רבי נחמן בבעיה
המתנגד הגדול של רבי נחמן מברסלב, הרב ירמיה כהן, זכה לחיזוק מהרב עובדיה:"ויכחשו אויביך לך ואתה על במותימו תדרוך"
הרב כהן כובד בתפקיד היוקרתי של "הרב המקדים" - הרב שדורש את דרשת החימום לפני דרשת הרב עובדיה. לקראת סיום הדרשה הזכיר הרב עובדיה את דברי הקב"ה מהתלמוד הירושלמי: "חביבים עליי כת קטנה שעוסקת בתורה בארץ ישראל מסנהדרין גדולה בחוץ לארץ". הרב אחז בכנף בגדו של הרב כהן ואמר: "יבואו לישיבה של הרב שמה, אלה יותר טובים מכל הסנהדרין של חוץ לארץ. למה? 'ארץ ישראל אווירה מחכים'".
עוד אמר הרב עובדיה על הרב כהן: "ברוך ה', ה' זיכה אותו לזכות את הרבים. עוד ימשיך בעזרת ה' להגדיל תורה ולהאדירה לאורך ימים ושנות חיים".
לסיום ציטט את הפסוק: "ויכחשו אויביך לך ואתה על במותימו תדרוך" והוסיף רקיעה ברגלו וברכת "חזק ואמץ".

לפני למעלה משנה נפתחה מלחמת עולם בין הרב כהן לבין חסידות ברסלב והתחוללה סערה בעקבות הפרסומיםעל התקפותיו של הרב כהן נגד רבי נחמן.
כתוצאה מכך הותקף הרב כהן בחריפות על ידי רבנים רבים, הרב עובדיה אמנם לא הביע עמדה נגד הרב כהן, אך בגילוי דעת שהופץ אז בשמו הובהר כי דעתו של מנהיגה הרוחני של ש"ס לגבי הקונטרס היא:"אני לא מסכים עם שום דבר שכתוב (באותו קונטרס) ואין דעתי נוחה מכל מה שנכתב".
עם זאת, בעבר התבטא הרב עובדיה נגד הנסיעה לקבר רבי נחמן באומן ובהתייחס לתורתו אמר: " אני לא יודע את הספרים שלו בכלל, אולי רואה אותם פעם בשנה, לא לומד מהם. לא פסקי הלכה לא שום דבר, אלא רעיונות סתם ככה - כמו שאומרים, הגיגים. מה זה הגיגים? אנחנו אין לנו הדברים האלה, יש לנו הלכות".
בחודש שעבר פורסם במוסף התורני "עונג שבת" של ביטאון ש"ס "יום ליום" מאמר שתקף את תופעת היציאה ההמונית לקבר רבי נחמן באומן מידי ראש השנה: "מרן שליט"א מתריע רבות כנגד תופעות אלו שאבדו את טעמה הטוב של התפילה הזכה והמקווה.. עלוני הפרסום ושאר צורות שטיפת המוח מחווים לאותם תמימים כי מי
עוד נכתב כי "אם בעבר העלייה לציונו של הגה"ק רבי נחמן מאומן כללה רק את חסידיו הנאמנים. הרי שהיום, מידי ראש השנה, מדינת ישראל פותחת שם סניף, כל הצבעים נמצאים שם, גם הרבה מרעין בישין שאינם מוסיפים כבוד למקום או מימד לתפילה.
בנוסף חזרו ב"יום ליום" על הטיעון כי בין היוצאים לאומן יש מי שעוברים עבירות חמורות: "יש אימהות יקרות שבמו ידיהן שולחות את בניהם יקיריהם להדבק בתועבות רוסיה האוכלות בקצווי הערב רב המקומי, אחר כך הן בוכות מדוע ולמה ואיך הוא חזר משם אחרת. ואז כבר מאוחר".