פרשיית הצוללות נחקרה בעבר, היחידה החוקרת הצליחה אף להשיג עד מדינה, שהיה אמור להפליל רבים ובכירים, וביניהם ראש הממשלה נתניהו.
אלא שבהמשך, קרו הרבה תקלות, ובהן, שעד המדינה, העד המפליל, הודיע כי עדותו שקרית, שהפליל את עצמו (ואת אחרים) בגלל מסע של איומים ולחצים פסולים שהופעלו עליו ועל משפחתו, וחזר בו מהודעתו. או אז, בוטל הסכם עד המדינה איתו, והוגש נגדו כתב אישום (בבית המשפט המחוזי).
בד בבד, התיק נגד מרבית ה"מופללים", קרס עוד טרם חזרתו מהודעותיו- התיק נגד עו"ד שמרון, התברר כלא כלום, התיק נגד האלוף לשעבר צ'ייני גם הוא נסגר, והעד שבעיקר עשה למען קבלת הקלות בדמות היעדר מאסר וקנס של 10 מליון ₪ על עשרות מליוני יורו ודולרים שקיבל, הפליל בסוף בעיקר את עצמו, ולא את הבכירים שלשמם הפך להיות עד מדינה.
אל מול חטא הקמתה, של ועדת החקירה הממלכתית, שהוקמה מנסיבות פוליטיות, עומדת ועדת החקירה עצמה, שאינה פוליטית. נשיאת בית המשפט העליון, מינתה את נשיא בית המשפט העליון בדימוס גרוניס, אשר הוא והממונים איתו, חקרו ובדקו, והגיעו למסקנות.
בניגוד למרבית ועדות החקירה, שמיעת העדויות, הפרוטוקולים, הדיונים, התנהלו בדלתיים סגורות, ולכן הציבור לא נחשף לגרסאות, כל שכן לראיות.
הקביעות הן חמורות- מי שהיה שר ביטחון, והצהיר רבות כי יש להקים ועדת חקירה, לחקור את השחיתות שהייתה בפרשת הצוללות, מצא את עצמו מוזהר, כולל על תצהיר כוזב לבג"ץ, שבו ניסה להרחיק את עצמו, מהפרשייה.
על ראש הממשלה נתניהו נקבע כי עקף את המערכת הביטחונית ואף שפעילותו הובילה לפגיעה במנגנוני קבלת החלטות בשורה של סוגיות רגישות; בכך סיכן את ביטחון המדינה ופגע ביחסי החוץ ובאינטרסים כלכליים של ישראל

גם ראש המל"ל דאז, יוסי כהן, הוזהר, כשנטען שהתנהלותו בנושאים הנחקרים הובילה לשיבוש עמוק בתהליכי עבודה ובניין הכוח ולפגיעה במנגנוני קבלת החלטות בשורה של סוגיות רגישות. בכך, נטען שגם הוא סיכן את ביטחון המדינה ופגעו ביחסי החוץ ובאינטרסים כלכליים של מדינת ישראל.
לאחר שלב האזהרה, המוזהרים יקבלו את חומרי החקירה, ויוכלו להגיב להמלצות ביניים, ולאחר ראיות נוספות, תהיה קביעה סופית של ועדת חקירה. אין כל ספק, שבניגוד למשפט פלילי, הקושי הוא שהשופט הוא גם מי שהגיש את מסקנות הביניים.
ועדות חקירה מטילות אחריות אישית כאשר מתלווה לכך יסוד של אשמה. זו יכולה להיות אחריות אישית ישירה, שלפיה פעולה או מחדל ישירים של בעל התפקיד הובילו למצב,. זו יכולה להיות אחריות אישית עקיפה – מקרה שבו בעל תפקיד לא נקט בפעולות נחוצות כדי למנוע את הכישלון, חדל או פעל על פי הערכה רשלנית של תוצאות פעולותיו.
הוועדה יכולה להטיל אחריות אישית, ויכולה להמליץ גם שאדם מסויים לא ישא בתפקיד ציבורי, בוועדת מירון למשל, הוחלט שיו"ר הכנסת אוחנה לא יוכל לכהן כשר לביטחון פנים, וכי השר לענייני דתות יעקב אביטן לא יכהן בעתיד כשר. הוועדה חרגה שם מכל המלצה שהמליצה אי פעם וועדת חקירה, ביחס לנבחר ציבור. המלצה דומה פרסמה ועדת אור לגבי מי שכיהן בעת אירועי אוקטובר 2000 כשר לביטחון פנים, פרופ' שלמה בן עמי. בעניינו של ראש הממשלה נתניהו ועדת מירון הסתפקה בהטלת אחריות, אך לא ניתנו המלצות לסיום תפקידו כראש ממשלה.
אין כל ספק, כי הטענות הן קשות, ולאחר שהסניגורים יקבלו את חומרי החקירה, ויסיימו את שלב הטיעון והבאת הראיות, ישארו ההמלצות. הוועדה לפחות לפי לשונה החריפה של החלטת הביניים, תתקשה שלא להמליץ על המלצות אישיות ביחס לנשיאה בתפקידים ציבוריים של יעלון כהן ונתניהו, ויכולה גם בדלת האחורית, להמליץ על חקירה פלילית.
בעוד שהעבירה של מירמה והפרת אמונים, כבר התיישנה, בחלוף 10 שנים, העבירה של תצהיר כוזב, לכאורה, שניתן לבג"ץ, לא התיישנה כלל.
יהיה מעניין לראות כיצד הוועדה תחליט, והאם המלצותיה ימוסמסו, או שנמצא את עצמנו בפרשיית הצוללות בחקירה פלילית, ואולי דווקא כנגד מי שזעק הכי הרבה, כנגד הפרשה.