ניגוד עניינים בקידום הרפורמה בלולים
שר החקלאות לא הצהיר על העניין האישי שיש לו בקידום הרפורמה. לטענת המבקר, מגדלי התרנגולות בצפון, בניהם בני משפחתו של שמחון, יקבלו הטבות כלכליות. אנונימוס: יש לחקור גם מדוע מתעקשים להקים בלולים החדשים כלובי סוללה מיושנים

השר מתגורר בישוב אבן מנחם שבצפון, לאימו ולשני אחיו יש מכסות ביצים והשר עצמו הוא "בן ממשיך" בנחלת הוריו. במהלך 2006 יזם השר רפורמה שנועדה לעודד את העברתם של הלולים ממרכזי הישובים לאתרים מרוכזים מחוץ לישוב. זאת באמצעות מענקים מתקציב המדינה. הרפורמה מעניקה עדיפות ליישובי הצפון בהם מיוצרות רוב הביצים במדינה (65%). גובה המענק בין 270 אלף שקל למיליון שקל. המדינה תממן את עלות הכשרת הקרקע וביצוע התשתיות להקמת הלולים באתר החדש. התקציב שיועד לכך הוא 40 מליון שקל.
הרפורמה כוללת סעיף לפיו בעלי מכסות ביישובי מרום הגליל שיעבירו את מכסתם לתושבים אחרים וימירו עיסוקם לעיסוק אחר בתיירות הכפרית, יהיו זכאים למימון השקעתם. עלות הטבה זו למדינה למעלה מרבע מליון שקל למגדל. הוצאת הלולים אל מחוץ למשבצת הישוב תאפשר להקים צימרים בחלקה - במקום הלולים. על הישוב בו מתגורר השר שמחון חלה תב"ע מאושרת המאפשרת הקמת צימרים בשטח כולל של 200-400 מ"ר. כך שהרפורמה טומנת בחובה הטבות כלכליות ממשיות למגדלים בצפון, ובכלל זה לבני משפחתו של השר, המתגוררים ב"מרום הגליל" ולשר עצמו כ"בן ממשיך".
המבקר קובע, כי בהתחשב בכך היה על השר שמחון להצהיר מיד כשהחל לעסוק ברפורמה על העניין האישי שיש לו בנושא הרפורמה, להודיע על כך למבקר המדינה וליועץ המשפטי לממשלה. אך הוא לא עשה כן ולא נמנע מלהיות מעורב ברפורמה ובקידומה באופן פעיל, עד כדי גיבושה של "הצעת מחליטים" שבסופו של דבר הונחה לפני הממשלה.
רק בינואר 2007 שלח השר למבקר המדינה מכתב בו ציין כי "יש לי עניין אישי בהצעה להחלטת ממשלה העומדת לבוא לדיון בקרוב: ברשות אמי ושני אחי לולי הטלה והם עוסקים בענף שבנדון והצעת ההחלטה תחול עליהם. לפיכך אין בכוונתי להשתתף בכל דרך שהיא בקבלת החלטה
המבקר מפרט שמונה מקרים בהם השר עצמו היה מעורב בתכנון ובקידום הרפורמה לפני כתיבת מכתב זה והוא מציין, כי השר פעל שלא על פי הכללים למניעת ניגודי עניינים של שרים בבואו לקדם רפורמה בענף הביצים למאכל. לשר יש עניין אישי בנושא הרפורמה שבה גלומה טובת הנאה ממשית. פעולות השר לגיבוש "הצעת מחליטים" ולקידום הרפורמה אינן מתיישבות עם הכללים למניעת ניגוד עניינים וההודעה בדיעבד על זיקתו מניעה בחינה ראויה מבעוד מועד של סוגיה זו וקביעת הסדרים ראויים מראש באופן שיבטיח את תקינות הפעולות, את מראית פני הדברים ואת אמון הציבור בפעולות הממשלה.
בעמותת אנונימוס, המובילה את המערכה כנגד הרפורמה, טוענים שיש לבדוק לא רק את ניגוד העניין של השר אלא גם לחקור גם מדוע מתעקשים במשרד החקלאות להקים בלולים החדשים 'כלובי סוללה' מיושנים, שנאסרו לשימוש באיחוד האירופי וכן במישיגן ובקליפורניה בשל אכזריותם, ומנוגדים אף לחוק צער בעלי-חיים הישראלי.
לטענת אנונימוס, לפי נתוני דוח הצוות לרווחת המטילות במשרד החקלאות, הקמת הלולים הללו יקרה הרבה יותר מאשר הקמת לולים מתקדמים, ללא כלובים. "הרפורמה השערורייתית פוגעת הן בלולנים שייאלצו לפרוש מהענף ולסכן את פרנסתם, הן בסביבה והן בשבעה מיליון בעלי חיים בשנה", אומרים בארגון.
מלשכת השר שמחון נמסר בתגובה כי "השר והיועצים המשפטיים של משרד החקלאות, חולקים על המבקר בכל הנוגע לפרשנות של ניגוד העניינים. לטעמם בחר המבקר להרחיב את הפרשנות בדבר ניגוד העניינים באופן שלא מאפשר לשר שהגיע מההתיישבות העובדת, לתפקד כשר חקלאות, עד כדי אבסורד.
"עמדת שמחון לפיה אינו נתון בניגוד עניינים, זכתה לתמיכה מלאה של שני היועצים המשפטיים שכיהנו במשרד החקלאות בזה אחר זו. שמחון מקפיד מאוד בכל הנוגע לשמירה על החוק והמינהל התקין וכך עשה גם בסוגיה זו. לנוכח עמדתם של היועצים המשפטיים כי התועלת הציבורית בהשתתפות השר בקידום הרפורמה עולה על עוצמת ניגוד העניינים, לא ראה שמחון כל פסול בהתנהלותו.
"ניתן להבין מין הדוח כי השר החליט לפעול לקידומה של הרפורמה על מנת לקדם הטבות לו ולבני
משפחתו, ולא כך הדבר. החלטת הממשלה הינה פרי עבודת מטה של ארבעה משרדי ממשלה: חקלאות, אוצר, פנים וסביבה. האם יעלה על הדעת כי ארבעה משרדי ממשלה יקדמו הצעת החלטה משותפת כדי להטיב עם משפחתו של שר כלשהו?".