בעקבות אירועי יצהר קורא הרב הראשי לישראל, הרב יונה מצגר: "אנשים אחים אנחנו, אנא הפסיקו את האלימות" ומזהיר: "אנו על סף קריעה בלב האומה". עוד אמר הרב מצגר: "אוי לנו שהגענו לירייה הראשונה, שההבדל בינה לבין הצרור הראשון הוא קצר מאוד".
בהודעה שהוציא הרב מצגר נאמר כי הוא "קורא לכל הצדדים שלא לנהוג באלימות בכל דרך שהיא, בויכוח הציבורי בעניין פינוי הישובים". הרב מצגר פנה למתנחלים ואמר: כי "אסור להם לחשוב שאם חלילה יפלו מהם חללים במאבק הזה הם יחשבו להרוגי מלכות". עוד אמר: "אפעל בכל דרך שהיא באמצעות ראשי הציבור של כל הצדדים, הרבנים ונציגי השלטון, כדי להביא למכנה משותף אחד ברור שאין עליו חילוקי דעות: 'מלחמת אחים בארצנו היו לא תהיה'".
