הולנד נפלה בידי הגרמנים ב-14 במאי 1940 בעקבות כניעתה, לאחר הפצצת רוטרדם. בעקבות הקרב שכשל, נפלו גם יהודי הולנד בידי הגרמנים. בתוך התופת של יהודי הולנד בתקופת הכיבוש הנאצי כותבת צעירה יהודייה בשם אתי הילסום יומנים שנכתבו בין השנים 1941 עד 1943. באחד היומנים היא כותבת: "החיים יפים בעיניי ואני מרגישה את עצמי חופשיה. השמים שבתוכי גדולים ורחבי ידיים כמו השמים שמעליי. אני מאמינה באלוהים ואני מאמינה בבני האדם".
ציטוט זה העניק לספר את שמו העכשווי: "השמיים שבתוכי". בהוצאה הראשונה נשא הספר את השם "חיים כרותים" ואכן חייה של אתי, צעירה יהודייה מלאת חיים, נכרתו באושוויץ בשלישי בנובמבר 1943 כשהיא רק בת 29. אתי הייתה מוכשרת מאד כמו כל בני משפחתה היהודית המשכילה המתבוללת, שאף אחד מהם לא שרד את השואה. לאתי היו לה כל הסיכויים להינצל. היא סירבה להצעות ידידיה הרבים שביקשו להצילה והעדיפה להצטרף ליהודי הולנד במחנה המעבר ווסטרבורק, שם עזרה וטיפלה רגשית, פיסית ורוחנית ביהודים ילדים ומבוגרים חולים. משם, נשלחה אתי לאושוויץ. גם שם טיפלה עזרה ועודדה עד שנספתה יחד עם 2,044 יהודים נוספים שנרצחו באותו יום באושוויץ.
בהקדמתו לספר, משווה הסופר אהרון אפלפלד בין אתי הילסום למחנך הדגול יאנוש קורצ'אק שגם הוא דחה שוב ושוב את ההצעות להצילו. קורצ'אק העדיף לצעוד אל המוות יחד עם 200 ילדי בתי היתומים היהודים שניהל. אפלפלד, שמגדיר את היומן של אתי כאחת התעודות המפעימות שראו אור בשנים האחרונות, טוען שקורצ'אק והילסום הגיעו למעלת קדושים חילוניים.
אתי הילסום נולדה וגדלה במשפחה יהודית משכילה ומתבוללת. היא נולדה ב-15 לינואר 1914 בעיר מידלבורג בהולנד. משם עברה המשפחה לעיר דוונטר במזרח הולנד שם גדלה ולמדה בגימנסיה שניהל אביה ד"ר לוי הילסום. אמה רבקה ברנשטיין נולדה ברוסיה ונמלטה להולנד בעקבות הפוגרומים. שני האחים הצעירים שלה מישה ויאפ היו גאונים. מישה היה פסנתרן מחונן שכבר בגיל שש הופיע בקונצרטים. יאפ היה רק בן 17 כשהתמנה למשרת רופא. אתי עברה בגיל 18 לאמסטרדם הבירה שם סיימה תואר שני במשפטים והחלה ללמוד פסיכולוגיה ושפות סלאביות כדי ללמוד רוסית, שפת האם של אמה.כל המשפחה המשכילה והמתבוללת נספתה בשואה, למרות שלא הייתה להם תודעה יהודית או דתית.
מדברים שכתבה בתחילת היומן עולה כי הילסום היתה מנותקת לגמרי מאמונה דתית. היא כותבת בגילוי לב נדיר על מצבי הרוח שלה על יחסיה עם גברים ועל יחסיה המורכבים עם בני משפחתה.
היומנים חיכו כ- 40 שנה עד שזכו לפרסום, תחילה בהולנדית על ידי בית ההוצאה האן, ולאחר מכן ראו אור בארצות רבות ובשפות רבות כולל בישראל. בשנת 1996 הוקם בעיר דוונטר, העיר בה גדלה אתי, מרכז על שמה שכולל גם מרכז מבקרים ומוזיאון אליו מגיעים יהודים ולא יהודים שמעריצים את דמותה ואת יומניה.
הקוראים הרבים מתארים באהבה כיצד היומנים נוגעים בנפשם ומעוררים בהם מחשבות ותחושות כאילו הם משוחחים עם אתי שברגעים הקשים ביותר במחנה ההשמדה כותבת כך: "המצוקה כאן באמת נוראה ובכל זאת, בשעות הערב כשהיום נסוג ומתרחק, אני צועדת בצעדים קלילים לאורך גדרות התיל ומליבי עולה תמיד התחושה – ואין מה לעשות, זה פשוט כך, זה משהו עמוק ובסיסי: החיים נפלאים ונשגבים, יבוא יום ונצטרך לבנות לנו עולם חדש, ועל כל פשע וכל זוועה עלינו לענות באהבה וטוּב לב, שהם תוצאה של מאבק פנימי. מותר לנו לסבול, אבל לא להיכנע לסבל".
הילסום ממשיכה ומדגישה כי "שלום אמיתי בעתיד ייתכן רק כאשר כל אדם יגיע לשלום עם עצמו ויעקור מתוכו את השנאה לזולת ויהיה מוצאו מה שיהיה, ויהפוך אותה למשהו אחר, אולי במשך הזמן לאהבה אפילו".
לאור תובנה זו היא מציינת ביומנה: "אני לא מאמינה שאפשר לתקן משהו בעולם בלי שנתקן קודם את עצמנו וזה נראה לי הלקח היחיד שאפשר ללמוד מהמלחמה הזאת: שצריך לחפש את הרע בקרבנו ולא בשום מקום אחר".
למרות הזוועות אתי נשארה אופטימית עד לרגע האחרון. היומן שלה נראה כמו תפילה ארוכה לאלוהים האישי שלה. אבל היא לא תמימה ויודעת לקרוא לילד בשמו. מתוך זוועות השואה היא מדווחת כי "השמיים מלאים ציפורים, התורמוסים הסגולים עומדים מלכותיים ושלווים בפריחתם, שתי נשים זקנות התיישבו על הארגז לפטפט, השמש זורחת על פניי ולנגד עינינו מתרחש רצח עם. כל זה בלתי נתפס". זהו ציטוט מאחד מ- 16 המכתבים שלה שהצטרפו לאחרונה למהדורה החדשה של "השמים שבתוכי" בהוצאת כתר.
הקורא ביומניה מרגיש כאילו אתי הילסום משוחחת איתו פנים מול פנים.

"אלוהים, אלה זמנים קשים מדי לאנשים פגיעים כמוני, אני יודעת שעוד יבואו זמנים אחרים, זמנים אנושיים, אני רוצה כל כך להישאר בחיים, כדי שאוכל להעניק לאחרים את כל הרגשות האנושיים הנשמרים בתוכי, למרות כל מה שעובר עליי יום יום". אתי לא זכתה, אבל הדברים שכתבה ביומניה הפכו אותה לדמות נערצת בארץ ובעולם. מעריציה הרבים, ביניהם יהודים נוצרים וערבים רואים בה מורה רוחנית, עורכים אזכרות וכינוסים לזכרה. בטקסים שמוקדשים לה, מעריציה הרבים קוראים מיומניה. אחת המעריצות הצעירות שמגדירה את אתי כחברה לחיים מציגה קעקוע של רטייה על זרועה שמביע את המילים האחרונות ביומן של אתי: "הייתי רוצה להיות רטייה על פצעים רבים". צעירה נוספת מספרת בהתרגשות שאתי הילסום לימדה אותה לבחור באור ולא ביאוש".
גם במחנה ההשמדה היא מצאה נקודות אור. "הבוקר הופיעה מעל המחנה קשת בענן והשמש זרחה בשלוליות הבוץ. כשנכנסתי למרפאה, קראו אליי כמה נשים: "יש לך חדשות טובות? את נראית כל כך עליזה." המצאתי סיפור על ויקטור עמנואל, על ממשלת העם והשלום שמתקרב. הרי לא יכולתי לבקש מהן להסתפק רק בקשת בענן, אפילו אם זו הייתה הסיבה היחידה לעליזות שלי".
את תחילת הכיבוש הנאצי בהולנד היא מתארת במילים יבשות "יהודים כבר לא יכולים לבקר בחנויות של ירקנים, הם יצטרכו בקרוב למסור את האופניים שלהם, הם כבר לא יכולים לנסוע בחשמלית והם חייבים להיות מחוץ לרחובות עד שמונה בלילה". על רקע המציאות העגומה הזאת היא מספרת, "הבוקר רכבתי על האופניים ונהניתי מהשמיים הרחבים המשתרעים לפניי בשולי העיר, ונשמתי את האוויר הצח שאין עליו הגבלות. בכל מקום תלויים שלטים האוסרים על יהודים לפנות בדרכים המובילות אל חיק הטבע. אבל השמים משתרעים גם מעל לפיסת הדרך המותרת לנו".
לאט לאט התיאורים הופכים רגשיים וקשים יותר. אחד הרגעים שהשפיע עליה היה השלב בו חויבו כל היהודים לשאת את מגן הדוד הצהוב שהוביל לאיסורים ומגבלות משפילות. "משהו בתוכי השתנה", היא מודה נוכח הציווי לענוד את הטלאי הצהוב. "החדשות האחרונות הן שכל היהודים יועברו מהולנד דרך מחוז דרנטה ומשם לפולין. והרדיו האנגלי דיווח ששבע מאות אלף יהודים נספו בשנה שעברה לבדה, בגרמניה ובשטחים הכבושים. וגם אם נישאר בחיים, נישא את הפצעים אתנו לאורך כל חיינו. ובכל זאת אני לא חושבת שהחיים חסרי משמעות. ואלוהים אינו נותן לנו דין וחשבון על הנזק חסר ההיגיון שאנו גורמים זה לזה".
"אלוהים לא חייב לנו הסבר. אנחנו חייבים לו" כך היא מבטאה את האמונה שלה שהולכת ומתחזקת מיום ליום בתוך ים הזוועות שמקיף אותה, זוועות שלא פוגעות באהבת החיים שלה.
ב-1 ביולי 1942 היא כותבת "אני נמצאת בפולין כל יום, בשדות הקרב, אם כך אפשר לקרוא להם. לעתים קרובות אני רואה חזיונות של עשן ירוק רעיל; אני עם הרעבים, עם המטופלים והגוססים, כל יום, אבל אני גם עם היסמין ועם פיסת השמים הזו מעבר לחלוני; יש מקום לכל דבר בחיים בודדים". כעבור זמן קצר, ב-11 ביולי 1942 היא מוסיפה: "היהודים כאן מספרים זה לזה סיפורים מקסימים: הם אומרים שהגרמנים קוברים אותנו חיים או משמידים אותנו בגז. אבל מה הטעם לחזור על דברים כאלה גם אם הם צריכים להיות נכונים?".
בתוך ים הזוועות היא מודעת היטב לעתיד הנורא. "אין דרך אחרת להתכונן לקראת הזמנים החדשים, אלא בלבנו. ואי שם בתוכי מצויים אור וכוח ואהבה, שאינם מותירים מקום למרירות. אני רוצה כל כך להישאר בחיים, לתת יד לבניין הזמנים החדשים, לתרום את העוצמה שבי, כי אין לי ספק שזמנים חדשים יבואו, הרי אני חשה שהם גדלים בתוכי מיום ליום. זאת הייתה פחות או יותר תפילתי הבוקר…. הדמעות זלגו על לחיי. ואני מרגישה שבזכות התפילה הזאת הצלחתי לעבור את היום".