בבית משפחת בן־גוריון בתל־אביב, שנבנה עוד בשנות השלושים, לא היה מִקלט. רק לקראת מבצע קדש הותקן מעין ממ"ד עבורו בחדר של רננה, אך במערכה ההיא לא היה בו צורך. ייתכן שבעל הבית השתמש בו כשתל־אביב הופגזה בתותחי לונג־טום ירדניים ביום הראשון של מלחמת ששת הימים. ערב המלחמה הוא בא הנה משדה־בוקר כדי להיות סמוך למוקדי הפעילות של קהילת הביטחון הישראלית בקריה. כעבור שש שנים וחצי היה כאן גם בעת יללת הצופרים בצהרי יום הכיפורים תשל"ד, לא עוד בשדה־בוקר. שתי המלחמות הללו העמידו במבחן את יעילותה של מכונת המלחמה העברית שעיצב במהלך שנותיו הראשונות כראש ממשלה, ובעצם התחיל לעצב עוד שנים אחדות קודם לכן, כשהמדינה בצבצה באופק.
בהיותו כבן שישים שינס מנהיג היישוב את מלוא יכולותיו האוטודידקטיות לצורך השתלמות יסודית בסוגיות צבא ומדינה. במשך חצי שנה ערך לעצמו "סמינר". את השיעור הראשון קיים בביתו עם ממלא־מקום ראש המפקדה הארצית של ההגנה. רישום היומן שלו אחרי הפגישה מעיד שהוא לא התבייש להתחיל ללמוד מבראשית: "כיתה – שמונה [חיילים]; מחלקה 30־40; פלוגה 125־250". גם את בכיר הפלמ"ח יגאל אלון אירח בביתו, וגבה ממנו עדות מומחה עד אשמורת הבוקר. "זה היה דבר מזעזע", התפעל מומחה אחר באוזני ההיסטוריון אורי מילשטיין, "הוא הזמין אליו אנשים, לכל אחד מהם אמר: 'דבר!', ובעצמו כתב. לא הביט בפני הדובר, ושאל לפרטי פרטים על מבנה המפקדה הארצית, האנשים, הנשק. שום אדם לא היה יכול להשתלט על רבע ממה שהיה מונח לפניו".

בבית הישן והשמור בתל־אביב, שמרזביו החיצוניים מעידים על גילו המופלג, ניסח בן־גוריון בכתב ובעל פה את מסקנותיו, הלא היא תפיסת הביטחון הראשונית של ישראל, זו שהניחה את אבן הפינה למונח "צבא" שנכלל ברשימת האתגרים הלאומיים המפורסמת שלו מליל כ"ט בנובמבר. מומחים ובכירי מטכ"ל עדיין מדקלמים את עקרונותיה בנגינת התפעלות. תובנותיו הצבאיות של האזרח הקשיש, קורפורל בדימוס בצבא בריטניה, תקפות בעיניהם גם היום, ובעיקר התנזרותו הקנאית מגילויי שאננות. ניצחון צה"ל על צבאות ערב במלחמת העצמאות לא שכנע אותו שניצחונות צה"ל מובטחים גם בעתיד. חרדה ביטחונית הייתה נדבך אופי טבעי אצלו.
לדברי מזכירו ואיש אמונו חיים ישראלי, "בן־גוריון טען לא פעם שהוא פחדן ואין פחדן גדול ממנו. והוא לא היה סתם פחדן, אלא פחד לשלומה ולקיומה של מדינת ישראל". במסמך מכונן שהניח על שולחן הממשלה ערב פרישתו הזמנית ממנה ב־1953, נכתב ש"יש התקדמות רבה בצבא, אבל אנו רחוקים עדיין מהיות צבא משוכלל. ושום תשבחות – ולו גם כנות – של אורחים, אסור שיזיחו את דעתנו. עלינו עוד ללמוד הרבה, ומתוך ניסיון מתמיד עלינו לחשוף ליקויי הארגון והאימון ולתקן אותם".
המסמך הכיל התרעה מצמררת: "אסור לסמוך על ניצחונות העבר, ואסור לסמוך על חולשת האויב. המנצח בעבר יכול להיכשל בעתיד, כמו שקרה לצרפתים במלחמת העולם השנייה. עלינו להיות ערוכים למלחמה שתבוא, ולא לזו שכבר עברה. אויבינו יכולים להתקיף אותנו במלוא כוחם מהיבשה, מהים ומהאוויר… גורם הזמן הוא מכריע וגורלי מבחינתנו, כי אין לנו כמעט כל מרחב [עומק גיאוגרפי]… אם אויבינו יחליטו להתקיף אותנו שנית, איחור של יום אחד עלול להיות פטאלי".
"הוא הזמין אליו אנשים, לכל אחד מהם אמר: 'דבר!', ובעצמו כתב. לא הביט בפני הדובר, ושאל לפרטי פרטים על מבנה המפקדה הארצית, האנשים, הנשק. שום אדם לא היה יכול להשתלט על רבע ממה שהיה מונח לפניו"
הוא רצה צבא גדול וחזק, אך לא כזה שישתלט על משאביה של המדינה הצעירה. במסמך המכונן – "צבא ומדינה" – נכללה המלצה שלא להעניק העדפת־יתר לדרישות התקציביות של הצבא ואף לחוות הדעת שלו בנושאי ביטחון: "אסור לנו להוציא אף פרוטה יתרה אחת לצורכי הצבא אם אין בה הכרח גמור. המוח הצבאי רואה בהכרח כל העניינים מבחינת הצבא, ולא תמיד יודע להעריך שאר צורכי המדינה לגופם, ושר הביטחון אסור לו שיסתמך אך ורק על חוות דעתו היחידה של הרמטכ"ל, כי ברגע שכל אנשי הביטחון כפופים לרמטכ"ל תישמע בצבא רק דעה אחת ויחידה".
אחד המומחים שבהם נועץ, "קצין בן קצין ששירת בצבא האוסטרי, הגרמני והבריטי", המליץ להקים צבא מקצועי קטן אך איכותי, מטעמי תקציב ויכולת ארגון. הקצין בן הקצין חשב שלנוכח יחסי הכוחות הדמוגרפיים בין ישראל לערבים, אין טעם בהקמת צבא גדול. לאחר דין ודברים בין השניים, הצעתו נדחתה. "הגעתי לידי מסקנה שלא צבא מובחר נחוץ לנו אלא צבא עממי", דיווח בן־גוריון לממשלה על מסקנותיו. הוא כמובן ידע שהצבא הסדיר לבדו יתקשה לעמוד בפרץ במקרה שישראל תותקף בפתאומיות, אולם תלה את יהבו בצבא המילואים: "יש הכרח שנצייד כל חטיבת מילואים במחסן מיוחד ושיהיה לנו די רכב להסיע במהירות הגדולה ביותר את המגויסים למוצב המלחמתי".
שתי הפתעות אוקטובר לדורותיהן אשררו את הנחותיו. ללא מערך מילואים גדול, צה"ל היה מתקשה מאוד לבלום את צבאות מצרים וסוריה במלחמת יום הכיפורים, או להדוף בתוך יממה או שתיים את מתקפת חמאס ב־2023, שבעים שנה בדיוק אחרי הנחת מסמך "צבא ומדינה" על שולחן הממשלה.
המסמך הכיל התרעה מצמררת: "אסור לסמוך על ניצחונות העבר, ואסור לסמוך על חולשת האויב. המנצח בעבר יכול להיכשל בעתיד, כמו שקרה לצרפתים במלחמת העולם השנייה. עלינו להיות ערוכים למלחמה שתבוא, ולא לזו שכבר עברה"
לדאבון לב, מתקפת חמאס אשררה על דרך השלילה גם את התפקיד הביטחוני המשמעותי שבן־גוריון הועיד ליישובי הספר בהגנת המדינה. "יישובי ספר מוכשרים לעמוד זמן בלתי מסוים נגד האויב ולעכב את חדירתו ארצה", חיווה דעתו בישיבת הממשלה ביולי 1951, ודאי מתוך הנחה שכיתות הכוננות שלהם יצוידו היטב. אבל עוד ב־1946 הזהיר, לרגל הקמת 11 הנקודות בנגב – ובהם גם קיבוצי בארי ונירים שבקרבת עזה – כי "לַמדבר הזה שלחנו מאות עמדות של בחורינו ובחורותינו היקרים ביותר והפקרנו למעשה את חייהם. אם יקרה חלילה אסון, יהיה קשה יותר מאשר בכל מקום אחר בארץ להגיש להם עזרה".
אשר יגור בא. מתקפת הדמים בשמחת תורה אשתקד הייתה רצחנית מכל קודמותיה בעת החדשה, וצה"ל אכן התקשה לבלום אותה. מסכת הלקחים המלאים ממנה תכיל מן הסתם הפניות למשנתו הביטחונית של הפחדן הגדול שהקים את הצבא כדי למנוע הפתעות מרות שכאלו.