל בעזרת כוח לוחם משמעותי – כן, גם מצד בני הישיבות.
