מלבד כתביו המדעיים, אייזיק ניוטון הוריש לאנושות גם הרבה כתבים דתיים או "מיסטיים". כשנתרם עזבונו המדעי לאוניברסיטת קיימברידג', נדחו הכתבים הדתיים בזלזול והם נותרו בעליית גג כאבן שאין לה הופכין. בסופו של דבר, באורח פלא ובדרך לא דרך, הם הגיעו לירושלים ונמצאים היום בבית הספרים הלאומי, שגם לאוניברסיטה העברית בירושלים חלק ונחלה בו.
ואכן, ירושלים היא המקום הראוי לכתבים כאלה. כי ירושלים אינה רק מקום גיאוגרפי אלא גם צורת חשיבה. אין מי שחולק על התרומה העצומה שהביא המדע המודרני לאנושות, אבל לצערנו רבים לא מבינים את מגבלותיו ואת אופקיו המוגבלים. "הכבידה מסבירה את תנועת הכוכבים ביקום, אבל אינה יכולה להסביר מי הניח אותם בתנועה מלכתחילה. אלוהים מושל בכל הדברים הללו ויודע מה יעשה או מה יכול להיעשות", כתב ניוטון. זה כבר היה קצת מעבר למה שהחשיבה המדעית המערבית מסוגלת להבין, והיא דחתה את הדברים כ"מיסטיקה". את מה שהעולם המערבי דחה, ירושלים והאוניברסיטה העברית אימצו.
אבל היום, לנוכח הידיעות שהאוניברסיטה העברית מתכננת להפסיק ללמד בעברית בחוגים לא מעטים, נראה שהכתבים הללו יצטרכו לחפש להם מקום ראוי יותר. הבעיה בכוונה להפסיק ללמד בעברית אינה רק טכנית. משמעותה היא גם להפסיק לחשוב בעברית. כי העברית אינה רק תקשורת שונה בין בני אדם, אלא גם ובעיקר צורת חשיבה, לוגיקה שונה, שמוטבעת בכל הווייתה. "אלוהים לא יוותר אילם בשפה שבה השביעו אותו אלפי פעמים לשוב ולחזור אל חיינו", כתב גרשום שלום על העברית. בדיוק כפי שיש הבדל מהותי בין הרפואה האלטרנטיבית לרפואה הקונבנציונלית, יש הבדל מהותי בין החשיבה העברית לחשיבה היוונית־מערבית.
אין הכוונה רק לתוכני המחשבה, לערכים, לאידאות וכדומה. הכוונה היא, קודם כול, לצורת המחשבה ולכלי החשיבה. במובן הזה אנחנו שקועים עמוק בצורת מחשבה מערבית, גם כשאנו עוסקים בתכנים עבריים.
המחשבה הרציונליסטית המערבית, שיסודה בפילוסופיה היוונית, היא מושגית. המושג הוא כלי עבודתה העיקרי. המושג השכלי תמיד מוגדר, מסוים, חד־ממדי. אין הוא יכול לתפוס את החיים בזרימתם, במהותם, באינסופיותם. ביכולתו לשמש ככלי מחשבה גדולה, אבל מוגבלת. לפני הפילוסופיה היוונית הייתה צורת מחשבה אחרת, המיתולוגיה, ולה יתרונות ומגרעות משלה. המחשבה של המזרח הרחוק משתמשת בכלי מחשבה מסוג שלישי כדי לבטא את תכניה, הכולל בין השאר את הפרדוקס, את הסתירה עצמה. גם חז"ל חשבו בדרכם שלהם, בעברית (גם כשדיברו ארמית), ובין השאר בחשיבה נושאת הפכים. הם גם ביטאו את מחשבתם בצורה שונה: במשלים ציוריים, בסיפורים וכדומה. תרבויות שונות ותקופות שונות מפתחות להן כלי מחשבה התואמים את מהותן הפנימית, והם גם באים לידי ביטוי מובהק בשפתן.
כל מי שעוסק בתורת ישראל בכלל ובפנימיות התורה בפרט, יודע עד כמה המחשבה המושגית המערבית אינה יכולה להבין ולבטא את עומק האמת הישראלית. בדורנו הגיעה החשיבה המערבית למיצוי עצמי, והתודעה האנושית פתוחה לחיפוש אופקים חדשים וצורות חשיבה חדשות. החשיבה העברית היא חלופה כזו. הכוונה אינה למדע ספציפי, אלא ליצירת תשתית חשיבה מדעית הבנויה על צורות מחשבה שונות, מתודות מחקר חדשות, ובעיקר הנחות ואקסיומות חלופיות. לא שהמדע המערבי ייזרק כלאחר יד, אלא שתימצא הדרך לזקק אותו ולהפוך אותו לסולם שבאמצעותו תוכל האנושות לצעוד צעד מהפכני קדימה.
מקומה של מהפכת התודעה והמדע הזו, שאמורה לשמש חלופה לאתונה, היא ירושלים. היא אמורה להיות לא רק דוברת עברית, אלא בעיקר חושבת עברית. תפיסת העולם הישראלית הפנימית וכלי המחשבה שהיא פיתחה עשויים להוות בסיס לפרדיגמת חשיבה מדעית שונה, שבמסגרתה גם המדע הקונבנציונלי יוכל למצוא את מקומו ולהשלימה.
אוניברסיטה עברית במלוא מובן המילה אמורה לקדם מחקר היוצא מיסודות חשיבה ואקסיומות ישראליות, עבריות, על האדם, הבריאה, הקוסמוס, החברה והטבע. בתחומי החברה והרוח ההבדל בין הפרדיגמות ברור, ותוצאותיו פסיכולוגיה אחרת, סוציולוגיה שונה, שלא לדבר על פילוסופיה, מדע המדינה, לימוד היסטוריה וחינוך שונים, ועוד ועוד. אבל מדובר גם על תחום המדעים המדויקים, ואפילו מדעי החיים והביולוגיה. פנימיות תורת ישראל תתרום כאן את כלי החשיבה שפיתחה ואת מושגיה על האינסוף, החיים, הבריאה, התודעה, שאלות של תורת ההכרה ואונטולוגיה.
זה היה אמור להיות החזון של האוניברסיטה העברית בירושלים. כל עוד היא דוברת עברית, הדרך עדיין פתוחה בפניה להיות בבוא הזמן גם חושבת עברית. אבל ברגע שהיא בוחרת ללמד ביוונית, היא חוסמת בפני עצמה את הדרך הזו. חבל שמי שאמורה להיות ראש לאריות, בוחרת להיות זנב לשועלים.
