ברקת אישר מאות צווי הריסה ואטימה בסילוואן
ראש עיריית ירושלים התחייב בפני פרקליט המדינה כי העירייה תפעל למימוש כל צווי ההריסה בשכונת סילוואן, בהם גם בית יהונתן השנוי במחלוקת. בעירייה ביקשו לציין כי ביצוע ההחלטה עלול להבעיר את המזרח התיכון. "הנה אני בא וזועק באוזניך כי מדיניות האכיפה בכל הקשור לבית יהונתן היא מפלה", כתב ברקת

מוקדם יותר פנה ראש העירייה לחבר המועצה דוד הדרי, שסירב לאשר את תקציב הריסת הבתים, והודיע לו כי יעקוף את סמכותו אם לא יעשה זאת. במכתב שהעביר ברקת לפרקליט המדינה, הודיע ברקת, תוך הבעת מחאה ומתיחת ביקורת קשה, כי לאור הנחיית לדור בכוונתו למממש את כל צווי האיטום וההריסה בשכונת סילוואן ובגן המלך.
במכתב ציין ברקת כי יעשה זאת בניגוד לעמדתו ולהחלטות מועצת העיר ירושלים, ובניגוד לתכנית העירונית המתגבשת להסדרת נושא עבירות הבנייה. עוד ציין ברקת כי העירייה תפעל למימוש עיקרון שלטון החוק בשל החתירה למדיניות אכיפה אחידה וללא הפלייה.
בנוסף טוען ברקת כי גורמי ביטחון עיתם התייעץ הביעו את עמדתם כי לכל הפעולות המבוצעות באיזור יש השלכות ביטחוניות ורגישות פוליטית וציבורית, המחייבת תשומת לב מרבית.
סגן ראש העיר, דוד הדרי, אמר בתגובה כי "צר לי כי הופעל על ראש העיר לחץ משפטי בלתי מתון אשר הכריח אותו לכתוב את המכתב המבקש את חתימתי. אני משוכנע כי ראש העיר עצמו מודע לאיפה ואיפה כנגד בית יהונתן, ועל פי חוות דעת משפטית שיש בידי אינני מחויב לחתום על אפליה זו ואין בכוונתי לעשות כן".
בעירייה ביקשו לציין כי ביצוע ההחלטה יגרור מימושם של למעלה מ-200 צווי הריסה בשכונה, מה לדבריהם עלול להבעיר את המזרח התיכון. ראש
סגן ראש העיר פפה אללו (מר"צ) בירך על ההחלטה שהביאה לסיומה של פרשת בית יהונתן והוסיף כי בכוונתו "לפתוח דף חדש בנושא תכנון ואכיפה של מזרח ירושלים בצורה שתיתן אפשרות לתושבי מזרח ירושלים לפתח ולהתפתח".
בשבוע שעבר שלח פרקליט המדינה משה לדור מכתב חריף לראש עיריית ירושלים ניר ברקת בשל אי יישום צו בית המשפט המורה לאטום את מבנה בית יהונתן שבשכונת סילוואן במזרח העיר. "מדינת ישראל היא מדינת חוק, ובמדינת חוק את צווי בתי המשפט יש לבצע", כתב לדור. "אמת פשוטה ובסיסית זו מתערערת נוכח אי קיום הצווים".
בית יהונתן הוא בניין בן שבע קומות, שמהן רק שתיים חוקיות, במרכז שכונת סילוואן. את הבניין קנתה עמותת עטרת כהנים, שהרחיבה את הבנייה ללא היתר ויישבה בו יהודים. ההחלטה לאטום את הבית עברה את כל ערכאות בתי המשפט, והגיעה אף לבית המשפט העליון.
אולם, עוד מתקופת כהונתו של ראש העירייה לשעבר, אורי לופוליאנסקי, וגם בתקופתו של ברקת, לא נתן ראש העירייה את ההוראה ליישם את הצו. במכתבים קודמים של לדור ומזוז השניים כתבו כי ברקת נושא באחריות המלאה.