על ברכתו של יעקב ליהודה "לא יסור שבט מיהודה ומחוקק מבין רגליו עד כי יבוא שילה ולו יקהת עמים" (בראשית מט, י) מעיר הרמב"ן שאי אפשר לומר שלעולם לא יסור השלטון משבט יהודה, שהרי אין לישראל כיום מלך ושרים. הכוונה לדעתו היא שמאז שבטלה המלוכה אף אחד לא יוכל למלוך על עם ישראל אלא שבט יהודה. בהמשך דבריו מסביר הרמב"ן כי כל המולכים אחרי דוד עוברים על צוואת יעקב, וייענשו. כדוגמה לכך הוא מזכיר את החשמונאים:
וזה היה עונש החשמונאים שמלכו בבית שני כי היו חסידי עליון ואלמלא הם נשתכחו תורה והמצוות מישראל ואף על פי כן נענשו עונש גדול… והגיע העונש למה שאמרו חז"ל כל מאן דאמר מבית חשמונאי קאתינא עבדא הוא, שנכרתו כולם בעוון זה… אלא שבעבור זה שמלכו ולא היו מזרע יהודה ובית דוד והסירו השבט והמחוקק לגמרי והיה העונש מידה כנגד מידה שהמשיל הקב"ה עליהם את עבדיהם והם הכריתום.
לדעת הרמב"ן, אם כן, הסיבה לכך שכל בית חשמונאי נהרגו ונכרתו – עד כדי כך שכל האומר שהוא מבית חשמונאי הוא למעשה עבד – היא שהם נטלו לעצמם את המלוכה, למרות שהיה אסור להם לעשות זאת.

אך פירוש זה של הרמב"ן מתמיה. בפירושו לפסוק הפותח את פרשת בהעלותך, "דבר אל אהרן ואמרת אליו בהעלתך את הנרות אל מול פני המנורה יאירו שבעת הנרות" (במדבר ח, ב), טוען הרמב"ן שיש כאן רמז לחנוכת המקדש על ידי החשמונאים מזרע אהרן: "יש חנוכה אחרת שיש בה הדלקת נרות ואני עושה בה לישראל על ידי בניך ניסים ותשועה… והיא חנוכת בית חשמונאי". בדברים אלה הרמב"ן מתייחס לחנוכת בית חשמונאי דווקא בחיוב – הוא אינו מזכיר את עונשם של החשמונאים ואף לא את חטאם החמור.
גם אם נאמר שהרמב"ן התייחס לכל פרשה מנקודת מבטה עדיין יקשה לנו המקור הבא. בפרשת המלך (דברים יז, טו), הרמב"ן אינו מזכיר כלל את החובה למנות מלך רק משבט יהודה. הוא מפרש את הפסוק "שום תשים עליך מלך" כאומר: "כל אשר יהיה נגזר מן השמים שימלוך, ואם הוא מקטני שבט ישראל ומשפחתו צעירה, אבל לא איש נכרי". מדברים אלה משמע שכל בני ישראל ראויים להיות מלכים, מלבד נוכרי. אם כן הרמב"ן מתיר כאן במו פיו את מלכות החשמונאים, בניגוד למה שטען בספר בראשית.
מדוע מתייחס הרמב"ן לחשמונאים בצורה כה מחמירה בספר בראשית, ואין הוא מזכיר אותם בשאר פירושיו? מבט לביוגרפיה של הרמב"ן עשוי לספק לכך תשובה.
ויכוח עם הנוצרים
מחברי הברית החדשה ניסו להוכיח מתוך המקורות התנ"כיים את אמיתתה של הנצרות. בתחילה התנהל הפולמוס לרוב מתוך גישה עיונית, אולם עם תחילת מסעי הצלב חל שינוי מהותי בסגנון הוויכוח, ומכאן ואילך מסתמנת מגמה של גישה תוקפנית, רוויית רגשי בוז ושנאה. הוויכוח הדתי הפך להיות אחד הנושאים המרכזיים בחיי היהודים במגעיהם היומיומיים עם שכניהם הנוצרים. רבות מן השאלות הללו הופצו על ידי משומדים וכן על ידי אנוסים יהודים בחברה הנוצרית, והתשובות ליהודים סופקו על ידי חכמי הדת והדורות.
ברי כי לא היה סיכוי שאחד הצדדים יצליח לשכנע את השני. עוד ברור שעל היהודי היה להיזהר בלשונו, שכן למרות האישור שניתן לו להיות שותף בפולמוס הוא עלול היה להיפגע מוויכוח זה. לא לחינם מספרות האגדות שרבים מן המתווכחים היו לבושים בתכריכים לפני צאתם לוויכוח. הכנסייה הייתה מעוניינת שהמתווכח יֵדע את הפסוקים הכריסטולוגיים שבתנ"ך ולכן לימוד השפה העברית הפך לחשוב ביותר. מכאן שהמתווכחים המסוכנים ביותר ליהודים היו המומרים שידעו עברית ואף תלמוד.
אחד הוויכוחים המפורסמים היה ויכוחו של הרמב"ן עם היהודי המומר פאבלו כריסטיאני המכונה פראי פול. הרמב"ן נולד בעיר גירונה במדינת קטלוניה שבספרד, והיה בעל השפעה רבה על החיים היהודיים והציבוריים. ב־20 ביולי 1263 החל בברצלונה הוויכוח בין הרמב"ן לבין פראי פול. במקום נכחו כמרים, יהודים, שרים ומלך ספרד חיימה (יעקב) הראשון בכבודו בעצמו. הוויכוח נמשך ארבעה ימים, והרמב"ן ביקש מהמלך שלא יתערב במהלך הוויכוח. כמו כן ביקש הרמב"ן שיותר לו לומר כל מה שירצה בלא חשש מן הכמרים והנזירים הדומיניקנים, מארגני הוויכוח.
נראה כי הוויכוח התנהל בתנאים החופשיים ביותר שניתנו אי פעם בימי הביניים. ניכר שהרמב"ן אינו חושש כלל, אף מפני המלך, וכשהאחרון הפר את תנאי הוויכוח והתערב לא חשש הרמב"ן מלהוכיחו בנימוס. ביום הרביעי לוויכוח הודיע הרמב"ן כי הוא אינו מעוניין להמשיך בוויכוח, מאחר ששני הצדדים ביקשו זאת ממנו. היהודים חששו לחייהם כתוצאה מדברי הרמב"ן הנועזים, ואילו הנוצרים התנגדו לשמוע דברים נגד אמונתם, במיוחד לאחר שלא הצליחו להוכיח שהרמב"ן טעה. בתחילה סירב המלך לבקשת הרמב"ן, והוויכוח נמשך, אולם כבר באותו יום הוא הופסק מחשש להתפרעויות של ההמון והאוכלוסייה הקנאית.
המלך קיבל את הרמב"ן בספר פנים יפות ושיבח אותו על טענותיו. הרמב"ן נשאר עוד שבוע בברצלונה וזכה לכך שהמלך יבוא לבית הכנסת בשבת, ואז דרש הרמב"ן לכבודו. למחרת העניק המלך 300 דינרים לרמב"ן ושילחו לביתו בברכת "לחיים ולשלום".
הכמרים הדומיניקנים שלא השלימו עם הפסדם בוויכוח הפיצו את השמועה כי הרמב"ן הפסיד ואף ברח לפני סוף הוויכוח. משום כך הוכרח הרמב"ן לכתוב את דברי הוויכוח ולשלחם ליהודים בספרד. על כך הוא הואשם בידי הכמרים בכפירה ובהפצת דברי פלסתר, והובא לפני המלך למשפט בתאריך 12.4.1265. הרמב"ן הצטדק כי ניתן לו אישור מיד המלך לעשות את שעשה, אך המלך קבע כי יש לגרשו לשנתיים ולשרוף את ספרו.
דעת הכמרים לא נחה מגזר הדין שהיה מקל בעיניהם, והם פנו לאפיפיור קלמנס ה־4, וזה שלח למלך מכתב שהורה לו להעניש את בעל הספר. הרמב"ן נאלץ בעקבות כך לברוח מספרד, ושם את פעמיו לארץ ישראל. בתאריך 1.9.1267, ט' באלול, הגיע הרמב"ן לירושלים ומצא שם שני יהודים בלבד. הוא ייסד שם בית כנסת ובית מדרש, ובמקביל סיים ושכלל את פירושו לתורה. בשנת 1270, שלוש שנים לאחר שהגיע ארצה, השיב את נשמתו לבורא.
מלכות לפני ישו
לאור הוויכוח שניהל הרמב"ן עם פראי פול ייתכן שניתן להסביר את פירושיו השונים לתורה, שנראים סותרים זה את זה.
בוויכוחו עם הרמב"ן מזכיר פראי פול רק פסוק אחד מן התורה – את הפסוק המדובר מבראשית מט, י: "לא יסור שבט מיהודה ומחוקק מבין רגליו עד כי יבא שילה". וכך הוא אומר:
הכתוב אומר לא יסור שבט מיהודה וגו' עד כי יבוא שילה – שהוא המשיח, הרי הנביא אומר שלעולם יהיה ליהודים כוח וממשלה עד יום בוא המשיח. היוצא ממנו אם כן אתם שאין לכם לא שבט ולא מחוקק דעו שכבר בא המשיח שהוא מזרעו ולו הממשלה.
באופן פרדוקסלי, דווקא הנוצרים פיארו והאדירו את מלכות ישראל עד ישו במטרה להוכיח כי הייתה רציפות שלטונית, כפי שתיאר הפסוק, וישו הוא המשיח. תקופה זו כוללת כמובן את מלכי החשמונאים. כנגד טענה זו ניסה הרמב"ן להמעיט בדמות המלכות בכלל והחשמונאים בפרט, כך שיצויר שזמן רב לא הייתה מלכות בישראל לפני ישו, וגם מה שהיה – מלכות החשמונאים – אינו אידיאל:
עניתי שאין כוונת הנביא לומר שלא תהיה ממלכת יהודה בטלה כלל בשום זמן אלא שלא תסור לשבט אחר… ואחר שתשוב – ליהודה תשוב. וראיה לדברי שכבר היו ימים רבים קודם ישו שבטלה ממלכת ישראל… ובבית שני לא היה מלך מיהודה רק זרובבל בן שאלתיאל הכוהנים המה ועבדיהם כל שכן כשהם בגלות באין עם ואם אין עם אין מלך.
הרי שלפי הרמב"ן לא הייתה מלכות בישראל זמן רב לפני ישו. למה שכן היה – בין היתר הכהנים החשמונאים ועבדיהם – הוא מתייחס בביטול וממעט את דמותם. אלא שפראי פול לא מתרצה והמשיך להקשות:
באותן זמנים אף על פי שלא היה לכם מלך מכל מקום ממשלה הייתה לכם שכך מפורש בתלמוד לא יסור וגו … אלו ראשי גלויות שבבל… ומחוקק… אלו נשיאים בני בניו של הלל.
להבנתו, כל אותם שליטים שמשלו בעם ישראל גם בתקופת הגלות היו מבני שבט יהודה, כך ששוב חוזרת שאלתו: מוכח שהיה רצף שלטוני במלכות ישראל עד ישו. בתגובה חוזר הרמב"ן ומדגיש שמלכות בית חשמונאי לא הייתה ממשלה מטעם יהודה:
ואף על פי שנתבטלה ימים רבים… ובבית שני כשהייתה המלכות לכוהנים ועבדיהם לא היה לשבט יהודה שום ממשלה ולא ראשי הגולה ולא נשיא כי הנשיאות הייתה לכוהנים ועבדיהם ולשוטריהם ולאשר ישר בעיניהם.
הווה אומר: הרצף השלטוני שהתקיים בבית שני לא היה קשור לשבט יהודה, ועל כן אין משמעות מרובה למלכות חשמונאי. הרמב"ן אינו מזכיר כאן את עונשם של החשמונאים, כפי שכתב בפירושו, אבל ניכר מדבריו כאן שהוא ממעט בערך ממשלתם.
לאור דברים אלה מסתבר שהרמב"ן אמנם העריך את החשמונאים ואת פועלם, וודאי שלא סבר שיש למחות את זכרם. ואולם, מכיוון שפראי פול והנוצרים יכלו להשתמש בקיומם כדי להוכיח את אמיתות אמונתם, נאלץ הרמב"ן להמעיט את דמותם ותקף אותם בחריפות רבה בפירושו. דעה זו תקבל חיזוק כאשר נביט בפירושו של מ"צ איזנשטט על הרמב"ן, שבו כתב כי כל הקטע על החשמונאים בספר בראשית נוסף לאחר שהרמב"ן הגיע לארץ ישראל. זאת ככל הנראה לאחר שהבין עד כמה יכולה עובדה זו להזיק ליהדות, והרגיש כי הוא מחויב להוסיף את המשפטים החריפים הללו כדי לצאת חוצץ נגד דעת הנוצרים.